BindingDB - BindingDB
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Химическая база данных |
| Типы данных захвачен | Молекулы с лекарственными свойствами и биологическая активность |
| Контакт | |
| Авторы | Майкл Гилсон, руководитель группы |
| Основное цитирование | PMID 17145705 |
| Дата выхода | 1995 |
| Доступ | |
| Интернет сайт | BindingDB |
| Скачать URL | Загрузки |
| Разное | |
| Лицензия | Данные BindingDB доступны на Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Непортированная лицензия |
BindingDB [1][2][3][4] представляет собой общедоступную базу данных измеренных аффинностей связывания, доступную в Интернете. Основное внимание уделяется взаимодействиям белков, которые считаются кандидатами в качестве мишеней для лекарств, с лигандами, которые представляют собой небольшие молекулы, подобные лекарствам. По состоянию на март 2011 года BindingDB содержит около 650 000 данных о связывании для 5700 белков-мишеней и 280 000 малых молекул. BindingDB также включает небольшую коллекцию хозяин Гость данные связывания, представляющие интерес для химиков, изучающих супрамолекулярные системы.
Целью BindingDB является поддержка медицинской химии и открытия лекарств посредством ознакомления с литературой и развития взаимосвязей структура-активность (SAR и QSAR); подтверждение вычислительная химия и молекулярное моделирование такие подходы, как стыковка, методы подсчета очков и свободной энергии; химическая биология и химическая геномика; и фундаментальные исследования физической химии молекулярное распознавание.
Сбор данных осуществляется с помощью различных методов измерения, включая ингибирование и кинетику ферментов, калориметрию изотермического титрования, ЯМР, радиоактивные лиганды и конкурентные анализы. BindingDB включает данные, извлеченные из научной литературы проектом BindingDB, выбранные PubChem подтверждающие биологические анализы и ЧЭМБЛ записи, для которых предоставляется четко определенный белок-мишень ("TARGET_TYPE = 'PROTEIN'").
История и финансирование
Проект BindingDB был задуман в середине 1990-х годов на основе признания широкой ценности количественных данных о сродстве и неадекватности журнальных статей как средства обеспечения доступа к этим данным. А NIST Семинар, организованный в сентябре 1997 г., подтвердил концепцию и финансирование из NSF и NIST позволил начальную разработку базы данных со сбором данных для систем многих типов, включая связывание белок-лиганд, белок-белок и связывание хозяин-гость. Однако надежды на то, что база данных будет заполнена в основном за счет показаний экспериментаторов, не оправдались, и стало ясно, что проект должен взять на себя ответственность за извлечение данных из литературы. Учитывая обширность литературы по молекулярному распознаванию и ограниченность доступных ресурсов, это означало, что для создания полезной базы данных потребуется ограничить внимание четко определенным набором ценных данных о связывании.
Было принято решение сосредоточиться на данных о связывании малых молекул с белками, которые являются мишенями для лекарств или потенциальными мишенями для лекарств, и для которых трехмерная структура доступна в PDB или потенциально может быть смоделирована с высокой точностью на основе структура аналогичного белка. Этот выбор будет способствовать открытию лекарств для выбранных мишеней, а также разработке методов компьютерного конструирования лигандов как на основе лигандов, так и на основе структур. Это текущая цель BindingDB, которую возглавляет Майкл Гилсон, на базе Калифорнийский университет в Сан-Диего с Школа фармации и фармацевтических наук Skaggs, и поддержанный грантом от Национальные институты здравоохранения США.
Возможности
Веб-интерфейс BindingDB предоставляет ряд инструментов для просмотра, запросов и загрузки данных. К ним относятся просмотр по названию белка-мишени или по цитированию в журнале, запрос по химическому сходству и субструктуре, а также загрузки по цели или результату запроса.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Лю Т., Линь Ю., Вэнь X., Джоррисен Р.Н. и Гилсон М.К. BindingDB: доступная в Интернете база данных экспериментально определенных аффинностей связывания белок-лиганд Nucleic Acids Research 35: D198-D201 (2007).
- ^ Чен, X., Lin, Y. и Гилсон М.К. База данных о связывании: обзор и руководство пользователя Biopolymers Nucleic Acid Sci. 61: 127-141 (2002).
- ^ Чен, X., Лин, Y., Лю, М. и Гилсон М.К. Связывающая база данных: управление данными и биоинформатика проектирования интерфейсов 18: 130-139 (2002).
- ^ Чен, X., Лю, М., и Гилсон, М.К. Binding DB: база данных молекулярного распознавания, доступная в сети J. Combi. Chem. Экран высокой пропускной способности 4: 719-725 (2001).