CLC биография - CLC bio - Wikipedia

CLC биография
ТипЧастная компания
ПромышленностьБиоинформатика
Основан2005
Штаб-квартира
Орхус
,
Дания
Обслуживаемая площадь
Дания
Кембридж, Массачусетс
Токио
Тайбэй
Дели
ТоварыПрограммного обеспечения и консалтинг
Интернет сайтhttp://www.clcbio.com

CLC биография был биоинформатика софтверная компания со штаб-квартирой в Орхус, Дания, и с офисами в Кембридж, Массачусетс, Токио, Тайбэй и Дели. CLC био программного обеспечения имеет более 250 000 пользователей [1] в более чем 100 странах мира. CLC bio была приобретена QIAGEN в 2013 году и продолжает существовать в составе QIAGEN Digital Insights, подразделение исследований и разработок в области биоинформатики компании QIAGEN.

Программного обеспечения

CLC bio развивается широко цитируется[2] рабочий стол[3] корпоративное и облачное программное обеспечение для анализа биологические данные. Предлагая некоторые алгоритмы с открытым исходным кодом со своими инструментами, CLC bio имеет собственные реализации нескольких популярных приложений, которые были ускорены с помощью SIMD технологии. В 2010 году CLC bio стала первой коммерческой платформой для биоинформатического анализа, в которой использовался графический пользовательский интерфейс для создания, управления и развертывания рабочих процессов анализа.[4]

Среди других функций программное обеспечение поддерживает чтение карт Сэнгера и высокопроизводительное секвенирование данные, de novo сборка Зангера и высокопроизводительное секвенирование данные, Обнаружение SNP на полных геномах любого размера, обнаружение структурных вариаций на полных геномах любого размера, ChIP-seq анализ, РНК-Seq анализ, маленький РНК анализ и ВЗРЫВ. CLC bio также предоставляет дополнительные плагины (как бесплатные, так и коммерческие), которые расширяют платформу для использования в конкретных предметных областях, включая завершение генома, микробную геномику и структурную биологию.

Программное обеспечение CLC bio позволяет пользователю анализировать, визуализировать и сравнивать геномный, транскриптомные и эпигеномные данные всех основных высокопроизводительное секвенирование платформы, такие как Иллюмина, Технологии жизни, Рош 454, Тихоокеанские биологические науки, Оксфорд Нанопор, и Полная геномика. Программное обеспечение CLC bio независимая платформа и может использоваться для Mac OS X, Windows, и Linux. Платформа включает графический пользовательский интерфейс рабочего стола, инструменты командной строки и МЫЛО и ОТДЫХ API и возможность запускать контейнерные инструменты.

Платформа анализа CLC bio была установлена ​​в нескольких исследовательских учреждениях мира и более чем в 2000 различных организациях.[5] по всему миру, включая топ-10 фармацевтических компаний в мире.

Облачные вычисления

В 2017 году CLC bio запустила свой облачный движок CLC Genomics Cloud Engine.[6] в качестве платформы на основе командной строки для выполнения рабочих процессов облачной биоинформатики в Amazon Web Services. В 2019 году эта платформа была адаптирована и одобрена для использования в AWS GovCloud. В 2020 году CLC bio выпустила бесплатный плагин, который позволяет выполнять рабочие процессы на AWS непосредственно из программного обеспечения для настольных ПК CLC Genomics Workbench.

Аппаратное обеспечение

Ранее компания представила высокопроизводительные вычисления собственной разработки. решения, с упором на ускорение алгоритмов с открытым исходным кодом, таких как HMMER, Смит-Уотерман и ClustalW, с помощью FPGA технологии. CLC bio больше не разрабатывает собственные аппаратные продукты.

О

CLC bio начала коммерческую деятельность 1 января 2005 года со штаб-квартирой в Дании. Это прибыльная частная компания со 100 сотрудниками, которая была приобретена Qiagen в конце 2013 года. 30% сотрудников имеют докторскую степень, а еще 50% - степень магистра.[7]

CLC bio поддерживает научную направленность, инициируя и участвуя в различных исследовательских проектах по всему миру, включая многочисленные проекты, финансируемые за счет грантов.[8][9]

Рекомендации

  1. ^ Количество пользователей
  2. ^ Цитаты из Google Scholar
  3. ^ "QIAGEN CLC Genomics Workbench | QIAGEN Digital Insights". Программное обеспечение и услуги в области биоинформатики | QIAGEN Digital Insights. Получено 2020-05-07.
  4. ^ «Последние улучшения». Программное обеспечение и услуги в области биоинформатики | QIAGEN Digital Insights. Получено 2020-05-07.
  5. ^ Список клиентов
  6. ^ «Последние улучшения». Программное обеспечение и услуги в области биоинформатики | QIAGEN Digital Insights. Получено 2020-05-07.
  7. ^ «Профиль компании (PDF)» (PDF). Архивировано из оригинал (PDF) на 2012-05-04. Получено 2012-05-29.
  8. ^ GenomeWeb
  9. ^ GenomeWeb