БПТФ - BPTF

БПТФ
Доступные конструкции PDB Поиск Human UniProt: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2F6J, 2F6N, 2FSA, 2FUI, 2FUU, 2RI7, 3QZS, 3QZT, 3QZV, 3UV2
Идентификаторы
Псевдонимы	БПТФ, FAC1, FALZ, NURF301, фактор транскрипции пальца бромодомена PHD, NEDDFL
Внешние идентификаторы	OMIM: 601819 MGI: 2444008 ГомолоГен: 114397 Генные карты: БПТФ
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17q24.2 Начните 67,825,503 бп[1] Конец 67,984,378 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 | 11 E1 Начните 107,033,081 бп[2] Конец 107,132,127 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • последовательное связывание ДНК • ДНК-зависимая активность АТФазы • связывание фактора транскрипции • связывание ионов металлов • GO: 0001948 связывание с белками • связывание метилированного гистона Сотовый компонент • цитоплазма • Тело клетки • нуклеоплазма • дендрит • НУРФ комплекс • перинуклеарная область цитоплазмы • проекция нейрона • внеклеточная экзосома • ядро клетки • ядерный хроматин • Комплекс Set1C / COMPASS Биологический процесс • ремоделирование хроматина • клеточный ответ на стимул фактора роста нервов • развитие энтодермы • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • эмбриональное развитие плаценты • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • развитие мозга • ответ на ранение • спецификация переднего / заднего рисунка • ковалентная модификация хроматина • организация хроматина • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	2186	207165
Ансамбль	ENSG00000171634	ENSMUSG00000040481
UniProt	Q12830	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_004459 NM_182641	NM_001080832 NM_176850 NM_001359590
RefSeq (белок)	NP_004450 NP_872579	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 17: 67,83 - 67,98 Мб	Chr 11: 107.03 - 107.13 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Субъединица фактора ремоделирования нуклеосом BPTF это белок что у людей кодируется БПТФ ген.^[5][6][7][8]

Этот ген был идентифицирован по реактивности кодируемого им белка к моноклональному антителу, полученному против гомогенатов мозга пациентов с болезнью Альцгеймера. Анализ исходного белка (фетальный реактивный клон 1 Alz-50 или FAC1), идентифицированный как белок из 810 аминокислотных остатков, содержащий ДНК-связывающий домен и мотив цинкового пальца, предположил, что он может играть роль в регуляции транскрипции. Высокие уровни FAC1 были обнаружены в мозге плода и у пациентов с нейродегенеративными заболеваниями. Белок, кодируемый этим геном, на самом деле намного больше, чем первоначально предполагалось, и он также содержит С-концевой бромодомен, характерный для белков, которые регулируют транскрипцию во время пролиферации. Кодируемый белок очень похож на самую большую субъединицу комплекса Drosophila NURF (фактор ремоделирования нуклеосом). У Drosophila комплекс NURF, который катализирует скольжение нуклеосом по ДНК и взаимодействует со специфическими для последовательности факторами транскрипции, необходим для ремоделирования хроматина, необходимого для транскрипции. Полностью описаны два альтернативных транскрипта, кодирующие разные изоформы.^[8]

Взаимодействия

BPTF был показан взаимодействовать с участием МАЗ.^[9]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000171634 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000040481 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Баузер Р. (март 1997 г.). «Присвоение человеческого гена FAC1 хромосоме 17q24 путем флуоресцентной гибридизации in situ». Геномика. 38 (3): 455–7. Дои:10.1006 / geno.1996.0657. PMID  8975731.
6. Джонс М. Х., Хамана Н., Симанэ М. (апрель 2000 г.). «Идентификация и характеристика BPTF, нового фактора транскрипции бромодомена». Геномика. 63 (1): 35–9. Дои:10.1006 / geno.1999.6070. PMID  10662542.
7. Wysocka J, Swigut T, Xiao H, Milne TA, Kwon SY, Landry J, Kauer M, Tackett AJ, Chait BT, Badenhorst P, Wu C, Allis CD (июль 2006 г.). "Палец PHD NURF связывает триметилирование лизина 4 гистона H3 с ремоделированием хроматина". Природа. 442 (7098): 86–90. Bibcode:2006 Натур 442 ... 86 Вт. Дои:10.1038 / природа04815. PMID  16728976. S2CID  4389087.
8. «Ген Entrez: фактор транскрипции пальца PHD бромодомена BPTF».
9. Jordan-Sciutto, K L; Драгич Дж.М. Caltagarone J; Зал D J; Баузер Р. (март 2000 г.). «Фетальный белок клона 1 Alz-50 (FAC1) взаимодействует с Myc-ассоциированным белком цинкового пальца (ZF87 / MAZ) и изменяет его транскрипционную активность». Биохимия. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ. 39 (12): 3206–15. Дои:10.1021 / bi992211q. ISSN  0006-2960. ЧВК  3667205. PMID  10727212.

внешние ссылки

• Человек БПТФ расположение генома и БПТФ страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Баузер Р., Джамброне А., Дэвис П. (1995). «FAC1, новый ген, идентифицированный с помощью моноклонального антитела Alz50, регулируется в процессе развития в мозге человека». Dev. Неврологи. 17 (1): 20–37. Дои:10.1159/000111270. PMID  7621746.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Чжу П., Баузер Р. (1997). «Идентификация и анализ полной последовательности кДНК гена FAC1 человека». Биохим. Биофиз. Acta. 1309 (1–2): 5–8. Дои:10.1016 / s0167-4781 (96) 00127-3. PMID  8950167.
• Mu X, Springer JE, Bowser R (1997). «Экспрессия и локализация FAC1 в двигательных нейронах развивающегося, взрослого и спинного мозга бокового амиотрофического склероза». Exp. Neurol. 146 (1): 17–24. Дои:10.1006 / exnr.1997.6508. PMID  9225734. S2CID  25924273.
• Джордан-Скиутто К.Л., Драгич Дж. М., Баузер Р. (1999). «ДНК-связывающая активность фетального белка клона 1 Alz-50 (FAC1) усиливается за счет фосфорилирования». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 260 (3): 785–9. Дои:10.1006 / bbrc.1999.0986. PMID  10403843.
• Джордан-Скиутто К.Л., Драгич Дж. М., Родс Дж. Л., Баузер Р. (2000). «Клон 1 плода Alz-50, новый белок цинкового пальца, связывает конкретную последовательность ДНК и действует как регулятор транскрипции». J. Biol. Chem. 274 (49): 35262–8. Дои:10.1074 / jbc.274.49.35262. ЧВК  3670955. PMID  10575013.
• Jordan-Sciutto KL, Dragich JM, Caltagarone J, et al. (2000). «Фетальный белок клона 1 Alz-50 (FAC1) взаимодействует с Myc-ассоциированным белком цинкового пальца (ZF87 / MAZ) и изменяет его транскрипционную активность». Биохимия. 39 (12): 3206–15. Дои:10.1021 / bi992211q. ЧВК  3667205. PMID  10727212.
• Jordan-Sciutto K, Rhodes J, Bowser R (2002). «Измененное внутриклеточное распределение регуляторов транскрипции в ответ на пептид Abeta и во время болезни Альцгеймера». Мех. Старение Дев. 123 (1): 11–20. Дои:10.1016 / S0047-6374 (01) 00334-7. PMID  11640947. S2CID  34907508.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Родс Дж., Лутка Ф.А., Джордан-Скиутто К.Л., Баузер Р. (2003). «Измененная экспрессия и распределение FAC1 во время NGF-индуцированного разрастания нейритов из клеток PC12». NeuroReport. 14 (3): 449–52. Дои:10.1097 / 01.wnr.0000059782.23521.35 (неактивно 2020-10-05). PMID  12634501.
• Барак О., Лаззаро М.А., Лейн В.С. и др. (2004). «Выделение человеческого NURF: регулятор экспрессии гена Engrailed». EMBO J. 22 (22): 6089–100. Дои:10.1093 / emboj / cdg582. ЧВК  275440. PMID  14609955.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039. S2CID  21903526.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Страчан Г.Д., Морган К.Л., Отис Л.Л. и др. (2004). «Фетальный клон Alz-50 1 взаимодействует с человеческим ортологом Kelch-подобного Ech-ассоциированного белка». Биохимия. 43 (38): 12113–22. Дои:10.1021 / bi0494166. ЧВК  3670950. PMID  15379550.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Страчан Г.Д., Остров Л.А., Иордания-Скиутто К.Л. (2005). «Экспрессия фетального белка клона 1 Alz-50 вызывает апоптотическую гибель клеток». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 336 (2): 490–5. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.08.127. PMID  16137655.
• Ли Х, Илин С., Ван В. и др. (2006). «Молекулярная основа для сайт-специфического считывания гистона H3K4me3 пальцем BPTF PHD NURF». Природа. 442 (7098): 91–5. Bibcode:2006Натура 442 ... 91л. Дои:10.1038 / природа04802. ЧВК  4690523. PMID  16728978.