База данных молекулярных движений - Database of Molecular Motions

База данных макромолекулярных движений
Оригинальный автор (ы)Марк Б. Герштейн
Вернер Г. Кребс[1]
Разработчики)команда molmovdb.org на Йельский университет
изначальный выпуск1996; 24 года назад (1996)[2]
Типбиоинформатика база данных, Программное обеспечение как сервис[3]
Интернет сайтмолмовдб.org

В База данных макромолекулярных движений (молмовдб) это биоинформатика база данных и программное обеспечение как сервис инструмент, который пытается классифицировать макромолекулярный движения, иногда также известные как конформационное изменение.[5][6][7] Первоначально он был разработан Марк Б. Герштейн, Вернер Кребс, и Нат Эхолс в отделе молекулярной биофизики и биохимии в Йельский университет.[8][9]

Обсуждение

С момента ее появления в конце 1990-х годов рецензируемые статьи по базе данных получили тысячи цитирований.[10][11] База данных упоминается в новостных статьях крупных научных журналов,[5][7] главы книги,[6] и в другом месте.[8][9]

Пользователи могут искать в базе данных конкретное движение либо белок имя или Банк данных белков Идентификационный номер.[1] Однако обычно пользователи входят в базу данных через Банк данных белков, который часто предоставляет гиперссылку на запись molmovdb для белков, обнаруженных в обеих базах данных.

База данных включает веб-инструмент (сервер Morph), который позволяет неспециалистам анимировать и визуализировать определенные типы белков. конформационное изменение через создание короткометражных фильмов. Эта система использует молекулярное моделирование методы для интерполировать структурные изменения между двумя разными конформерами белков и для создания набора промежуточных структур. Затем пользователю отправляется по электронной почте гиперссылка, указывающая на результаты преобразования.[3]

Morph Server изначально был в первую очередь исследовательским инструментом, а не общим инструментом молекулярной анимации, и поэтому предлагал только ограниченный пользовательский контроль над рендерингом, параметрами анимации, цветом и точкой обзора, а оригинальные методы иногда требовали изрядного количества процессорного времени для завершения. .[12] С момента своего первоначального внедрения в 1996 году база данных и связанный с ней морфинг-сервер были усовершенствованы, чтобы попытаться устранить некоторые из этих недостатков.[2][13] а также добавить новые функции, такие как Нормальный режим Анализ.[14] Другие исследовательские центры впоследствии разработали альтернативные системы, такие как MovieMaker от Университет Альберты.[12]

Коммерциализация

Поставщик биоинформатики ДНАСТАР включила морфы из базы данных в свой коммерческий продукт Protean3D.[15][16] Связь DNASTAR с авторами базы данных, если таковая имеется, не сразу выясняется.

Смотрите также

Примечания

Рекомендации

  1. ^ а б Герштейн М., Кребс В. (сентябрь 1998 г.). «База данных макромолекулярных движений». Нуклеиновые кислоты Res. 26 (18): 4280–90. Дои:10.1093 / nar / 26.18.4280. ЧВК  147832. PMID  9722650.
  2. ^ а б c Флорес, S; Echols, N; Милберн, Д; Hespenheide, B; Китинг, К; Лу, Дж; Уэллс, S; Ю., Э. З .; Торп, М; Герштейн, М (2006). «База данных макромолекулярных движений: новые функции, добавленные к декабрю». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск базы данных): D296–301. Дои:10.1093 / nar / gkj046. ЧВК  1347409. PMID  16381870.
  3. ^ а б Krebs WG, Gerstein M (апрель 2000 г.). «ОБЗОР И РЕЗЮМЕ: Морф-сервер: стандартизованная система для анализа и визуализации макромолекулярных движений в структуре базы данных». Нуклеиновые кислоты Res. 28 (8): 1665–75. Дои:10.1093 / nar / 28.8.1665. ЧВК  102811. PMID  10734184.
  4. ^ «Сайт базы данных макромолекулярных движений».
  5. ^ а б «Горячий выбор». Наука. 284 (5416): 871b – 871. 1999-05-07. Дои:10.1126 / science.284.5416.871b. ISSN  0036-8075.
  6. ^ а б Bourne PE, Helge W, ред. (2003). Структурная биоинформатика. Хобокен, Нью-Джерси: Wiley-Liss. п.229. ISBN  978-0-471-20199-1. OCLC  50199108.
  7. ^ а б Борн, ЧП; Мюррей-Раст, Дж; Лейки JH (февраль 1999 г.). «Взаимодействия белок-нуклеиновая кислота. Сворачивание и связывание. Веб-предупреждение». Текущее мнение в структурной биологии. 9 (1): 9–10. Дои:10.1016 / S0959-440X (99) 90000-3.
  8. ^ а б "Морфы". Протеопейда. Протеопейда. Получено 2015-10-30.
  9. ^ а б Борнер (ред.). Инструменты управления знаниями и визуализации в поддержку открытия (отчет семинара NSF) (PDF) (Отчет). Семинар Национального научного фонда. п. 5. Архивировано из оригинал (PDF) на 2016-03-04. Получено 2015-12-26.
  10. ^ "Марк Герштейн - Цитирование ученых из Google". scholar.google.com. Получено 2015-12-26.
  11. ^ "Вернер Г. Кребс - цитаты из Google Scholar". scholar.google.com. Получено 2015-12-26.
  12. ^ а б Маити Р., Ван Домселаар Г. Х., Вишарт Д. С. (июль 2005 г.). «MovieMaker: веб-сервер для быстрой визуализации движений и взаимодействий белков». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (Выпуск веб-сервера): W358–62. Дои:10.1093 / нар / gki485. ЧВК  1160245. PMID  15980488.
  13. ^ Александров В., Герштейн М. (январь 2004 г.). «Использование трехмерных скрытых марковских моделей, которые явно представляют пространственные координаты для моделирования и сравнения белковых структур». BMC Bioinformatics. 5: 2. Дои:10.1186/1471-2105-5-2. ЧВК  344530. PMID  14715091.
  14. ^ Александров В., Ленерт Ю., Эколс Н., Милберн Д., Энгельман Д., Герштейн М. (март 2005 г.). «Нормальные режимы для прогнозирования движения белков: комплексная оценка базы данных и связанный веб-инструмент». Белковая наука. 14 (3): 633–43. Дои:10.1110 / пс 04882105. ЧВК  2279292. PMID  15722444.
  15. ^ «Библиотека движений в документации Protean3D». www.dnastar.com. Получено 2015-11-13.
  16. ^ «Обзор Protean3D». www.dnastar.com. Получено 2015-11-13.

внешняя ссылка