Гаплотип HLA A1-B8 - HLA A1-B8 haplotype - Wikipedia

Мультигенный гаплотип, человек
HLA-mini.png
Область HLA на хромосоме 6
Класс I, A1-Cw7-B8
Никнеймы«HL A1,8; HL A1, A8; HLA A1-B8;
HLA A * 01-B * 08, HLA A * 01: 01-B * 08: 01 "
LociГенАллельСеротип
HLA-F
к
HLA-A		HLA-F*0101-
HLA-G*0101-
HLA-A*0101A1
HLA-EHLA-E*0101-
Cw-BHLA-C*0701Cw7
HLA-B*0801B8
Узлы
численность населенияМаксимаFreq.Максимум
Западная Ирландия>15.0%
Размер и расположение
ГеныМесто расположенияразмер (кбит / с)
-66п21.31400

HLA A1-B8 (Также:HL A1,8; HL A1, A8; HLA A1-Cw7-B8; HLA A * 01-B * 08, HLA A * 0101-B * 0801, HLA A * 0101-Cw * 0701-B * 0801; HLA A * 01: 01-C * 07: 01-B * 08: 01) является мультигенным гаплотип что охватывает MHC Класс I область человека главный комплекс гистосовместимости на хромосома 6. Мультигенный гаплотип - это набор наследуемых аллели охватывающие несколько генов или генов-аллелей; общие мультигенные гаплотипы обычно являются результатом личность по происхождению от общего предка (имеют недавнего общего предка для этого сегмента хромосомы). Хромосомная рекомбинация фрагментирует мультигенные гаплотипы по мере того, как расстояние до этого предка увеличивается в количестве поколений.

Гаплотип можно записать в расширенной форме, охватывающей основные локусы гистосовместимости, следующим образом:

HLA A*01:01 : Cw*07:01 : B*08:01

Однако внутри гаплотипа есть много других генов-аллелей. В Европе A1-B8 встречается, как правило, как часть HLA A1-B8-DR3-DQ2 гаплотип. Этот гаплотип составляет 4,7 миллиона человек. нуклеотиды по длине и второй по длине гаплотип, идентифицированный в человеческий геном. В Африке A1-B8 и Индии A1-B8 ассоциирован с другими генами и другими вариантами A * 01 и В * 08

Ассоциации болезней

С философской точки зрения A1-B8 - это больше, чем просто два гена-аллеля. Эти гены-аллели являются маркерами гаплотипа, участка хромосомы 6, который содержит множество генных аллелей. В своей естественной истории этот гаплотип претерпел некоторый нетипичный отбор, в конце периода эволюции он стал преобладающим гаплотипом у северо-западноевропейских предков. Однако сегодня сбор генов связан с увеличением случаев некоторых заболеваний. Несмотря на то, что ассоциации были известны почти столько же, сколько были известны A1 и «A8», роль факторов, влияющих на болезнь, все еще не ясна.

A1-B8 и аутоиммунные заболевания

Серотип A1-B8 был связан с рядом заболеваний, таких как "HL-A" антигены были впервые описаны. Среди них были глютеновая болезнь, аутоиммунный активный хронический гепатит, миастения, Гиперфункция коры надпочечниковсиндром Кушинга, первичный билиарный цирроз.[1][2][3][4][5][6]

Лимфотоксин альфа кодируется областью HLA A-B

Однако по мере увеличения размеров исследования и более подробного описания серотипов D ассоциация этих локусов переместилась из MHC класс I локусы к MHC класс II места. В основе этого шага лежала HLA A1-B8-DR3-DQ2 гаплотип, гаплотип, находящийся в остром нарушение равновесия по сцеплению в европейском населении.[7][8][9][10][11] Это неравновесие показало, что А1 и другие гены-аллели класса I были факторами болезни, когда эти аллели были присоединены только к длинному сегменту консервативной ДНК, на другом конце которой были гены, ассоциированные с заболеванием. По крайней мере, при 2 заболеваниях риск аутоиммунного заболевания выходит за пределы области класса II гаплотипа.

Системная красная волчанка

Было обнаружено, что «фенотип HL-A1,8» связан с тяжелым системная красная волчанка (СКВ) (поражение почек и центральной нервной системы) у пациентов европеоидной расы.[12] Двухточечный гаплотипический анализ между TNFB (Аллель B * 01) и HLA показывают, что аллель находится в неравновесном сцеплении с HLA-A1, Cw7, B8, C4A (Null), DR3, DQ2.5.[13]

Диабет 1 типа

Хотя диабет 1 типа демонстрирует расширенную ассоциацию с гаплотипом HLA A1-B8-DR3-DQ2, эта ассоциация, по-видимому, не выходит за пределы локуса HLA-B.[14] Недавнее исследование фенотипа DR3-DQ2 / DR4-DQ8 показало, что A1-cw7-B8 на самом деле ниже, чем ожидалось, по сравнению с другими типами A-B, что указывает на то, что гены, связанные с риском, расположены между B8 и DR3. A * 0101, по-видимому, снижает риск диабет 1 типа но не Cw7-B8.[15] Пример диабета 1 типа показывает сложность, присущую использованию одного только анализа связей для шифрования риска.

Фенотип без IgA или его отсутствие связан с рядом воспалительных заболеваний.

A1-B8 и аллергическое заболевание

В аллергический Установлено, что болезнь A1, B8 связана с аллергическими реакциями у новорожденных.[16] У детей с бронхиальной астмой и низким уровнем IgA было обнаружено повышение A1, B8.[17] Однако часть этой реакции можно отнести к связи гаплотипа HLA A1-B8-DR3-DQ2 с фенотипом без IgA.[18] Была обнаружена более прочная связь с атопии.[19][20][21] A1, B8 чаще встречаются при сенной лихорадке, осложненной астмой или атопией, по сравнению с просто сенной лихорадкой.[22][23][24] В дальнейшем пациенты с астмой с отрицательными кожными пробами имели тенденцию к более высоким серотипам A1, B8.[25]

A1-B8 и инфекционное заболевание

Дополнение 4A ген удален в пределах A1-B8

ВИЧ

В середине 1980-х годов связь с A1-B8-DR3 и прогрессированием ВИЧ появилась вскоре после открытия вируса.[26] A1-B8 ассоциировался с более быстрым прогрессированием к серопозитивности и был тесно связан с быстрым снижением количества Т4-клеток и развитием симптомов, связанных с ВИЧ, в течение четырех лет после инфицирования.[27] Наиболее сильные ассоциации наблюдались с гаплотипом A1-Cw7-B8. C4 (комплемент 4) продуцирует нулевой аллель в локусе C4AQ. Этот локус входит в состав гаплотипа HLA A1-B8-DR3-DQ2 (маркеры - A1, CW7, B8, BfS, C4AQ0, C4B1, DR3, DQ2), поэтому одно исследование пришло к выводу, что C4AQ0 может объяснить повышенную инфекционность ВИЧ.[28] Гаплотип был дополнительно связан со спленомегалией ложной опухоли, лимфоцитозом CD8 и высоким уровнем IgG.[29]

Вирусный гепатит

Была замечена связь между вирусным гепатитом и HLA-A1.[30][31] Однако связь A1 с аутоиммунным гепатитом без антивирусных антител была сильнее, чем с хроническим активным гепатитом с антивирусным титром.[32] Впоследствии была продемонстрирована связь с вирусным гепатитом, и пациенты с антинуклеарными антителами с большей вероятностью имели A1-B8-DR3.[33] В настоящее время исследования указывают на проксимальную ассоциацию локусов Cw * 0702-B * 0801.

Частоты

HLA A1-B8 частоты
[34]Ирландия14.41
словацкий11.91
[35]Северная Ирландия11.511
Шведский11.51
[36]Голландские Нидерланды9.8
Югославский9.71
Британский9.71
Венгерский9.41
[37]CEPH Франция8.511
[38]Немецкий8.31
Чешский7.81
[39]Швейцарский6.73
Бельгия5.52
Австрия4.52
[40]Тосканская италия4.3
Украина4.33
Италия4.21
Баскский4.2
португальский4.22
Польский4.0
[41]Уганда3.71
Уральский3.13
испанский2.84
[1]Румыния2.8
Албания2.5
Греческий2.3
[2]Северная Греция2.1
[42]Крит1.9
[41]Луо Кения1.72
[41]Нанди Кения1.42
[43]Оманская Аравия1.4
Японский0.1
1Cw * 0701 (Eur.), ²Cw * 0704 (Afr.)

Рекомендации

  1. ^ Кларк А.К., Гэлбрейт Р.М., Гамильтон Э.Б., Уильямс Р. (февраль 1978 г.). «Ревматические нарушения при первичном билиарном циррозе». Анна. Реум. Дис. 37 (1): 42–7. Дои:10.1136 / ard.37.1.42. ЧВК  1000187. PMID  305233.
  2. ^ Лада Г, Дьоди Э, Глаз Э (1977). «Антигены HLA у пациентов с гиперфункцией коры надпочечников». Acta Med Acad Sci Hung. 34 (4): 213–26. PMID  618054.
  3. ^ Людвиг Х, Полименидис З, Грандич Дж, Вик Дж (ноябрь 1973 г.). «[Связь HL-A1 и HL-A8 с детской глютеновой болезнью]». Z Immunitatsforsch Exp Klin Immunol (на немецком). 146 (2): 158–67. PMID  4282973.
  4. ^ Маккей И. Р., Моррис П. Дж. (Октябрь 1972 г.). «Ассоциация аутоиммунного активного хронического гепатита с HL-A1,8». Ланцет. 2 (7781): 793–5. Дои:10.1016 / S0140-6736 (72) 92149-6. PMID  4116233.
  5. ^ Feltkamp TE, van den Berg-Loonen PN, Engelfriet CP, et al. (Июнь 1974 г.). «[HL-типирование и аутоантитела у пациентов с миастенией гравис]». Нед Тийдшр Джинискд (на голландском). 118 (23): 895–6. PMID  4839444.
  6. ^ Хаммарстрём Л., Смит Е., Мёллер Е., Франкссон С., Мателл Г., Фон Рейс Г. (август 1975 г.). «Миастения гравис: исследования HL-A-антигенов и субпопуляций лимфоцитов у пациентов с миастенией гравис». Clin. Exp. Иммунол. 21 (2): 202–15. ЧВК  1538268. PMID  1081023.
  7. ^ Газит Э., Сартани А., Мизрачи Ю., Равид М. (март 1977 г.). «Антиген HLA у еврейских пациентов с ювенильным сахарным диабетом». Diabete Metab. 3 (1): 55–8. PMID  858444.
  8. ^ Vogten AJ, Короче RG, Opelz G (июнь 1979 г.). «HLA и клеточный иммунитет при HBsAg-отрицательном хроническом активном гепатите». Кишечник. 20 (6): 523–5. Дои:10.1136 / гут.20.6.523. ЧВК  1412459. PMID  89064.
  9. ^ Эрсилла Дж., Парес А., Арриага Ф. и др. (Ноябрь 1979 г.). «Первичный билиарный цирроз печени, связанный с HLA-DRw3». Тканевые антигены. 14 (5): 449–52. Дои:10.1111 / j.1399-0039.1979.tb00874.x. PMID  12731577.
  10. ^ Робинсон Б.Н., Робертс Д.Ф., Мазер Б.А., Нельсон Р., Роулатт А.С. (октябрь 1980 г.). «Целиакия и HLA: семейное исследование». J. Immunogenet. 7 (5): 381–91. Дои:10.1111 / j.1744-313X.1980.tb00732.x. PMID  7430678.
  11. ^ Този Р., Висмара Д., Танигаки Н. и др. (Сентябрь 1983 г.). «Доказательства того, что целиакия в первую очередь связана с аллельной специфичностью локуса DC». Clin. Иммунол. Иммунопатол. 28 (3): 395–404. Дои:10.1016 / 0090-1229 (83) 90106-Х. PMID  6192959.
  12. ^ Голдберг М.А., Арнетт Ф.С., Биас В.Б., Шульман Л.Е. (1976). «Антигены гистосовместимости при системной красной волчанке». Ревматоидный артрит. 19 (2): 129–32. Дои:10.1002 / арт.1780190201. PMID  1259797.
  13. ^ Паркс К. Г., Панди Дж. П., Дули М. А. и др. (Июнь 2004 г.). «Генетические полиморфизмы фактора некроза опухоли (TNF) -альфа и TNF-бета в популяционном исследовании системной красной волчанки: ассоциации и взаимодействие с полиморфизмом интерлейкина-1альфа-889 C / T» (PDF). Гм. Иммунол. 65 (6): 622–31. Дои:10.1016 / j.humimm.2004.03.001. PMID  15219382.
  14. ^ Благородный Дж. А., Мартин А., Вальдес А. М. и др. (2008). «Риск диабета 1 типа для гаплотипов человеческого лейкоцитарного антигена (HLA) -DR3 зависит от генотипического контекста: ассоциации локусов DPB1 и HLA класса I среди итальянских пациентов с DR3 и DR4 и контрольной группы». Гм. Иммунол. 69 (4–5): 291–300. Дои:10.1016 / j.humimm.2008.02.003. ЧВК  2505335. PMID  18486765.
  15. ^ Благородный Дж., Вальдес А., Бугаван Т., Эппл Р., Томсон Дж., Эрлих Х (2002). «Локус HLA класса I A влияет на восприимчивость к диабету 1 типа». Hum Immunol. 63 (8): 657–64. Дои:10.1016 / S0198-8859 (02) 00421-4. ЧВК  4049513. PMID  12121673.
  16. ^ Soothill JF, Stokes CR, Turner MW, Norman AP, Taylor B (июль 1976 г.). «Предрасполагающие факторы и развитие реагиновой аллергии в младенчестве». Clin. Аллергия. 6 (4): 305–19. Дои:10.1111 / j.1365-2222.1976.tb01911.x. PMID  963861.
  17. ^ Остергаард П.А., Эриксен Дж. (Август 1979 г.). «Связь между HLA-A1, B8 у детей с внешней астмой и дефицитом IgA». Евро. J. Pediatr. 131 (4): 263–70. Дои:10.1007 / BF00444347. PMID  477683.
  18. ^ Амбрус М., Эрнади Э, Байтай Г. (май 1977 г.). «Преобладание антигенов HLA-A1 и HLA-B8 при селективном дефиците IgA». Clin. Иммунол. Иммунопатол. 7 (3): 311–4. Дои:10.1016/0090-1229(77)90062-9. PMID  872455.
  19. ^ Дасгупта А., Мисри Н., Бала С. (1977). «Популяционные и семейные исследования для демонстрации генов Ir: гаплотип HLA при атопической аллергии». Моногр аллергия. 11: 75–9. PMID  327293.
  20. ^ Макки Р.М., Дик Х.М. (февраль 1979 г.). «Исследование распределения антигена HLA в семьях с атопическим дерматитом». Аллергия. 34 (1): 19–23. Дои:10.1111 / j.1398-9995.1979.tb01996.x. PMID  453484.
  21. ^ Heikkilä M, Koistinen J, Lohman M, Koskimies S (май 1984). «Повышенная частота HLA-A1 и -B8 в сочетании с полным отсутствием, но не с дефицитом сывороточного IgA». Тканевые антигены. 23 (5): 280–3. Дои:10.1111 / j.1399-0039.1984.tb00046.x. PMID  6611606.
  22. ^ Тернер М.В., Бростофф Т.Дж., Уэллс Р.С., Стокс Р.Р., Сотхилл Дж.Ф. (январь 1977 г.). «HLA при экземе и сенной лихорадке». Clin. Exp. Иммунол. 27 (1): 43–7. ЧВК  1540890. PMID  849649.
  23. ^ Жаннет М., Жирар Дж. П., Варонье Х.С., Мириманов П., Джой П. (1977). «Антигены HLA при поллинозе трав». Моногр аллергия. 11: 69–73. PMID  876128.
  24. ^ Элинг А., Баэна-Каньяни CE, Санс М.Л., Crisci CD (1979). «HLA и поллиноз». Аллергол Иммунопатол (Мадр). 7 (6): 423–6. PMID  539526.
  25. ^ Моррис MJ, Vaughan H, Lane DJ, Моррис PJ (1977). «HLA при астме». Моногр аллергия. 11: 30–4. PMID  876121.
  26. ^ Steel CM, Ludlam CA, Beatson D и др. (Май 1988 г.). «HLA гаплотип A1 B8 DR3 как фактор риска заболеваний, связанных с ВИЧ». Ланцет. 1 (8596): 1185–8. Дои:10.1016 / S0140-6736 (88) 92009-0. PMID  2897006.
  27. ^ Каслоу Р.А., Дукесной Р., ВанРаден М. и др. (Апрель 1990 г.). «Комбинация антигенов HLA A1, Cw7, B8, DR3, связанная с быстрым снижением количества Т-хелперных лимфоцитов при ВИЧ-1 инфекции. Отчет многоцентрового когортного исследования СПИДа». Ланцет. 335 (8695): 927–30. Дои:10.1016 / 0140-6736 (90) 90995-Н. PMID  1970024.
  28. ^ Cameron PU, Mallal SA, French MA, Dawkins RL (декабрь 1990 г.). «Основные гены комплекса гистосовместимости влияют на исход ВИЧ-инфекции. Гаплотипы предков с нулевыми аллелями C4 объясняют различные ассоциации HLA». Гм. Иммунол. 29 (4): 282–95. Дои:10.1016 / 0198-8859 (90) 90042-Н. PMID  1981061.
  29. ^ Оксенхендлер Э., Отран Б., Горохов Г., Д'Агэ М.Ф., Селигманн М., Клавель Дж. П. (июль 1992 г.). «CD8 лимфоцитоз и псевдотуморальная спленомегалия при ВИЧ-инфекции». Ланцет. 340 (8813): 207–8. Дои:10.1016 / 0140-6736 (92) 90471-Е. PMID  1353138.
  30. ^ Hug G (май 1976 г.). «Генетические факторы и аутоиммунитет при вирусных гепатитах». Являюсь. J. Clin. Патол. 65 (5 Дополнение): 870–5. PMID  218441.
  31. ^ Descamps B, Jungers P, Naret C, Degott C, Zingraff J, Bach JF (1977). «Развитие ассоциации HLA-A1, B8-фенотипа и антигенемии HBs у 440 гемодиализованных пациентов». Пищеварение. 15 (4): 271–7. Дои:10.1159/000198012. PMID  67978.
  32. ^ Фройденберг Дж., Бауманн Х., Арнольд В., Бергер Дж., Бюшенфельде К. Х. (1977). «HLA при различных формах хронического активного гепатита. Сравнение взрослых пациентов и детей». Пищеварение. 15 (4): 260–70. Дои:10.1159/000198011. PMID  863130.
  33. ^ Czaja AJ, Carpenter HA, Santrach PJ, Moore SB (январь 1995 г.). «Иммунологические особенности и ассоциации HLA при хроническом вирусном гепатите». Гастроэнтерология. 108 (1): 157–64. Дои:10.1016/0016-5085(95)90020-9. PMID  7806037.
  34. ^ Финч Т., Лоулор Э, Бортон М., Барнс С., Макнамара С., О'Риордан Дж., Макканн С., Дарк С. (1997). «Распространение генов и гаплотипов HLA-A, B и DR в ирландской популяции». Exp Clin Immunogenet. 14 (4): 250–63. PMID  9523161.
  35. ^ Миддлтон Д., Уильямс Ф, Хэмилл М, Мина А. (2000). «Частота аллелей HLA-B в европеоидной популяции, определяемая двухэтапной стратегией типирования ПЦР-SSOP». Hum Immunol. 61 (12): 1285–97. Дои:10.1016 / S0198-8859 (00) 00186-5. PMID  11163085.
  36. ^ Шиппер Р., Шрейдер Дж., Д'Амаро Дж., Оудсхорн М. (1996). «Частота гена HLA и гаплотипов у голландских доноров крови». Тканевые антигены. 48 (5): 562–74. Дои:10.1111 / j.1399-0039.1996.tb02670.x. PMID  8988539.
  37. ^ Бугаван Т., Клитц В., Блэр А., Эрлих Х (2000). «Типирование HLA класса I с высоким разрешением в семействах CEPH: анализ неравновесия по сцеплению среди локусов HLA». Тканевые антигены. 56 (5): 392–404. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2000.560502.x. PMID  11144287.
  38. ^ Мюллер C, Энингер G, Goldmann S (2003). «Частоты генов и гаплотипов для локусов hLA-A, hLA-B и hLA-DR на основе более чем 13 000 немецких доноров крови». Hum Immunol. 64 (1): 137–51. Дои:10.1016 / S0198-8859 (02) 00706-1. PMID  12507825.
  39. ^ Grundschober C, Sanchez-Mazas A, Excoffier L, Langaney A, Jeannet M, Tiercy J (1994). «Полиморфизм ДНК HLA-DPB1 в швейцарской популяции: неравновесие по сцеплению с другими локусами HLA и популяционная генетическая аффинность». Eur J Immunogenet. 21 (3): 143–57. Дои:10.1111 / j.1744-313X.1994.tb00186.x. PMID  9098428.
  40. ^ Маррони Ф., Курсио М., Форнасиари С., Лапи С., Мариотти М., Скатена Ф., Прециуттини С. (2004). «Микрогеографические вариации частот гаплотипов HLA-A, -B и -DR в Тоскане, Италия: значение для набора доноров костного мозга». Тканевые антигены. 64 (4): 478–85. Дои:10.1111 / j.1399-0039.2004.00292.x. PMID  15361126.
  41. ^ а б c Cao K, Moormann A, Lyke K, Masaberg C, Sumba O, Doumbo O, Koech D, Lancaster A, Nelson M, Meyer D, Single R, Hartzman R, Plough C, Kazura J, Mann D, Sztein M, Thomson G , Фернандес-Винья М. (2004). «Дифференциация африканских популяций подтверждается разнообразием аллелей и гаплотипов локусов HLA класса I». Тканевые антигены. 63 (4): 293–325. Дои:10.1111 / j.0001-2815.2004.00192.x. PMID  15009803.
  42. ^ Арнаис-Виллена А., Илиакис П., Гонсалес-Хевилья М., Лонгас Дж., Гомес-Касадо Э, Сфиридаки К., Трапага Дж., Сильвера-Редондо К., Мацука С., Мартинес-Ласо Дж. (1999). «Происхождение критских популяций, определяемое характеристиками аллелей HLA». Тканевые антигены. 53 (3): 213–26. Дои:10.1034 / j.1399-0039.1999.530301.x. PMID  10203014.
  43. ^ Уильямс Ф., Мина А., Дарк С., Акоста А., Даар А., Городецкий С., Хаммонд М., Насименто Е., Миддлтон Д. (2001). «Анализ распределения аллелей HLA-B в популяциях пяти континентов». Hum Immunol. 62 (6): 645–50. Дои:10.1016 / S0198-8859 (01) 00247-6. PMID  11390040.