Эндрю Касарскис - Andrew Kasarskis - Wikipedia

Эндрю Касарскис
Эндрю Касарскис
Родившийся	2 ноября 1972 г. (48 лет); Мэдисон, Висконсин
Гражданство	Американец
Альма-матер	Университет Кентукки; Калифорнийский университет в Беркли
	Научная карьера
Поля	Биоинформатика, геномика
Учреждения	Медицинская школа Икана на горе Синай; Институт геномики и многомасштабной биологии Икана

Эндрю Касарскис (родился 2 ноября 1972 г.) - американский биолог. Он является директором по данным (CDO) и исполнительным вице-президентом (EVP) в Система здравоохранения горы Синай в Нью-Йорке. Ранее он был заместителем председателя Департамента генетики и геномных наук и содиректором Институт геномики и многомасштабной биологии Икана на Медицинская школа Икана на горе Синай.^[1] Касарскис известен тем, что применяет сетевой подход к биологии и руководит первым классом медицинской школы, предлагая студентам возможность полностью секвенировать и проанализировать свои собственные геномы.^[2]

ранняя жизнь и образование

Касарскис получил степень бакалавра химии и биологии в Университет Кентукки в 1992 г. В 1998 г. защитил докторскую диссертацию по молекулярной и клеточной биологии Калифорнийский университет в Беркли под руководством Кэтрин Андерсон.^[1]

Карьера и исследования

На протяжении всей своей карьеры в промышленности и академических кругах исследования Касарскиса были сосредоточены на использовании генетических и геномных данных вместе с высокопроизводительными вычислениями и передовыми аналитическими инструментами для удовлетворения биомедицинских потребностей и улучшения клинического лечения.

После защиты докторской диссертации в 1988 году Касарскис работал в Стэндфордский Университет в течение двух лет, участвуя в разработке различных баз данных генома. В 2000 году он вошел в промышленность, работая в области вычислительной биологии в DoubleTwist, а затем в Rosetta Inpharmatics (приобретенной Merck Research Laboratories). Его работа там была сосредоточена на создании и анализе сложных наборов биологических данных и использовании этой информации для построения, прогнозирования и моделирования болезней человека. Касарскис также работал на Sage Bionetworks и Тихоокеанские биологические науки прежде чем вернуться в академию.^[3]

В 2011 году Касарскис стал заместителем председателя Департамента генетики и геномных наук в Медицинской школе Икана на горе Синай и соруководителем вместе с Эрик Шадт из Института геномики и многомасштабной биологии Икана, где исследования Касарскиса сосредоточены на улучшении показателей здоровья за счет лучшего сбора данных, а его исследовательская программа включает надзор за патогенами на основе секвенирования; фармакогеномика; электронные медицинские карты; и системная биология сна, поведения и стресса.^[1] В 2019 году Касарскис был назначен директором по обработке данных и исполнительным вице-президентом Mount Sinai Health System.^[4] где он возглавляет усилия по улучшению инфраструктуры клинических данных^[5] и использовать данные для улучшения результатов лечения пациентов, ускоряя исследования и инновации.^[6]^[7]

Касарскис известен тем, что руководил первым курсом для аспирантов, который позволил студентам-медикам и аспирантам полностью секвенировать и проанализировать свои собственные геномы, вместе с со-инструкторами Майклом Линдерманом, Джорджем Диазом, Али Баширом и Рэнди Зинбергом. Он сказал, что подобные курсы будут иметь решающее значение для обучения групп людей, способных выполнять этот тип анализа в медицинских условиях. Он выбрал секвенирование всего генома потому что он ожидает более ограниченного секвенирование экзома не будет актуальным технологическим подходом в долгосрочной перспективе.^[2]

Касарскис призвал к усовершенствованию протоколов информированного согласия в исследованиях пациентов на основе концепции, согласно которой исследования с участием ДНК не могут быть полностью анонимными. В журнале Nature его цитировали: «Нам нужно выйти за рамки предположения, что вас нельзя идентифицировать по имеющимся о вас данным, и действительно работать над тем, чтобы мы защищали права людей таким образом, чтобы мы могли использовать данные, которые существуют для пользы людей и исследователей ».^[8]

В 2019 году Касарскис присоединился к пятилетнему совместному исследованию с Mount Sinai Health System, Sanofi и Sema4, целью которого было дать представление о биологических механизмах астмы с использованием различных наборов данных, таких как клинические данные, геномика, данные иммунологической среды и данные датчиков от устройства для проведения расширенного сетевого моделирования болезни. Касарскис сообщил, что понимание молекулярных основ клинических подтипов астмы в исследовании позволит лучше управлять астмой и может предоставить возможности для открытия новых методов лечения этого заболевания. ^[9]

Избранные публикации

Фармакогеномика

Смит, Кэтрин С .; Ван, Ци; Чин, Чен-Шань; Салерно, Сара; Дэймон, Лорен Э .; Левис, Марк Дж .; Perl, Александр Е .; Трэверс, Кевин Дж .; Ван, Сусана; Хант, Джереми П .; Зарринкар, Патрик П .; Schadt, Eric E .; Касарскис, Андрей; Куриян, Джон; Шах, Нил П. (2012). «Валидация мутаций ITD в FLT3 в качестве терапевтической мишени при остром миелоидном лейкозе человека». Природа. 485 (7397): 260–263. Bibcode:2012Натура.485..260С. Дои:10.1038 / природа11016. ЧВК 3390926. PMID 22504184.
Касарскис, Андрей; Ян, Ся; Шадт, Эрик (2011). «Стратегии интегративной геномики для выяснения сложности реакции на лекарства». Фармакогеномика. 12 (12): 1695–1715. Дои:10.2217 / стр.11.115. PMID 22118053.
Гаргис, Эми S .; Кальман, Лиза; Берри, Мередит У .; Бик, Дэвид П .; Диммок, Дэвид П .; Хамбух, Тина; Лу, Фэй; Лион, Элейн; Voelkerding, Karl V .; Zehnbauer, Barbara A .; Агарвала, Рича; Беннет, Сара Ф .; Чен, Бин; Chin, Ephrem LH .; Комптон, Джон Дж .; Дас, Сома; Farkas, Daniel H .; Фербер, Мэтью Дж .; Funke, Birgit H .; Furtado, Manohar R .; Ганова-Раева, Лилия М .; Гейгенмюллер, Юте; Gunselman, Sandra J .; Hegde, Madhuri R .; Джонсон, Филип Л. Ф .; Касарскис, Андрей; Кулькарни, Шашикант; Ленк, Томас; Лю, С. Джонатан; и другие. (2012). «Обеспечение качества секвенирования нового поколения в клинической лабораторной практике». Природа Биотехнологии. 30 (11): 1033–1036. Дои:10.1038 / nbt.2403. ЧВК 3827024. PMID 23138292.

Патогены

Чако, Киран; Ван Бакель, Харм; Салливан, Митчелл; Чако, Эндрю; Касарскис, Коллен; Альтман, Дина; Чиферри, Брианна; Пак, Теодор; Себра, Роберт (27 марта 2018 г.). «Генетические основы возникающей гетерорезистентности к ванкомицину, линезолиду и даптомицину в случае стойкой бактериемии Enterococcus faecium». Противомикробные агенты Chemother. 62 (4). Дои:10.1128 / AAC.02007-17. ЧВК 5913925. PMID 29339387.

Пак, Теодор Р .; Касарскис, Андрей (1 декабря 2015 г.). «Как секвенирование следующего поколения и многомасштабный анализ данных преобразуют управление инфекционными заболеваниями». Клинические инфекционные болезни. 61 (11): 1695–1702. Дои:10.1093 / cid / civ670. ISSN 1537-6591. ЧВК 4643486. PMID 26251049.
Пак, Теодор Р .; Чако, Киран I .; О'Доннелл, Тимоти; Huprikar, Shirish S .; ван Бакель, Харм; Касарскис, Андрей; Скотт, Эрик Р. (декабрь 2017 г.). «Оценка местных затрат, связанных с инфекцией Clostridium difficile, с использованием машинного обучения и электронных медицинских записей». Инфекционный контроль и больничная эпидемиология. 38 (12): 1478–1486. Дои:10.1017 / ice.2017.214. ISSN 1559-6834. ЧВК 5923033. PMID 29103378.
Rasko, David A .; Webster, Dale R .; Сахл, Джейсон У .; Башир Али; Бойзен, Надя; Шойц, Флемминг; Paxinos, Ellen E .; Себра, Роберт; Чин, Чен-Шань; Илиопулос, Димитрис; Кламмер, Аарон; Пелузо, Пол; Ли, Лоуренс; Кислюк, Андрей О .; Буллард, Джеймс; Касарскис, Андрей; Ванга, Сюзанна; Ид, Джон; Ранг, Дэвид; Redman, Julia C .; Steyert, Susan R .; Фримодт-Мёллер, Якоб; Струве, Карстен; Петерсен, Андреас М .; Krogfelt, Karen A .; Натаро, Джеймс П .; Schadt, Eric E .; Уолдор, Мэтью К. (2011). «Происхождение штамма E. coli, вызвавшего вспышку гемолитико-уремического синдрома в Германии». Медицинский журнал Новой Англии. 365 (8): 709–717. Дои:10.1056 / NEJMoa1106920. ЧВК 3168948. PMID 21793740.
Чин, Чен-Шань; Соренсон, Джон; Харрис, Джейсон Б.; Робинс, Уильям П .; Charles, Richelle C .; Жан-Шарль, Роджер Р .; Буллард, Джеймс; Webster, Dale R .; Касарскис, Андрей; Пелузо, Пол; Paxinos, Ellen E .; Ямаичи, Йошихару; Колдервуд, Стивен Б.; Мекаланос, Джон Дж .; Schadt, Eric E .; Уолдор, Мэтью К. (2011). «Происхождение штамма вспышки холеры на Гаити». Медицинский журнал Новой Англии. 364 (1): 33–42. Дои:10.1056 / NEJMoa1012928. ЧВК 3030187. PMID 21142692.

Комплексное заболевание

Скарпа, Джозеф Р .; Цзян, Пэн; Лошич, Боян; Ридхед, Бен; Gao, Vance D .; Дадли, Джоэл Т .; Vitaterna, Martha H .; Турек, Фред В .; Касарскис, Эндрю (июль 2016 г.). «Системный генетический анализ выявляет зависящую от TGFβ-FOXO3 сеть стриатальных астроцитов, сохраняемую у разных видов и связанную со стрессом, сном и болезнью Хантингтона». PLoS Genetics. 12 (7): e1006137. Дои:10.1371 / journal.pgen.1006137. ISSN 1553-7404. ЧВК 4938493. PMID 27390852.

Михлмайр, Даниэла; Пак, Теодор Р .; Rahman, Adeeb H .; Амир, Эль-Ад Давид; Ким, Ын-Ён; Ким-Шульце, Сынхи; Супрун, Мария; Стюарт, Майкл Дж .; Томас, Гуахира П. (27 августа 2018 г.). «Комплексное профилирование врожденного иммунитета вирусной инфекции чикунгунья в педиатрических случаях». Молекулярная системная биология. 14 (8): e7862. Дои:10.15252 / msb.20177862. ISSN 1744-4292. ЧВК 6110311. PMID 30150281.
Brunner, JI; Готтер, Алабама; Миллштейн, Дж; Гарсон, S; Биннс, Дж; Fox, SV; Savitz, AT; Ян, HS; Фитцпатрик, К; Чжоу, L; Оуэнс-младший; Уэббер, АЛ; Vitaterna, MH; Касарскис, А; Убеле, ВН; Турек, Ф; Renger, JJ; Уинроу, CJ (2011). «Фармакологическая валидация кандидатных генов причинного сна, идентифицированных в скрещивании N2». Журнал нейрогенетики. 25 (4): 167–81. Дои:10.3109/01677063.2011.628426. ЧВК 3568991. PMID 22091728.