DsrA РНК - DsrA RNA

DsrA РНК
RF00014.jpg
Идентификаторы
СимволDsrA
РфамRF00014
Прочие данные
РНК типГен; мРНК
Домен (ы)Бактерии
ТАКТАК: 0000378
PDB структурыPDBe

DsrA РНК это некодирующая РНК который регулирует оба транскрипция, преодолевая подавление транскрипции нуклеоид-ассоциированными Белок H-NS,[1] и перевод, способствуя эффективному преобразованию сигма-фактора напряжения, RpoS.[2][3] Эти две активности DsrA могут быть разделены мутацией: первая из трех стебель-петли из 85 нуклеотид РНК необходим для трансляции RpoS, но не для действия против H-NS, в то время как вторая стержневая петля важна для антисайленсинга и менее критична для трансляции RpoS. Третья петля-стебель, которая ведет себя как терминатор транскрипции, может быть заменена trp терминатор транскрипции без потери функции DsrA. Последовательность первой стержневой петли DsrA комплементарна вышележащей лидерной части матричной РНК RpoS, предполагая, что спаривание DsrA с сообщением RpoS может быть важным для регуляции трансляции. Структуры DsrA и комплекса DsrA / rpoS изучали ЯМР. Исследование пришло к выводу, что sRNA содержит динамическое конформационное равновесие для своего второго стержня-петли, что может быть важным механизмом для DsrA, чтобы регулировать трансляции его множественных мРНК-мишеней.[4]

Имеются доказательства того, что DsrA РНК может самособираться в наноструктуры посредством антисмысловых взаимодействий трех самокомплементарных областей.[5][6]

Мишени DsrA

Имеются экспериментальные данные, позволяющие предположить, что DsrA взаимодействует с генами, кодирующими белок hns,[7][8][9] rbsD,[7] argR,[7] ilvI[7] и rpoS[10][11][12][13] через антисмысловой механизм.

DsrA складывается в структуру с тремя заколки для волос. Второй из них (нуклеотиды 23–60) связывается с Hfq.[14]

Рекомендации

  1. ^ Следжески, Д; Готтесман С (1995). «Малая РНК действует как антисайленсер гена rcsA, подавляющего H-NS, в Escherichia coli». Proc Natl Acad Sci USA. 92 (6): 2003–2007. Bibcode:1995PNAS ... 92. 2003S. Дои:10.1073 / пнас.92.6.2003. ЧВК  42411. PMID  7534408.
  2. ^ Majdalani, N; Хитрый C; Sledjeski D; Эллиотт Т; Готтесман С (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью антисмыслового механизма, независимо от его действия как антисайленсера транскрипции». Proc Natl Acad Sci USA. 95 (21): 12462–12467. Bibcode:1998ПНАС ... 9512462М. Дои:10.1073 / пнас.95.21.12462. ЧВК  22853. PMID  9770508.
  3. ^ Готтесман, S (2005). «Микроорганизмы для микробов: некодирующие регуляторные РНК в бактериях». Тенденции Genet. 21 (7): 399–404. CiteSeerX  10.1.1.391.8944. Дои:10.1016 / j.tig.2005.05.008. PMID  15913835.
  4. ^ У, Пэнчжи; Лю, Сяодань; Ян, Лингна; Сунь, Итун; Гун, Цинго; Ву, Цзихуэй; Ши, Юнью (2017-09-19). «Важная конформационная пластичность мРНК DsrA для адаптации множественной регуляции мишеней». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (16): 9625–9639. Дои:10.1093 / нар / gkx570. ISSN  1362-4962. ЧВК  5766208. PMID  28934467.
  5. ^ Cayrol B, Nogues C, Dawid A, Sagi I, Silberzan P, Isambert H (2009). «Наноструктура, сделанная из бактериальной некодирующей РНК». J Am Chem Soc. 131 (47): 17270–17276. Дои:10.1021 / ja906076e. PMID  19821568.
  6. ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J, Busi F, Le Dérout J, Piétrement O, Le Cam E, Régnier P, Lavelle C, Arluison V (2009). «Самосборка малой некодирующей РНК DsrA E. coli: молекулярные характеристики и функциональные последствия». РНК Биол. 6 (4): 434–445. Дои:10.4161 / rna.6.4.8949. PMID  19535898.
  7. ^ а б c d Аренда RA, Cusick ME, Belfort M (1998). «Риборегуляция в Escherichia coli: РНК DsrA действует посредством РНК: взаимодействий РНК во множестве локусов». Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (21): 12456–12461. Bibcode:1998ПНАС ... 9512456Л. Дои:10.1073 / пнас.95.21.12456. ЧВК  22852. PMID  9770507.
  8. ^ Городской JH, Vogel J (2007). «Контроль трансляции и распознавание мишеней малыми РНК Escherichia coli in vivo». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (3): 1018–1037. Дои:10.1093 / нар / gkl1040. ЧВК  1807950. PMID  17264113.
  9. ^ Аренда РА Белфорт М (2000 г.). «Транс-действующая РНК как контрольный переключатель в Escherichia coli: DsrA модулирует функцию, формируя альтернативные структуры». Proc Natl Acad Sci U S A. 97 (18): 9919–9924. Bibcode:2000PNAS ... 97.9919L. Дои:10.1073 / pnas.170281497. ЧВК  27626. PMID  10954740.
  10. ^ Majdalani N, Cunning C, Sledjeski D, Elliott T, Gottesman S (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции». Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (21): 12462–12467. Bibcode:1998ПНАС ... 9512462М. Дои:10.1073 / пнас.95.21.12462. ЧВК  22853. PMID  9770508.
  11. ^ Мадждалани Н., Чен С., Марроу Дж., Сент-Джон К., Готтесман С. (2001). «Регулирование RpoS с помощью новой малой РНК: характеристика RprA». Мол Микробиол. 39 (5): 1382–1394. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2001.02329.x. PMID  11251852.
  12. ^ Следжески Д.Д., Гупта А., Готтесман С. (1996). «Малая РНК, DsrA, необходима для низкотемпературной экспрессии RpoS во время экспоненциального роста Escherichia coli». EMBO J. 15 (15): 3993–4000. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00773.x. ЧВК  452119. PMID  8670904.
  13. ^ Следжески Д.Д., Уитмен С., Чжан А. (2001). «Hfq необходим для регуляции нетранслируемой РНК DsrA». J Бактериол. 183 (6): 1997–2005. Дои:10.1128 / JB.183.6.1997-2005.2001. ЧВК  95095. PMID  11222598.
  14. ^ Брешиа, CC; Mikulecky, PJ; Feig, AL; Следжески, Д. Д. (январь 2003 г.). «Идентификация сайта связывания Hfq на РНК DsrA: Hfq связывается без изменения вторичной структуры DsrA». РНК. 9 (1): 33–43. Дои:10.1261 / rna.2570803. ЧВК  1370368. PMID  12554874.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка