МРНК Escherichia coli - Escherichia coli sRNA

кишечная палочка содержит ряд малые РНК находится в межгенные области своего геном. Наличие не менее 55 из них подтверждено экспериментально.[1] 275 потенциальных мРНК-кодирующих места были идентифицированы компьютерным путем с использованием программы QRNA. Эти локусы будут включать ложноположительные результаты, поэтому количество генов мРНК в Кишечная палочка вероятно будет меньше 275.[2] Вычислительный экран на основе промоутер последовательности, распознаваемые фактор сигма сигма 70 и далее Ро -независимый терминаторы предсказал 24 предполагаемых гена мРНК, 14 из которых были подтверждены экспериментально северный блоттинг. Экспериментально подтвержденные мРНК включали хорошо охарактеризованные мРНК. RprA и RyhB. Многие из мРНК, идентифицированных на этом скрининге, включая RprA, RyhB, SraB и SraL, экспрессируются только в стационарной фазе роста бактериальных клеток.[3] Скрининг генов мРНК на основе гомология к Сальмонелла и Клебсиелла идентифицировали 59 генов-кандидатов мРНК. Из этого набора генов-кандидатов микрочип анализ и нозерн-блоттинг подтвердили существование 17 ранее не описанных мРНК, многие из которых связываются с сопровождающий белок Hfq и регулировать перевод RpoS (Сигма 38 ).[4] UptR мРНК транскрибируется с uptR Ген участвует в подавлении экстрацитоплазматической токсичности за счет уменьшения количества мембраносвязанного токсичного гибридного белка.[5]

МРНК, повышающая подвижность клеток Esr41, обнаружен в межгенной области патогенного энтерогеморрагического Кишечная палочка (EHEC) O157: H7 Сакаи. Последовательность Esr41 отсутствует в непатогенных Кишечная палочка K12, но мРНК также может индуцировать подвижность клеток в K12, предполагая, что гены-мишени, контролируемые Esr41, присутствуют в обоих Кишечная палочка.[6]

Транс-кодированная малая РНК RalA имеет 16 нуклеотидов, комплементарных кодирующей области мРНК токсина RalR. RalA действует как антитоксин, предотвращая трансляцию RalR (неспецифического эндонуклеаза который расщепляет метилированную и неметилированную ДНК). Для его активности необходим шаперон РНК Hfq. RalR и RalA образуют тип I токсин-антитоксин (TA) система. Локус RalR / RaLA TA отвечает за устойчивость к антибиотику фосфомицину в Кишечная палочка.[7]

Глубокое секвенирование РНК, экспрессируемой во время химического стресса и ферментации с высокой плотностью клеток, обнаружило 253 новых межгенных транскрипта, добавленных примерно к 200 межгенным мРНК, ранее описанным в E. coli. Некоторые из мРНК проявляют специфические паттерны экспрессии во время ферментации с высокой плотностью клеток и по-разному экспрессируются в присутствии нескольких химических веществ, что позволяет предположить, что они могут играть роль в стрессовых условиях. Новые мРНК, демонстрирующие дифференциальную экспрессию в нескольких стрессовых условиях, были: ES003, ES036, ES056, ES098, ES173, ES180, ES205, ES220, ES222, ES239.[8]

Esre мРНК, для «незаменимой малой РНК в Кишечная палочка", расположен в 3'-фрагменте yigP ген[9] (также известен как ubiJ), который участвует в биосинтезе коэнзима Q8 в кишечная палочка и Salmonella enterica серовар Typhimurium.

AgrB антисенная РНК (аrsR-граммов рegion ген B) транскрибируется противоположно dinQ (переводится в токсичный одиночный трансмембранный пептид) с 30 комплементарными нуклеотидами. AgrB кажется, подавляет накопление dinQ посредством РНК-интерференции и противодействует его токсичности.[10]

Рекомендации

  1. ^ Хершберг Р., Алтувиа С., Маргалит Х (апрель 2003 г.). «Обзор генов, кодирующих малые РНК, у Escherichia coli». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (7): 1813–1820. Дои:10.1093 / nar / gkg297. ЧВК  152812. PMID  12654996.
  2. ^ Ривас Э., Кляйн Р.Дж., Джонс Т.А., Эдди С.Р. (сентябрь 2001 г.). «Вычислительная идентификация некодирующих РНК в E. coli с помощью сравнительной геномики». Текущая биология. 11 (17): 1369–1373. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00401-8. PMID  11553332.
  3. ^ Аргаман Л., Хершберг Р., Фогель Дж., Бежерано Г., Вагнер Э.Г., Маргалит Х., Алтувия С. (июнь 2001 г.). «Новые гены, кодирующие малую РНК, в межгенных областях Escherichia coli». Текущая биология. 11 (12): 941–950. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID  11448770.
  4. ^ Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (июль 2001 г.). «Идентификация новых малых РНК с использованием сравнительной геномики и микрочипов». Гены и развитие. 15 (13): 1637–1651. Дои:10.1101 / gad.901001. ЧВК  312727. PMID  11445539.
  5. ^ Гигуэно А., Дасса Дж., Белин П., Boquet PL (февраль 2001 г.). «Сверхсинтез новой малой РНК Escherichia coli подавляет экспортную токсичность развертываемых периплазматических белков DsbA'-PhoA». Журнал бактериологии. 183 (4): 1147–1158. Дои:10.1128 / JB.183.4.1147-1158.2001. ЧВК  94987. PMID  11157926.
  6. ^ Судо Н., Сома А., Муто А., Иёда С., Сух М., Курихара Н., Абэ Х, Тобе Т., Огура Ю., Хаяси Т., Курокава К., Охниши М., Секин Ю. (01.01.2014). «Новая малая регуляторная РНК усиливает подвижность клеток энтерогеморрагической кишечной палочки Escherichia coli». Журнал общей и прикладной микробиологии. 60 (1): 44–50. Дои:10.2323 / jgam.60.44. PMID  24646762.
  7. ^ Гуо Ю., Кирога С., Чен К., Маканалти М.Дж., Бенедик М.Дж., Вуд Т.К., Ван Х (июнь 2014 г.). «RalR (ДНКаза) и RalA (малая РНК) образуют систему токсин-антитоксин типа I в Escherichia coli». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (10): 6448–6462. Дои:10.1093 / нар / gku279. ЧВК  4041452. PMID  24748661.
  8. ^ Рау М.Х., Боянович К., Нильсен А.Т., Лонг К.С. (декабрь 2015 г.). «Дифференциальная экспрессия малых РНК при химическом стрессе и периодической ферментации с подпиткой в ​​E. coli». BMC Genomics. 16: 1051. Дои:10.1186 / s12864-015-2231-8. ЧВК  4676190. PMID  26653712. CC-BY icon.svg Эта статья содержит цитаты из этого источника, который доступен под Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) лицензия.
  9. ^ Чен З, Ван И, Ли И, Ли И, Фу Н, Е Дж, Чжан Х (апрель 2012 г.). «Esre: новая незаменимая некодирующая РНК в Escherichia coli». Письма FEBS. 586 (8): 1195–1200. Дои:10.1016 / j.febslet.2012.03.010. PMID  22575655.
  10. ^ Вел-Сневе Р., Кристиансен К.И., Одсбу И., Далхус Б., Бут Дж., Рогнес Т., Скарстад К., Бьёрас М. (2013). «Единственный трансмембранный пептид DinQ модулирует мембранозависимую активность». PLOS Genetics. 9 (2): e1003260. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003260. ЧВК  3567139. PMID  23408903.

дальнейшее чтение