Общий язык рабочего процесса - Common Workflow Language

Общий язык рабочего процесса
Стандарты Common Workflow Language
CWL-Logo-4k.png
Логотип CWL
Положение делОпубликовано
Год начался10 июля 2014 г. (2014-07-10)
Последняя версия1.2
7 августа 2020 (2020-08-07)
Связанные стандартыОбъект BioCompute
ЛицензияApache 2.0
СокращениеCWL
Интернет сайтпростолюдин.org

В Общий язык рабочего процесса (CWL) - стандартный[1] для описания вычислительных процессов анализа данных. Разработка CWL сосредоточена, в частности, на обслуживании наук с большим объемом данных, таких как биоинформатика,[2] Медицинская визуализация, астрономия, физика и химия. Ключевая цель CWL - позволить создать рабочий процесс, который является переносимым и, таким образом, может воспроизводимо выполняться в различных вычислительных средах.[3]

CWL возник в результате обсуждений в 2014 г. Питер Амштуц, Джон Чилтон, Небойша Тиянич и Майкл Р. Крузо (в то время их принадлежностью были: Галактика, Арвадос, Семь мостов и Университет штата Мичиган ) на Фонд открытой биоинформатики BOSC 2014 codefest.

CWL поддерживается несколькими программами анализа и платформами, такими как Apache Airflow (через CWL-воздушный поток [4]), Арвадос, Rabix, Cromwell рабочий процесс, Трудиться, REANA - многоразовые анализы и CWLEXEC за IBM Spectrum LSF,[5] и был определен в 2017 году как одна из будущих тенденций развития пайплайна биоинформатики.[2] Несколько дополнительных сред анализа в настоящее время реализуют поддержку CWL, включая Apache Taverna и Галактика.[5]

Доступность

CWL разрабатывается неформальной рабочей группой с участием нескольких поставщиков, состоящей как из организаций, так и отдельных лиц, и находится в свободном доступе через ее Репозиторий GitHub под разрешительным Лицензия Apache 2.0.

Рекомендации

  1. ^ Питер, Амштуц; Р., Крузо, Майкл; Небойша, Тиянич; Брэд, Чепмен; Джон, Чилтон; Майкл, Хойер; Андрей, Карташов; Дэн, Лехр; Эрве, Менагер (2016-07-08). «Common Workflow Language, v1.0». Фигшер. Дои:10.6084 / m9.figshare.3115156.v2.
  2. ^ а б Лейпциг, Джереми (2017-05-01). «Обзор биоинформатических конвейерных структур». Брифинги по биоинформатике. 18 (3): 530–536. Дои:10.1093 / нагрудник / bbw020. ISSN  1467-5463. ЧВК  5429012. PMID  27013646.
  3. ^ Перкель, Джеффри М. (2019). «Системы рабочего процесса превращают необработанные данные в научные знания». Природа. 573 (7772): 149–150. Bibcode:2019Натура 573..149П. Дои:10.1038 / d41586-019-02619-z. ISSN  0028-0836. PMID  31477884. S2CID  201713827.
  4. ^ Барский, Артем; Карташов, Андрей В .; Котляр, Майкл (01.07.2019). «CWL-Airflow: облегченный диспетчер конвейеров, поддерживающий Common Workflow Language». GigaScience. 8 (7). Дои:10.1093 / gigascience / giz084. ЧВК  6639121. PMID  31321430.
  5. ^ а б «Общий язык рабочего процесса». www.commonwl.org.

внешняя ссылка