Секвенирование деградома - Degradome sequencing

Секвенирование деградома (Degradome-Seq),[1][2] также упоминается как параллельный анализ концов РНК (PARE ),[1][2] это модифицированная версия 5'-Быстрая амплификация концов кДНК (RACE) с использованием высокопроизводительных методов глубокого секвенирования, таких как технология SBS компании Illumina. Секвенирование деградации обеспечивает комплексные средства анализа паттернов деградации РНК.

Секвенирование деградома использовалось для идентификации микроРНК (miRNA ) сайты расщепления,[3] потому что miRNA могут вызывать эндонуклеолитическое расщепление мРНК за счет обширной и часто совершенной комплементарности мРНК.[1][2] Секвенирование деградома выявило многие известные и новые растения. miRNA (миРНК ) целей.[1][2][4][5][6][7] В последнее время секвенирование деградома также применялось для идентификации расщеплений, происходящих от животных (человека и мышей) miRNA.[8][9][10]

внешняя ссылка

  • база данных starBase: база данных для изучения сайтов расщепления микроРНК из секвенирование деградома (Degradome-Seq) данные.

Рекомендации

  1. ^ а б c d Немецкий магистр наук, Пиллэй М., Джонг Д.Х., Хетавал А., Луо С., Джанардханан П., Каннан В., Римаркиз Л.А., Нобута К., Герман Р., Де Паоли Е., Лу К., Шрот Г., Мейерс BC, Грин П.Дж. (2008). «Глобальная идентификация пар микроРНК-мишень РНК путем параллельного анализа концов РНК». Nat. Биотехнология. 26 (8): 941–946. Дои:10.1038 / nbt1417. PMID  18542052.
  2. ^ а б c d Аддо-Куэй С., Эшу Т.В., Бартель Д.П., Акстелл М.Дж. (2008). «Эндогенные миРНК и миРНК-мишени, идентифицированные секвенированием деградома Arabidopsis». Curr. Биол. 18 (10): 758–762. Дои:10.1016 / j.cub.2008.04.042. ЧВК  2583427. PMID  18472421.
  3. ^ Томсон, DW; Bracken, CP; Гудолл, GJ (07.06.2011). «Экспериментальные стратегии идентификации мишеней микроРНК». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (16): 6845–6853. Дои:10.1093 / нар / gkr330. ЧВК  3167600. PMID  21652644.
  4. ^ Ян Дж.Х., Ли Дж.Х., Шао П, Чжоу Х., Чен YQ, Цюй Л.Х. (2011). «starBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК из данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq». Нуклеиновые кислоты Res. 39 (Выпуск базы данных): 1–8. Дои:10.1093 / nar / gkq1056. ЧВК  3013664. PMID  21037263.
  5. ^ Хендерсон, И. Р .; Якобсен, С. Э. (2008). «Секвенирование срезанных концов выявляет мишени для микроРНК». Природа Биотехнологии. 26 (8): 881–882. Дои:10.1038 / nbt0808-881. ЧВК  2989925. PMID  18688239.
  6. ^ Wu, L .; Zhang, Q .; Чжоу, H .; Ni, F .; Wu, X .; Ци, Ю. (2009). «Эффективные комплексы и мишени микроРНК риса». Растительная клетка онлайн. 21 (11): 3421–35. Дои:10.1105 / tpc.109.070938. ЧВК  2798332. PMID  19903869.
  7. ^ Pantaleo, V .; Szittya, G .; Moxon, S .; Miozzi, L .; Moulton, V .; Dalmay, T .; Бургян Дж. (2010). «Идентификация микроРНК виноградной лозы и их мишеней с использованием высокопроизводительного секвенирования и анализа деградации». Журнал растений. 62 (6): 960–76. Дои:10.1111 / j.0960-7412.2010.04208.x. PMID  20230504.
  8. ^ Шин, С .; Nam, J. W .; Farh, K. K. H .; Chiang, H.R .; Шкуматава, А .; Бартель, Д. П. (2010). «Расширение кода таргетинга MicroRNA: функциональные сайты с центрированным соединением». Молекулярная клетка. 38 (6): 789–802. Дои:10.1016 / j.molcel.2010.06.005. ЧВК  2942757. PMID  20620952.
  9. ^ Каргинов, Ф. В .; Cheloufi, S .; Чонг, М. М. В .; Старк, А .; Smith, A.D .; Хэннон, Дж. Дж. (2010). «Разнообразные сайты эндонуклеолитического расщепления в транскриптоме млекопитающих зависят от микроРНК, дроша и дополнительных нуклеаз». Молекулярная клетка. 38 (6): 781–8. Дои:10.1016 / j.molcel.2010.06.001. ЧВК  2914474. PMID  20620951.
  10. ^ Bracken, CP; Szubert, JM; Mercer, TR; Dinger, ME; Томсон, DW; Mattick, JS; Майкл, МЗ; Гудолл, GJ (22 марта 2011 г.). «Глобальный анализ деградации РНК млекопитающих обнаруживает широко распространенное эндонуклеолитическое расщепление, зависимое от miRNA и независимое от miRNA». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (13): 5658–5668. Дои:10.1093 / nar / gkr110. ЧВК  3141239. PMID  21427086.