Общество FGED - FGED Society

Общество FGED
Сокращение	ФГЭД
Формирование	1999
Тип	НПО
Цель	Научный
Официальный язык	английский
Президент	Фрэнсис Уэллетт
Главный орган	Совет директоров
Интернет сайт	fged.org

В Функциональное общество данных GEnomics (ФГЭД) (ранее известный как Общество МГЕД) - это некоммерческая международная организация биологов, компьютерных ученых и аналитиков, управляемая волонтерами, цель которой - способствовать биологическим и биомедицинским открытиям посредством интеграции данных. Подход FGED состоит в том, чтобы способствовать обмену фундаментальные исследования данные, полученные в основном через высокопроизводительные технологии которые генерируют большие наборы данных в области функциональная геномика.

Члены FGED Society работают с другими организациями для поддержки эффективного обмена и воспроизводимости данных функциональной геномики; способствовать созданию стандартов и программных инструментов, использующих стандарты; и способствовать обмену высококачественными, хорошо аннотированными данными в Науки о жизни и биомедицинский сообщества.

Основанная в 1999 году как «Общество данных по экспрессии генов микрочипов (MGED)», эта организация в 2010 году изменила свое название на «Общество данных функциональной геномики», чтобы отразить тот факт, что она расширила сферу своей деятельности за пределы применения ДНК-микрочипы за экспрессия гена анализ для включения таких технологий, как высокопроизводительное секвенирование.^{[нужна цитата ]} В сферу деятельности FGED Society входят данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики, применительно к исследованиям экспрессии, связывания, модификации и других связанных приложений в масштабе генома.

История

Общество FGED было сформировано в 1999 году на встрече по базам данных Microarray GeneExpression в знак признания необходимости установления стандартов для обмена и хранения данных из Микрочип ДНК эксперименты.^{[нужна цитата ]} Первоначально называвшееся «Общество MGED», общество начинало с фокусировки на микрочипах ДНК и экспрессия гена данные.

Первоначальное общество MGED было зарегистрировано в 2002 году как некоммерческий общественно полезная организация с названиемОбщество данных по экспрессии генов на микрочипах и получил статус постоянной благотворительной в 2007 году.^{[нужна цитата ]} В 2007 году название MGED было официально изменено наОбщество данных по микрочипам и экспрессии генов чтобы подчеркнуть более широкий кругозор.

В сентябре 2008 года Общество решило продвигать себя просто какОбщество МГЕД расширить сферу деятельности Общества за пределы технологий микроматриц и приложений экспрессии генов, но при этом сохранить признанную ценность названия MGED в сообществе.^{[нужна цитата ]}

В июле 2010 года общество проголосовало за изменение своего названия на «Общество функциональных геномных данных (FGED)», чтобы отразить его текущую миссию, которая выходит за рамки микрочипов и экспрессии генов и охватывает данные, созданные с использованием любых функциональная геномика технология применяется кгеномный -масштабные исследования экспрессии генов, привязка, модификация (например, Метилирование ДНК ) и другие связанные приложения. Об этом было официально объявлено 14 июля 2010 года на годовом собрании общества "MGED13".^[1]

Президенты общества FGED

Члены правления и должностные лица Общества FGED избираются ежегодно в мае и начинают свою работу в июне. Президенты Общества FGED и сроки их полномочий следующие:

Фрэнсис Уэллетт (2013 – настоящее время)
Джон Quackenbush (2011–2013)
Крис Стокерт (2007–2011)
Екатерина Болл (2003–2007)
Алвис Брасма (1999–2003)

Членство

Совет директоров и Консультативный совет FGED состоят из добровольцев из академических кругов, промышленности, правительства и журналов, представляющих всех тех, кто занимается созданием, анализом, архивированием и публикацией в области функциональной геномики. Хотя формального членства нет, участники форума ежегодные собрания ФГЭР считаются частью сообщества FGED.

Стандарты

На сегодняшний день FGED разработала ряд спецификаций стандартов, относящихся к экспериментам с ДНК-микрочипами. Эти стандарты разработаны для улучшения аннотации, обмена данными и результатами таких экспериментов в сообществе медико-биологических исследований.

MINSEQE

Минимальная информация о высокопроизводительном эксперименте SEQuencing Experiment (MINSEQE) - это контент adata минимальный информационный стандарт который описывает важную информацию, необходимую для надлежащего документирования высокопроизводительное секвенирование эксперимент с целью интерпретации и тиражирования результатов.^[2]

MIAME

MIAME (Минимальная информация об эксперименте с микрочипом) - это стандарт содержания adata, который описывает основную информацию, необходимую для надлежащего документирования эксперимента с ДНК-микрочипом с целью интерпретации и воспроизведения результатов. Это был первый опубликованный образец минимальный информационный стандарт для высокопроизводительных экспериментов в области наук о жизни, и как таковые заложили основу для аналогичных стандартов в других областях биологии.

MAGE-OM и MAGE-TAB

МАГЕ-ОМ (MicroArray Gene ExpressionObject Model) - это стандарт обмена данными и моделирования данных для использования при кодировании данных экспериментов с микрочипами с целью экспорта и импорта в программные инструменты и базы данных через XML файлы. МАГЕ-ОМ - этоплатформо-независимая модель реализован в формате MAGE-ML на основе XML.

Новая версия, MAGE-TAB, был разработан для упрощения понимания и генерации производителями данных, поскольку он находится в формате (с разделителями табуляции ), которые можно просматривать и редактировать с помощью широко доступного программного обеспечения для электронных таблиц, например Майкрософт Эксель.^[3]

Онтология MGED

Онтология MGED (MO) предоставляет стандартную терминологию для описания компонентов эксперимента с микрочипами aDNA.^[4]В Онтология для биомедицинских исследований (OBI) разрабатывается как замена MO. Доступно отображение терминов онтологии из MO в OBI.^[5]

Ежегодное собрание

Важным компонентом усилий Общества FGED было ежегодное собрание FGED для демонстрации передовых научных достижений и продвижения стандартов.^[6]

С 1999 года Общество FGED проводит свои ежегодные собрания в разных местах по всему миру, координируя свои действия с местной научной организацией, которая предоставляет пространство для бесед, стендовых сессий, семинаров и учебных занятий.

Прошедшие собрания Общества FGED

Вот список дат ежегодных собраний и мест проведения прошлых собраний FGED Society.^[7] Все собрания с 2010 года и ранее проходили под названием «Общество МГЕД».

Дата	Место расположения
20 июня 2013 г.	Сиэтл, Вашингтон, США^[8]
25 января 2012 г.	Бостон, Массачусетс, США^[9]
15 июля 2010 г.	Бостон, Массачусетс, США (совместно с ISMB )
8 октября 2009 г.	Феникс, Аризона, СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ
5 сентября 2008 г.	Рива дель Гарда, Трентино, Италия
5 сентября 2007 г.	Брисбен, Австралия
10 сентября 2006 г.	Сиэтл, Вашингтон, США
13 сентября 2005 г.	Берген, Норвегия
10 сентября 2004 г.	Торонто, Канада
5 сентября 2003 г.	Экс-ан-Прованс, Франция
27 сентября 2002 г.	Plaza Heisei, Одайба, Токио, Япония
31 марта 2001 г.	Стэндфордский Университет, Калифорния, США
27 мая 2000 г.	DKFZ и EMBL, Гейдельберг, Германия
15 ноября 1999 г.	EBI, Кембридж, Великобритания