Минимум информации об имитационном эксперименте - Minimum information about a simulation experiment

логотип MIASE

В минимум информации об имитационном эксперименте (MIASE)[1] представляет собой список общего набора информации, необходимой моделисту для выполнения и воспроизведения эксперимента численного моделирования, полученного на основе заданного набора количественных моделей.

MIASE зарегистрированный проект MIBBI (минимум информации для биологических и биомедицинских исследований).[2]

История

Проект MIASE был запущен в 2007 году Дагмаром Кён и Николя Ле Новер и впервые представлен на 12-е заседание форума SBML в октябре 2007 года. С тех пор MIASE обсуждалась на различных встречах не только в сообществе SBML. MIASE стала сообществом, в котором участвовали люди из различных сообществ по стандартизации, а также разработчики инструментов моделирования. В апреле 2009 года MIASE была частью "CellML, SBGN, SBO, BioPAX, и MIASE Супер-мастерская 2009 ".

Руководящие принципы

Рекомендации MIASE состоят из следующих частей: информация об используемых моделях, информация об этапах моделирования и информация о выходных данных:

Информация об используемых моделях

Все модели, используемые в эксперименте, должны быть идентифицированы, доступны и полностью описаны.

  1. Описание имитационного эксперимента должно быть предоставлено вместе с моделями, необходимыми для эксперимента, или с точным и однозначным способом доступа к этим моделям.
  2. Модели, необходимые для моделирования, должны быть снабжены всеми основными уравнениями, значениями параметров и необходимыми условиями (начальное состояние и / или граничные условия).
  3. Если модель не закодирована в стандартном формате, то код модели должен быть доступен пользователю. Если модель не закодирована в открытом формате или коде, необходимо предоставить ее полное описание, достаточное для ее повторной реализации.
  4. Любая модификация модели (предварительная обработка), необходимая перед выполнением этапа имитационного эксперимента, должна быть описана.

Информация об этапах моделирования

Должно быть предоставлено точное описание этапов моделирования и других процедур, используемых в эксперименте.

  1. Все этапы моделирования должны быть четко описаны, включая используемые алгоритмы моделирования, модели, к которым применяется каждое моделирование, порядок этапов моделирования и обработка данных, выполняемая между этапами моделирования.
  2. Вся информация, необходимая для правильного выполнения необходимых шагов моделирования, должна быть включена посредством точных описаний или ссылок на однозначные источники информации.
  3. Если этап моделирования выполняется с использованием компьютерной программы, исходный код которой недоступен, должна быть предоставлена ​​вся информация, необходимая для воспроизведения моделирования, а не просто его повторения, включая алгоритмы, используемые исходным программным обеспечением, и любую информацию, необходимую для реализации. их, например, методы дискретизации и интегрирования.
  4. Если известно, что этап моделирования будет давать разные результаты при выполнении в другой среде моделирования или на другой вычислительной платформе, необходимо дать объяснение того, как модель должна быть запущена с указанной средой / платформой, чтобы достичь цель эксперимента.

Информация о выходе

Должна быть предоставлена ​​вся информация, необходимая для получения желаемых числовых результатов.

  1. Все шаги постобработки, применяемые к необработанным численным результатам шагов моделирования для получения окончательных результатов, должны быть подробно описаны. Это включает в себя идентификацию данных для обработки, порядок, в котором были применены изменения, а также характер изменений.
  2. Если ожидаемые выводы зависят от соотношения между различными результатами, например, графика между ними, необходимо указать сравниваемые результаты.

Смотрите также

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Д. Уолтемат; Ричард Адамс; Дэниел А. Бирд; ранг Т. Бергманн; Апиндер С. Бхалла; Рэндалл Бриттен; Виджаялакшми Челлия; Майкл Т. Куллинг; Джонатан Купер; Эдмунд Дж. Крампин; Алан Гарни; Стефан Хупс; Майкл Хука; Питер Хантер; Эдда Клипп; Камилла Лайбе; Эндрю К. Миллер; Ион Морару; Дэвид Никерсон; Пол Нильсен; Маха Никольски; Свен Сахле; Герберт М. Сауро; Хеннинг Шмидт; Джеки Л. Сноуп; Доминик Толле; Олаф Волькенхауэр; Николя Ле Новер (2011). «Минимум информации об имитационном эксперименте (MIASE)». PLOS вычислительная биология. 7 (4): e1001122. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1001122. ЧВК  3084216. PMID  21552546.
  2. ^ http://www.mibbi.org/ Минимум информации для биологических и биомедицинских исследований