DIALIGN-TX - DIALIGN-TX

DIALIGN-TX это множественное выравнивание последовательностей Программа написана Амарендраном Р. Субраманианом и является существенным улучшением DIALIGN-T за счет объединения жадных и прогрессивных стратегий выравнивания в новом алгоритме.

Оригинал ДИАЛИН-Т является повторной реализацией программы множественного выравнивания DIALIGN. Благодаря нескольким улучшениям в алгоритмах, он обеспечивает значительно лучшее выравнивание наборов последовательностей, связанных локально и глобально, чем предыдущие версии DIALIGN. Однако, как и в исходной реализации программы, DIALIGN-T использует простой жадный подход для сборки нескольких выравниваний из локальных попарных сходств последовательностей. Такие жадные подходы могут быть уязвимы для ложных случайных сходств и, следовательно, могут привести к неоптимальным результатам. DIALIGN-TX - это существенное усовершенствование DIALIGN-T, сочетающее в себе предыдущий жадный алгоритм с подходом прогрессивного выравнивания.

Смотрите также

Рекомендации

  • Субраманиан А.Р., Кауфманн М., Моргенштерн Б. DIALIGN-TX: жадные и прогрессивные подходы к сегментному выравниванию множественных последовательностей. Алгоритмы молекулярной биологии 2008, 3:6
  • Subramanian AR, Weyer-Menkhoff J, Kaufmann M, Morgenstern B. DIALIGN-T: улучшенный алгоритм для множественного выравнивания последовательностей на основе сегментов. BMC Bioinformatics 2005, 6:66

внешняя ссылка