БиоГобелен - BioTapestry
| Разработчики) | Институт системной биологии |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 7.0.0 / 22 сентября 2014 г. |
| Операционная система | Любой (Ява -основан) |
| Лицензия | LGPL |
| Интернет сайт | БиоГобелен домой |
БиоГобелен является Открытый исходный код программное приложение для моделирования и визуализация сети регуляции генов (GRN).[1][2]
История
БиоГобелен создан в Институт системной биологии в Сиэтле в сотрудничестве с Лаборатория Дэвидсона на Калифорнийский технологический институт. Проект был инициирован для поддержки продолжающейся разработки модели GRN, регулирующей развитие эндомезодермы у морского ежа. Стронгилоцентротус пурпуратус. BioTapestry был впервые обнародован в конце 2003 года как веб-сайт, доступный только для чтения. интерактивный просмотрщик сети морских ежей, с первым полнофункциональным редактором, выпущенным в августе 2004 г. (v0.94.1). Текущая версия 7.0.0 была выпущена в сентябре 2014 года.
Разработка
Разработка BioTapestry продолжается. Дополнительные сведения о версии 7.0 см. В страница примечаний к выпуску.
использование
BioTapestry - это интерактивный инструмент для моделирования и визуализации сетей регуляции генов.
Интерактивные примеры в сети
- Сеть эндомезодермы морского ежа из лаборатории Дэвидсона.
- Сеть эктодермы морского ежа из лаборатории Дэвидсона.
- Спецификация вентральной нервной трубки мыши из лаборатории МакМэхона.
- Сеть регулирующего воздействия на окружающую среду и гены (EGRIN) для Halobacterium salinarum NRC-1 из лаборатории Балига.
- Регуляторная сеть генов Т-клеток из лаборатории Ротенберга.
- Регуляторная сеть генов развития у рыбок данио из Yuh Lab.
- Морфогенез конечностей из Vokes Lab.
особенности
Ввод
- Генные регуляторные сети можно нарисовать вручную.
- Сети могут быть построены с использованием списков взаимодействий, вводимых через диалоговые окна.
- Списки взаимодействий можно вводить с помощью файлов с разделителями-запятыми (CSV).
- Сети могут быть построены с использованием файлов SIF в качестве входных данных.
- BioTapestry может принимать определения сетей через структуру Gaggle.
Визуализация
- BioTapestry использует ортогонально направленные гиперссылки и иерархическое представление моделей.
Анализ
- BioTapestry может создавать Язык разметки системной биологии файлы для подмножества сетей.
Документация
- На домашней странице BioTapestry есть ссылки на несколько руководств по использованию программного обеспечения.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Лонгабо WJR, Дэвидсон EH, Bolouri H (2005). «Вычислительное представление генетических регуляторных сетей развития». Dev. Биол. 283 (1): 1–16. Дои:10.1016 / j.ydbio.2005.04.023. PMID 15907831.
- ^ Лонгабо WJR, Дэвидсон EH, Bolouri H (2009). «Визуализация, документирование, анализ и коммуникация крупномасштабных сетей регуляции генов». Биохим. Биофиз. Acta. 1789 (4): 363–74. Дои:10.1016 / j.bbagrm.2008.07.014. ЧВК 2762351. PMID 18757046.