VNTR-анализ множественных локусов - Multiple loci VNTR analysis

VNTR-анализ множественных локусов (MLVA) представляет собой метод, используемый для генетического анализа определенных микроорганизмов, таких как патогенные бактерии, который использует преимущества полиморфизма тандемно повторяющихся последовательностей ДНК. А "ВНТР "представляет собой" тандемный повтор с переменным числом ". Этот метод хорошо известен в Криминалистика так как это основа Дактилоскопия ДНК в людях. Применительно к бактериям способствует: судебная микробиология с помощью которого можно в конечном итоге отследить источник определенного штамма, что делает его полезным методом для наблюдения за вспышками. В типичном MLVA ряд хорошо отобранных и охарактеризованных (с точки зрения скорости мутаций и разнообразия) локусов амплифицируется с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР ), так что размер каждого локуса можно измерить, обычно с помощью электрофореза продуктов амплификации вместе с эталонными фрагментами ДНК (так называемый маркер размера ДНК). Может использоваться различное оборудование для электрофореза в зависимости от требуемой точности оценки размера и условий местной лаборатории, от базового электрофореза в агарозном геле до более сложных и высокопроизводительных устройств для капиллярного электрофореза.[1] Из этой оценки размера можно вывести количество повторяющихся единиц в каждом локусе. Полученная информация представляет собой код, который можно легко сравнить со справочными базами данных после согласования и стандартизации анализа.[2][3] MLVA стала основным инструментом первой линии для определения ряда патогенов, где такая гармонизация может быть достигнута, включая Микобактерии туберкулеза,[4] бацилла сибирской язвы,[5] Brucella.[6][7]

Некоторые сайты, связанные с MLVA

Программное обеспечение для анализа данных MLVA

  • GeneMapper Коммерческое программное обеспечение для нормализации и определения размеров пиков от определенной марки аппаратов для капиллярного электрофореза.
  • BioNumerics Коммерческое биоинформатическое решение для хранения и анализа большой панели биологических данных, включая MLVA, и в более общем плане наборов символьных данных. Может выполняться нормализация, определение размера, коррекция размера, назначение количества повторов и кластерный анализ данных MLVA.

Рекомендации

  1. ^ Верно Г., Пурсель С. (2009). «Анализ нескольких тандемных повторов с переменным количеством локусов». Методы Мол. Биол. 551: 141–58. Дои:10.1007/978-1-60327-999-4_12. PMID  19521873.
  2. ^ Грисса И., Бушон П., Пурсель С., Верно Г. (2008). «Он-лайн ресурсы для изучения бактериальной микроэволюции с использованием MLVA или CRISPR-типирования». Биохимия. 90 (4): 660–8. Дои:10.1016 / j.biochi.2007.07.014. PMID  17822824.
  3. ^ Надон CA, Trees E, Ng LK, Møller Nielsen E, Reimer A, Maxwell N, Kubota KA, Gerner-Smidt P, Рабочая группа по гармонизации MLVA (2013). «Разработка и применение методов MLVA как инструмента межлабораторного надзора» (PDF). Euro Surveill. 18 (35): 20565. Дои:10.2807 / 1560-7917.es2013.18.35.20565. PMID  24008231. Архивировано из оригинал (PDF) на 2014-11-10. Получено 2013-10-09.
  4. ^ Блуин И., Хаук И., Солер С., Фабр М., Вонг Р., Дехан С., Казажу Г., Масур П. Л., Кремер П., Дженкинс А., Гарнотель Е., Пурсель С., Верно Г. (2012). "Значение выявления в Африканском Роге исключительно глубокого ветвления Микобактерии туберкулеза клады ". PLOS ONE. 7 (12): e52841. Дои:10.1371 / journal.pone.0052841. ЧВК  3531362. PMID  23300794.
  5. ^ Тьерри С., Туртерель С., Ле Флеш П., Дерзель С., Дехиль Н., Менди С., Коланери С., Верно Г., Мадани Н. (2014). «Генотипирование французского бацилла сибирской язвы штаммы, основанные на мультилокусном VNTR-анализе с 31 локусом: эпидемиология, оценка маркеров и обновление базы данных генотипов в Интернете ». PLOS ONE. 9 (6): e95131. Дои:10.1371 / journal.pone.0095131. ЧВК  4046976. PMID  24901417.
  6. ^ Шольц ХК, Верно G (2013). "Молекулярная характеристика Brucella разновидность". Rev. Sci. Технология. 32 (1): 149–62. Дои:10.20506 / rst.32.1.2189. PMID  23837373.
  7. ^ Линдстедт Б.А., Торпдаль М., Вергно Дж., Ле Hello S, Вайль FX, Титце Е., Малорни Б., Прендергаст Д.М., Ни Гхалльхойр Е., Листа Р.Ф., Шульс Л.М., Сёдерлунд Р., Бёрджессон С., Окерстрём С. (2013). «Использование мультилокусного тандемного анализа с переменным числом повторений (MLVA) в восьми европейских странах, 2012 г.». Euro Surveill. 18 (4): 20385. PMID  23369388.