CCDC11 - CCDC11 - Wikipedia
Спиральный домен, содержащий 11, также известный как CCDC11 это белок что закодировано CCDC11 ген расположен на хромосоме 18 у человека.[1]
Обзор
Ген CCDC11 расположен на хромосоме 18q21.1 и состоит из 39303 п.н.[2] Белок CCDC11 состоит из 514 аминокислот и имеет массу 61835 Да.[2] Его псевдонимы включают домен спиральной спирали, содержащий белок 11, FLJ32743, OTTHUMP00000163503.[2]
Гомология
У CCDC есть ортологи вплоть до бета-протеобактерий, которые являются классом протеобактерий.[2] В следующей таблице представлена небольшая подборка ортологов, найденных при поиске в BLAST и BLAT. Это далеко не полный список; тем не менее, он показывает разнообразие видов, обнаруженных CCDC11.
| Разновидность | Общее название организма | Присоединение к NCBI | Длина (AA) | Идентичность последовательности | Сходство последовательности |
| Homo sapiens | Человек | NP_659457 | 514 | 100% | 100% |
| Пан троглодиты | Шимпанзе | XP_523923.3 | 514 | 99% | 99% |
| Каллитрикс Яхус | Мартышка | XP_002757278.1 | 514 | 92% | 95% |
| Ailuropoda melanoleuca | Панда | XP_002939158.1 | 514 | 83% | 91% |
| Собаки фамильярные | Собака | XP_547689.3 | 514 | 82% | 91% |
| Bos taurus | Корова | XP_002697813.1 | 514 | 81% | 91% |
| Loxodonata africana | Слон | XP_003406348.1 | 514 | 80% | 91% |
| Раттус норвегикус | Крыса | XP_001053914.2 | 514 | 71% | 87% |
| Mus musculus | Мышь | NP_083224.2 | 514 | 70% | 87% |
| Орниторинхус анатинус | Утконос | XP_001509001.2 | 465 | 49% | 72% |
| Monodelphis domestica | Опоссум | XP_001372850.2 | 507 | 47% | 70% |
| Xenopus tropicalis | Лягушка | NP_001120281.1 | 516 | 39% | 65% |
| Анолис каролинский | Ящерица | XP_003227331.1 | 514 | 37% | 62% |
| Nematostella vectensis | Актинии | XP_001628275.1 | 440 | 36% | 58% |
| Branchiostoma floridae | Ланцетник | XP_002609924.1 | 528 | 35% | 61% |
| Trichoplax adhaerens | Trichoplax | XP_002111027.1 | 514 | 33% | 60% |
| Данио Рерио | Рыба-зебра | NP_001038595.2 | 519 | 32% | 58% |
| Амфимедон королевский | Губка | XP_003389146.1 | 513 | 31% | 60% |
Джин соседство
На приведенном ниже изображении из NCBI показано соседство гена CCDC11 на хромосоме 18. CCDC11 имеет белок 1 связывающего домена метил-CPG, MBD1, вверху и миозин VB3, MYO5B, внизу. Все CCDC11, MBD1 и MYO5B ориентированы отрицательно. Обратите внимание на близость между MBD1 и CCDC11.
Прогнозируемая посттрансляционная модификация
Инструменты на сайте ExPASy Proteomics[3] прогнозировать следующие посттрансляционные модификации:
| Инструмент | Прогнозируемое изменение | Homo sapiens | Mus musculus | Bos taurus |
| ИноЯН[4] | O-β-GlcNAc | T239, S510 | T239 | T239, S509, T510 |
| NetPhos[5] | фосфорилирование | T8, T17, S43, S53, S56, S57, Y112, T134, S170, S240, S425, S461 | T17, S43, S53, S56, S107, Y112, S114, S170, T284, S287, S492 | T17, S56, T64, S107, T112, T122, T325, S442, S482, S507 |
Один инструмент на ExPASy, iPSORT, не показал сигнального пептида, однако показал, что CCDC11 является митохондриальным. Другой инструмент ExPASy, SOSUI, показал, что белок является растворимым белком.
Рекомендации
- ^ "спиральный домен, содержащий 11". Получено 25 февраля 2012.
- ^ а б c d «Генные карты». Получено 25 февраля 2012.
- ^ «Инструменты протеомики ExPASy». Получено 15 апреля 2012.
- ^ "ИНОЯН". Получено 15 апреля 2012.
- ^ «НетФос». Получено 15 апреля 2012.