ТранСМАРТ - TranSMART

tranSMART
TranSMART logo.svg
изначальный выпускЯнварь 2013; 7 лет назад (2013-01)
Стабильный выпуск
16.2 / февраль 2017; 3 года назад (2017-02)[1]
Репозиторийgithub.com/ transmart
Написано вГрааль
ТипХранилище данных
ЛицензияGPLv3[2]
Интернет сайттрансмартфонд.org

tranSMART является Открытый исходный код хранилище данных предназначен для хранения большого количества клинические данные из клинических испытаний, а также из данных фундаментальных исследований, чтобы их можно было опросить вместе на предмет трансляционные исследования. Он также предназначен для использования многими людьми в разных организациях. Он был разработан Джонсон и Джонсон, в партнерстве с Рекомбинантной Корпорацией данных. Платформа была выпущена в январе 2012 года и находится под управлением фонда tranSMART с момента его создания в 2013 году. В мае 2017 года фонд tranSMART объединился с i2b2 Foundation, чтобы создать организацию, основной миссией которой является продвижение в области точной медицины.

Платформа tranSMART была принята и оценена многочисленными фармацевтическими компаниями, некоммерческими организациями и группами защиты интересов пациентов, академическими кругами, правительственными организациями и поставщиками услуг.[3][4] На отраслевой конференции Bio-IT World оба Инициатива по инновационным лекарствам проект U-BIOPRED и Фонд Майкла Дж. Фокса были награждены премией Best Practices Award за применение платформы.[5][6]

tranSMART построен на базе хранилища клинических данных i2b2 и использует i2b2 звездная схема для моделирования клинических и низкоразмерных данных.[2] Многомерный омики данные хранятся в специальных таблицах, где каждый из типов данных (например, экспрессия гена, SNP или метаболомика) сохраняет свою конкретную структуру данных. Оба Oracle и PostgreSQL системы управления базами данных поддерживаются для хранения данных.[2]

tranSMART 17.1

Проект развития

Исследователи сообщили об отсутствии функций в более ранних версиях tranSMART (версия 16.2 и ранее), что ограничивало возможности инструмента и возможности для исследования. В ответ на это Фонд транСМАРТ объединил четыре ведущие фармацевтические компании - Pfizer, Санофи, Abbvie и Рош - вместе в октябре 2016 года, чтобы помочь спонсировать совместный проект по последовательной разработке новой функциональности и улучшению tranSMART. Hyve BV была ИТ-компанией, ответственной за реализацию проекта разработки tranSMART 17.1.

Улучшения tranSMART версии 17.1

В центре внимания спонсоров было добавить три основных функции:

  1. Поддержка терминов перекрестного исследования и онтологии.
  2. Поддержка моделирования временных рядов и выборочных данных для хранения продольных данных и данных EHR.
  3. Создание связи между tranSMART и Arvados для поддержки хранения и анализа больших данных.

Кроме того, еще одной целью проекта было улучшение качества серверной части tranSMART, чтобы сделать ее готовой к будущему. Внутренние улучшения, реализованные в проекте разработки, реализованном в начале 2017 года, оказали большое влияние на возможности tranSMART, а также на его качество в настоящее время.

Функциональные улучшения версии 17.1 включают поддержку временных рядов, образцов и концепций перекрестного исследования. Это достигается путем повторного согласования с моделью данных i2b2, на основе которой был построен tranSMART, расширенный функциями, которые делают tranSMART уникальным: организация исследований, поддержка моделирования группирования событий клинических испытаний и поддержка данных высокого уровня. Технические улучшения включают покрытие автоматическим тестированием для всех вызовов Core API и REST API, а также документацию по этим вызовам и полную схему базы данных.

Интерфейс

Однако новые функции, разработанные в проекте tranSMART 17.1, не поддерживались существующим пользовательским интерфейсом tranSMART. Поэтому компания Hyve BV начала разработку нового современного пользовательского интерфейса для tranSMART 17.1, который будет включать добавленные функции. В октябре 2018 года был выпущен Glowing Bear, пользовательский интерфейс, построенный на tranSMART версии 17.1 для отбора когорт и исследовательского анализа. Этот пользовательский интерфейс был принят ведущими медицинскими и исследовательскими учреждениями, такими как Центр детской онкологии принцессы Максимы, Нидерландский регистр близнецов и Медицинский центр Лейденского университета.

Вызовы

Проект 17.1 не смог достичь своих целей по совместимости с моделью данных i2b2, и ему все еще не хватает функциональности полного интерфейса tranSMART. Код 17.1 является только серверным кодом и был выпущен Фондом только в качестве «версии для разработчиков» и никогда не отвечал требованиям для полной версии. Новая версия tranSMART (v19) сейчас находится в стадии бета-тестирования и не только отвечает требованиям совместимости с i2b2, но и имеет улучшенный пользовательский интерфейс с дополнительными аналитическими рабочими процессами. Этот выпуск будет поддерживаться Фондом и будет единственной ветвью кодовой базы, которая продолжит поддержку со стороны i2b2 tranSMART Foundation.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «Фонд транСМАРТ объявляет о выпуске Платформы 16.2». transmartfoundation.org. Получено 2018-01-26.
  2. ^ а б c Кануэль В., Ранс Б., Авиллах П., Дегуле П., Бургун А. (март 2015 г.). «Платформы трансляционных исследований, объединяющие клинические и омические данные: обзор общедоступных решений». Брифинги по биоинформатике. 16 (2): 280–90. Дои:10.1093 / bib / bbu006. ЧВК  4364065. PMID  24608524.
  3. ^ Ранс Б., Кануэль В., Кунтурис Н., Лоран-Пуч П., Бургун А. (04.05.2016). «Интеграция гетерогенных биомедицинских данных для исследования рака: инфраструктура CARPEM». Прикладная клиническая информатика. 7 (2): 260–74. Дои:10.4338 / ACI-2015-09-RA-0125. ЧВК  4941838. PMID  27437039.
  4. ^ Кристоф Дж., Кнелл С., Нашбергер Э., Штюрцль М., Майер С., Прокош Х.Ю., Седлмайр М. (2017). «Два года tranSMART в университетской клинике трансляционных исследований и образования». Исследования в области технологий здравоохранения и информатики. 236: 70–79. PMID  28508781.
  5. ^ «Названы победители премии« Лучшие практики мира био-ИТ 2014 »». www.bio-itworld.com. Получено 2018-02-19.
  6. ^ «Объявлены победители премии Bio-IT World Best Practices Awards 2015». www.bio-itworld.com. Получено 2018-02-19.

дальнейшее чтение