Эффективное количество кодонов - Effective number of codons

Эффективное количество кодонов (сокращенно ENC или же Nc) - мера по изучению состояния предвзятость использования кодонов в генах и геномах.[1] Способ вычисления ENC имеет очевидное сходство с вычислением эффективная численность населения в популяционная генетика.[2] Хотя вычислить значения ENC несложно, было показано, что этот показатель является одним из лучших показателей для выявления систематической ошибки использования кодонов.[3]

С момента первоначального предложения ENC несколько исследователей пытались улучшить метод,[4][5] но кажется, что есть много возможностей для улучшения этого показателя.[6][7][8][9][10][11]

Рекомендации

  1. ^ Райт Ф. (1990). «Эффективное количество кодонов, используемых в гене». Ген. 87 (1): 23–29. Дои:10.1016/0378-1119(90)90491-9. PMID  2110097.
  2. ^ Кимура, М. и Кроу, Дж. Ф. (1964). «Число аллелей, которое может поддерживаться в конечной популяции». Генетика. 49: 725–738. ЧВК  1210609. PMID  14156929.
  3. ^ Комерон Дж. М., Агуаде М. (1998). «Оценка мер систематической ошибки использования синонимичных кодонов». J. Mol. Evol. 47 (3): 268–274. Bibcode:1998JMolE..47..268C. Дои:10.1007 / PL00006384. PMID  9732453.
  4. ^ Novembre J.A. (2002). «Учет фонового нуклеотидного состава при измерении систематической ошибки использования кодонов». Мол. Биол. Evol. 19 (8): 1390–1394. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004201. PMID  12140252.
  5. ^ Фульсанг А. (2004). «Повторное рассмотрение« эффективного числа кодонов »». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 317 (3): 957–964. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.03.138. PMID  15081433.
  6. ^ Мараши С.А .; Наджафабади Х.С. (2004). «Насколько надежна повторная регулировка: переписка относительно А. Фульсанга», «Эффективное количество кодонов» еще раз."". Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 324 (1): 1–2. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.08.213. PMID  15464973.
  7. ^ Фульсанг А. (2005). «О методологической слабости« эффективного числа кодонов »: ответ Мараши и Наджафабади». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 327 (1): 1–3. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.11.133. PMID  15629420.
  8. ^ Банерджи Т .; Гупта С.К .; Гош Т. (2005). «На пути к разрешению присущей методологической слабости« эффективного числа кодонов, используемых геном »."". Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 330 (4): 1015–8. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.02.150. PMID  15823544.
  9. ^ Фульсанг А. (2006). «Оценка« эффективного числа кодонов »: способ Райта определения гомозиготности кодонов приводит к превосходным оценкам». Генетика. 172 (2): 1301–7. Дои:10.1534 / генетика.105.049643. ЧВК  1456227. PMID  16299393.
  10. ^ Фульсанг А. (2006). «Учет фонового нуклеотидного состава при измерении систематической ошибки использования кодонов: блестящая идея, сложно на практике». Мол. Биол. Evol. 23 (7): 1345–7. Дои:10.1093 / molbev / msl009. PMID  16679346.
  11. ^ Фульсанг А. (2008). «Влияние несоответствия смещения и использования аминокислот на оценки эффективного числа кодонов, используемых в гене, и тест для отбора на использование кодонов». Ген. 410 (1): 82–8. Дои:10.1016 / j.gene.2007.12.001. PMID  18248919.