EB-глаз - EB-eye

EB-глаз
EBI Поиск
Формирование2006
ТипНекоммерческая академическая организация
СервисыИсследования и услуги в области биоинформатики
Интернет сайтЭби.ac.Великобритания

В EB-глаз, также известен как EBI Поиск, это поисковый движок который обеспечивает единый доступ к ресурсам биологических данных, размещенным на Европейский институт биоинформатики (EBI).[1][2]

EB-eye - поисковая система EBI для биологических данных

В Европейский институт биоинформатики это некоммерческая академическая организация, входящая в состав Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL). В EBI это центр исследований и услуг в области биоинформатики. Институт управляет базами данных биологических данных, включая нуклеотидные последовательности, последовательности белков и макромолекулярные структуры.

Миссия EBI

  • Предоставлять научному сообществу свободно доступные данные и услуги в области биоинформатики таким образом, чтобы способствовать научному прогрессу.
  • Способствовать развитию биологии посредством фундаментальных исследований в области биоинформатики, проводимых исследователями.
  • Обеспечить углубленную подготовку в области биоинформатики для ученых всех уровней, от аспирантов до независимых исследователей.
  • Чтобы способствовать распространению передовых технологий в промышленности.

Что такое EB-eye?

EB-eye - это быстрая и эффективная поисковая система, которая в настоящее время обеспечивает простой и единообразный доступ к ресурсам биологических данных, размещенным в EBI.

Проект стартовал в августе 2006 года и разрабатывается на основе Apache Lucene технологии. Это среда Java, которая обеспечивает чрезвычайно мощные возможности индексирования и поиска.

EB-eye представляет результаты поиска очень простым способом и действует как шлюз для доступа к биологическим записям и соответствующей информации на специализированных порталах. Одной из ключевых особенностей EB-eye является возможность связно отображать отношения, существующие между различными базами данных, что позволяет пользователю перемещаться по этой сети перекрестных ссылок.

Пользователь может искать по всему миру EBI ресурсы данных через поле «Глобальный поиск» или даже создавать более конкретные запросы по целевым ресурсам с помощью EB-eye Query Builder.

EB-eye публично демонстрирует как веб, так и Веб-сервисы RESTful интерфейс.

Доступ к EB-eye

Глобальный поиск

Глобальный поиск доступен на EBI интернет сайт. Вы можете просто ввести некоторые условия запроса в текстовое поле поиска и нажать кнопку поиска (или нажать Enter). Затем система отображает сводную страницу со списком различных наборов данных и количеством совпадений, найденных в каждом из них.

Примеры глобального поиска

Конструктор запросов

Конструктор запросов позволяет пользователям создавать и сохранять сложные запросы к доступным данным для получения конкретных результатов поиска. Увидеть примеры сложных запросов раздел.

Что может искать пользователь?

Многие ресурсы EBI индексируются в поисковой системе, но некоторые нет. EB-eye может искать только ту информацию, которая индексируется. Это означает, что другие поисковые системы, работающие с биологическими данными, могут давать другие результаты. Как правило, поисковая система EB-eye индексирует идентификаторы, имена, описания, ключевые слова и перекрестные ссылки.

Примеры сложных запросов

Также возможен поиск по перекрестным ссылкам.

Справка и документация по EB-eye

Дополнительную информацию об использовании этой поисковой системы можно найти в справке и документации EB-eye.

Программный доступ к EB-eye

EB-eye также доступен программно через Веб-сервисы технологии с использованием интерфейса EB-eye RESTful. EB-eye RESTful WADL (Язык описания веб-приложений ) является общедоступным. См. Также основные страницы веб-служб на EBI.

Другая поисковая система на основе Lucene в области биологии / биоинформатики

Lucene существует уже некоторое время. Многие центры биоинформатики экспериментируют с его использованием с биологическими данными и базами данных. Новаторскую разработку в этой области возглавляет доктор Дон Гилберт из Университета Индианы под названием LuceGene, часть инициативы GMOD (Generic Software Components for Model Databases). Другим примером является поисковая машина на веб-сайте UniProt, которая также основана на Lucene и добавляет такие функции, как сортировка больших наборов данных, подзапросы по наборам данных и групповые запросы. Lucene также используется в QuALM, системе ответов на вопросы для Википедии.

использованная литература

  1. ^ Squizzato S .; Парк Ю.М .; Buso N .; Гур Т .; Cowley A .; Li W .; Улудаг М .; Pundir S .; Cham J.A .; McWilliam H .; Лопес Р. (2015). «Поисковая система EBI: обеспечение функций поиска и извлечения биологических данных из EMBL-EBI». Нуклеиновые кислоты Res. 43: W585-8. Дои:10.1093 / нар / gkv316. ЧВК  4489232. PMID  25855807.
  2. ^ Валентин Ф .; Squizzato S .; Goujon M .; McWilliam H .; Paern J .; Лопес Р. (2010). «Быстрый и эффективный поиск ресурсов биологических данных с помощью EB-eye». Краткий биоинформ. 11 (4): 375–384. Дои:10.1093 / bib / bbp065. ЧВК  2905521. PMID  20150321.

внешние ссылки