Структура данных изображений мозга - Brain Imaging Data Structure

Структура данных изображений мозга
BIDS Logo.png
Положение делОпубликовано
Год начался2014
Последняя версия1.4.0
Июнь 2020 г.
Связанные стандартыJSON, TSV, НИФТИ
ДоменНейровизуализация
ЛицензияCC-BY 4.0
СокращениеСТАВКИ
Интернет сайтставки.нейровизуализация.io

В Структура данных изображений мозга (СТАВКИ) является стандартом для организации, аннотирования и описания данных, собранных во время нейровизуализация эксперименты. Он основан на формализованной структуре файлов / папок и JSON файлы метаданных на основе контролируемый словарный запас.[1] Этот стандарт был принят множеством лабораторий по всему миру, а также базами данных, такими как OpenNeuro, SchizConnect, Developing Human Connectome Project и FCP-INDI, и в настоящее время наблюдается рост числа исследований.[2][3][4]

Хотя изначально было указано для МРТ данных, BIDS был расширен на несколько других методов визуализации, таких как МЭГ,[5] ЭЭГ,[6] и внутричерепная ЭЭГ.[7]

История

Проект является инициативой сообщества. BIDS, первоначально OBIDS (структура данных визуализации открытого мозга), была инициирована во время INCF спонсируемое собрание рабочей группы по обмену данными (январь 2015 г.) на Стэндфордский Университет. Впоследствии его возглавил и поддерживал Крис Горголевски. В настоящее время проект возглавляет Руководящая группа. [8] и поддерживается Франклин Файнгольд, Стефан Аппельхофф, Крис Маркевич и Poldrack Лаборатория в Стэнфорде. BIDS продвинулась вперед под руководством и усилиями участников, сообщества исследователей, которые ценят ценность стандартизации данных нейровизуализации для облегчения обмена и анализа.

Рекомендации

  1. ^ Gorgolewski, Krzysztof J .; Ауэр, Тибор; Калхун, Винс Д .; Крэддок, Р. Кэмерон; Дас, Самир; Дафф, Юджин П .; Фланден, Гийом; Ghosh, Satrajit S .; Глатард, Тристан; Гальченко, Ярослав О .; Handwerker, Daniel A .; Ханке, Майкл; Китор, Дэвид; Ли, Сянжуй; Майкл, Захари; Мауме, Камилла; Николс, Б. Нолан; Николс, Томас Э .; Пеллман, Джон; Полина, Жан-Батист; Рокем, Ариэль; Шефер, Гуннар; Сочат, Ванесса; Триплетт, Уильям; Тернер, Джессика А .; Вароко, Гаэль; Poldrack, Russell A .; и другие. (2016). «Структура данных изображения мозга, формат для организации и описания результатов экспериментов по нейровизуализации». Научные данные. 3: 160044. Bibcode:2016НатСД ... 360044Г. Дои:10.1038 / sdata.2016.44. ЧВК  4978148. PMID  27326542.
  2. ^ Poldrack, Russell A .; Конгдон, Элиза; Триплетт, Уильям; Gorgolewski, Krzysztof J .; Karlsgodt, Katherine H .; Mumford, Jeanette A .; Сабб, Фред В .; Freimer, Nelson B .; Лондон, Эдит Д .; Кэннон, Тайрон Д .; Билдер, Роберт М. (2016). «Всестороннее исследование нервной и когнитивной функций». Научные данные. 3: 160110. Bibcode:2016НацСД ... 360110П. Дои:10.1038 / sdata.2016.110. ЧВК  5139672. PMID  27922632. S2CID  33368149.
  3. ^ Бигдели-Шамло, Нима; Макейг, Скотт; Роббинс, Кей А. (2016). «Подготовка лабораторных и реальных данных ЭЭГ для крупномасштабного анализа: контейнерный подход». Границы нейроинформатики. 7: 10. Дои:10.3389 / fninf.2016.00007. ЧВК  4782059. PMID  27014048.
  4. ^ Николс, Томас Э .; Дас, Самир; Эйкхофф, Саймон Б; Эванс, Алан С .; Глатард, Тристан; Ханке, Майкл; Кригескорте, Николаус; Милхэм, Майкл П .; Poldrack, Russell A .; Полина, Жан-Батист; Проал, Эрика; Тирион, Бертран; Ван Эссен, Дэвид С; Белая, Тоня; Йео, Б. Т. Томас (2017). «Лучшие практики анализа данных и обмена в нейровизуализации с использованием МРТ». Природа Неврология. 20 (3): 299–303. Дои:10.1038 / номер 4500. ЧВК  5685169. PMID  28230846.
  5. ^ Нисо, Гуйомар; Gorgolewski, Krzysztof J .; Бок, Элизабет; Brooks, Teon L .; Фланден, Гийом; Грамфорт, Александр; Хенсон, Ричард Н .; Джас, Майнак; Литвак, Владимир; Т. Моро, Джереми; Остенвельд, Роберт; Schoffelen, Jan-Mathijs; Тадель, Франсуа; Векслер, Джозеф; Байе, Сильвен (19 июня 2018 г.). «MEG-BIDS, структура данных изображения мозга, расширенная до магнитоэнцефалографии». Научные данные. 5: 180110. Bibcode:2018НатСД ... 580110Н. Дои:10.1038 / sdata.2018.110. ЧВК  6007085. PMID  29917016.
  6. ^ Pernet, Cyril R .; Аппельхофф, Стефан; Gorgolewski, Krzysztof J .; Фланден, Гийом; Филлипс, Кристоф; Делорм, Арно; Остенвельд, Роберт (декабрь 2019 г.). «EEG-BIDS, расширение структуры данных изображения мозга для электроэнцефалографии». Научные данные. 6 (1): 103. Bibcode:2019НатСД ... 6..103П. Дои:10.1038 / s41597-019-0104-8. ISSN  2052-4463. ЧВК  6592877. PMID  31239435.
  7. ^ Холдграф, Кристофер; Аппельхофф, Стефан; Бикель, Стефан; Бушар, Кристофер; Д’Амброзио, Саша; Дэвид, Оливье; Девинский, Оррин; Дихтер, Бенджамин; Флинкер, Адин; Фостер, Бретт Л .; Gorgolewski, Krzysztof J .; Гроен, Ирис; Гроппе, Дэвид; Гюндуз, Айсегуль; Гамильтон, Либерти; Мед, Кристофер Дж .; Джас, Майнак; Рыцарь, Роберт; Лашо, Жан-Филипп; Лау, Джонатан С .; Ли-Мессер, Кристофер; Lundstrom, Brian N .; Миллер, Кай Дж .; Ojemann, Jeffrey G .; Остенвельд, Роберт; Петриду Наталья; Пиантони, Джио; Пигорини, Андреа; Пуратян, Надер; Рэмси, Ник Ф .; Столк, Арьен; Суонн, Николь С .; Тадель, Франсуа; Войтек, Брэдли; Wandell, Brian A .; Винавер, Джонатан; Уитакер, Кирсти; Зель, Люба; Гермес, Дора (декабрь 2019 г.). «iEEG-BIDS, расширяющая спецификацию структуры данных изображения мозга на внутричерепную электрофизиологию человека». Научные данные. 6 (1): 102. Bibcode:2019НатСД ... 6..102Ч. Дои:10.1038 / s41597-019-0105-7. ISSN  2052-4463. ЧВК  6592874. PMID  31239438.
  8. ^ https://bids.neuroimaging.io/2019/12/31/meet-the-bids-steering-group.html

внешняя ссылка