MUMmer - MUMmer

MUMmer это биоинформатика программная система для выравнивание последовательностей. Он основан на суффиксное дерево структура данных и является одной из самых быстрых и эффективных систем, доступных для этой задачи, что позволяет применять ее к очень длинным последовательностям. Он широко используется для сравнения разных геномов друг с другом. В последние годы он стал популярным алгоритмом сравнения геномных сборок друг с другом, который позволяет ученым определять, как геном изменился после добавления дополнительной последовательности ДНК или после запуска другой программы сборки генома. Аббревиатура «MUMmer» происходит от «Максимальные уникальные совпадения» или MUM. Оригинальные алгоритмы в программном пакете MUMMER были разработаны Артом Делчером, Саймоном Касифом и Стивеном Зальцбергом. Mummer был первой системой сравнения полных геномов, разработанной в биоинформатике. Первоначально он применялся для сравнения двух родственных штаммов бактерий.

Программное обеспечение MUMmer имеет открытый исходный код, и его можно найти на домашней странице MUMmer. На домашней странице также есть ссылки на технические документы с описанием системы. Система поддерживается в основном Стивен Зальцберг и Артур Делчер в Центр вычислительной биологии в Университет Джона Хопкинса.

MUMmer - это система биоинформатики, которую часто цитируют в научной литературе. Согласно Google Scholar, по состоянию на начало 2013 года оригинальная статья MUMmer (Delcher et al., 1999)[1] процитирован 691 раз; статья MUMmer 2 (Delcher et al., 2002)[2] процитирован 455 раз; и статья MUMmer 3.0 (Курц и др., 2004)[3] был процитирован 903 раза.

Рекомендации

  1. ^ Delcher, A. L .; Kasif, S .; Fleischmann, R.D .; Peterson, J .; Белый, O .; Зальцберг, С. Л. (1999). «Выравнивание целых геномов». Исследования нуклеиновых кислот. 27 (11): 2369–2376. Дои:10.1093 / nar / 27.11.2369. ЧВК  148804. PMID  10325427.
  2. ^ Delcher, A. L .; Phillippy, A .; Карлтон, Дж .; Зальцберг, С. Л. (2002). «Быстрые алгоритмы крупномасштабного выравнивания и сравнения генома». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (11): 2478–2483. Дои:10.1093 / nar / 30.11.2478. ЧВК  117189. PMID  12034836.
  3. ^ Delcher, A .; Harmon, D .; Kasif, S .; Белый, O .; Зальцберг, С. (1999). «Улучшенная идентификация микробных генов с помощью GLIMMER». Исследования нуклеиновых кислот. 27 (23): 4636–4641. Дои:10.1093 / nar / 27.23.4636. ЧВК  148753. PMID  10556321.

внешняя ссылка