HomoloGene - HomoloGene - Wikipedia

HomoloGene, инструмент США Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), представляет собой систему автоматического обнаружения гомологи (сходство, связанное с происхождением от общего предка) среди аннотированных генов нескольких полностью секвенированных геномов эукариот.[1]

Обработка HomoloGene состоит из анализа белков поступающих организмов. Последовательности сравниваются с помощью blastp, затем сопоставляются и объединяются в группы с использованием таксономического дерева, построенного на основе сходства последовательностей, где сначала сопоставляются более близкие родственные организмы, а затем в дерево добавляются другие организмы. Выравнивания белков сопоставляются с соответствующими последовательностями ДНК, а затем метрики расстояния в виде молекулярных расстояний. Джакс и Кантор (1969), Отношение Ka / Ks можно рассчитать.

Последовательности сопоставляются с помощью эвристический алгоритм для максимизации оценки глобально, а не локально, при двудольном сопоставлении (см. полный двудольный граф ). Затем он вычисляет статистическую значимость каждого совпадения. Отсечки выполняются для каждой позиции, а значения Ks устанавливаются для предотвращения ложных "ортологи" от группировки. «Паралоги» идентифицируются путем нахождения последовательностей, которые внутри вида ближе, чем у других видов.

Входные организмы

Metazoa

Позвоночные

Homo sapiens, Пан троглодиты, Mus musculus, Раттус норвегикус, Обыкновенная волчанка, Bos taurus, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Данио Рерио "

Беспозвоночные

"Drosophila melanogaster, Anopheles gambiae, Caenorhabditis elegans "

Грибы

"Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa "

Растения

Двудольные

"Arabidopsis thaliana "

Однодольные

"Oryza sativa "

Протиста

"Плазмодий falciparum.

Интерфейс

HomoloGene связан со всеми базами данных Entrez и основан на информации о гомологии и фенотипе этих ссылок:

В результате HomoloGene отображает информацию о генах, белках, фенотипах и консервативных доменах.

Рекомендации

  1. ^ «Главная - HomoloGene - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Национальный центр биотехнологической информации. Получено 16 октября 2020.

внешняя ссылка