Темный протеом - Dark proteome - Wikipedia

В темный протеом определяется как белки без определенной трехмерной структуры. Он не может быть обнаружен или проанализирован с использованием гомологичного моделирования или аналитического количественного определения, поскольку молекулярная конформация неизвестна.[1] Темные белки в основном состоят из неизвестных неизвестных [2]

История и происхождение

По оценкам, около 14% протеома архей и бактерий, и до 44–54% протеома эукариот и вирусов являются темными.[2] Происхождение этих темных белков неясно. Большая часть темного протеома имеет вирусное происхождение. Темные области белка являются темными из-за того, что они происходят от необычных организмов, у которых нет достаточного количества близких родственников в текущих базах данных белков, чтобы предоставить данные о белках для выравнивания последовательностей и определения структуры.

Функция

Темные белки не применимы к парадигме структура-функция, которой следуют все белки. Они преимущественно состоят из внутренне нарушенных белков (IDP), которые необходимы для определенных биологических функций, таких как сплайсинг, транскрипционная и посттрансляционная передача сигналов и передача сигналов через белковые сети. Эти процессы обычно выполняются внутриклеточно, однако темные белки чрезмерно представлены во внеклеточном матриксе и в эндоплазматическом ретикулуме.[1] Темные белки ведут себя так же, как полимеры, и способны принимать многие, если не бесконечные, формы конформации из-за адаптируемости полипептидной цепи.[3] Это связано с отсутствием структуры, которая обеспечивает гибкость и маневренность, которая помогает в определенных рибосомных и клеточных процессах. Они также чрезмерно представлены в определенных секреторных тканях и внешней среде, которая помогает клетке противостоять жесткой клеточной среде.[1] Функция не ограничивается только сигнализацией и защитой, хотя полностью не изучена. «Темные белки - это в основном неизвестные неизвестные»[1]

Методы обнаружения

В настоящее время только вычислительные и аналитические методы, такие как инфракрасный (ИК), круговой дихроизм (CR), масс-спектрометрии (РС), эксперимент с одной молекулой, широкоугольное рассеяние рентгеновских лучей, малоугловое рассеяние рентгеновских лучей, широкоугольное рассеяние рентгеновских лучей (ВОСК), Ядерный магнитный резонанс (ЯМР) и гель-фильтрация.[4] Совместная методология с методами рекомендуется, если при использовании одного метода отсутствуют определенные точки данных, дополнительный метод может служить для заполнения этого пробела.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d Пердигао, Нельсон. "База данных темного протеома: исследования темных белков. "База данных темного протеома: исследования темных белков, 27 марта 2019 г. 10.20944 / препринты201901.0198.v1
  2. ^ а б Пердигао, Нельсон; и другие. (2015). «Неожиданные свойства темного протеома». PNAS. 112 (52): 15898–15903. Bibcode:2015ПНАС..11215898П. Дои:10.1073 / pnas.1508380112. ЧВК  4702990. PMID  26578815.
  3. ^ Росс, Дженнифер Л. «Темная материя биологии». Биофизический журнал 111, вып. 5 (6 сентября 2016 г.): 909-16. По состоянию на 8 апреля 2019 г. doi: 10.1016 / j.bpj.2016.07.037
  4. ^ Бхоумик, Асмист, Дэвид Х. Брукс, Шейн Р. Йост, Х. Джейн Дайсон и Джули Д. Форман-Кей. «В поисках пути в темном протеоме». Публикация ACS, 7 июля 2016 г. Проверено 8 апреля 2019 г. doi: 10.1021 / jacs.6b06543.