Человеческая протеинпедия - Human Proteinpedia

Человеческая протеинпедия портал для обмена и интеграции протеомных данных человека.[1][2] Это позволяет исследовательским лабораториям вносить и поддерживать аннотации белков. Справочная база данных белков человека (HPRD ) объединяет данные, которые хранятся в Human Proteinpedia вместе с существующей литературной информацией в контексте отдельного белка.[3][4] По сути, исследователи могут добавлять новые данные в HPRD, регистрируясь в Human Proteinpedia. Данные, размещенные в Human Proteinpedia, доступны для бесплатного скачивания. Подчеркивая важность протеомика размещение данных в публичных репозиториях, Методы природы рекомендует Human Proteinpedia в своей редакционной статье.[5] В этой работе принимают участие более 70 лабораторий.

Типы данных

Данные, относящиеся к посттрансляционные модификации, белок-белковые взаимодействия, экспрессия ткани, экспрессия в Сотовые линии, субклеточная локализация и фермент отношения субстрата могут быть представлены в Human Proteinpedia.

Экспериментальные платформы

Аннотации белков, представленные в Human Proteinpedia, получены из ряда платформ, таких как

  1. Коиммунопреципитация и масс-спектрометрии белок-белковое взаимодействие на основе
  2. Коиммунопреципитация белок-белковое взаимодействие на основе вестерн-блоттинга
  3. Флуоресценция основанные на экспериментах
  4. Иммуногистохимия
  5. Масс-спектрометрический анализ
  6. Протеин и пептидные микрочипы
  7. Вестерн-блоттинг
  8. Дрожжи двугибридные на основе белок-белкового взаимодействия

Этот портал, который позволяет добавлять информацию о белках, был разработан совместно лабораторией доктора Ахилеша Панди в Университет Джона Хопкинса и Институт биоинформатики

FAQs

* Каковы критерии для предоставления данных?

Любой исследователь, отвечающий следующим критериям, может предоставить данные:

i) предоставляет экспериментально полученные данные, и

ii) готов поделиться данными, и,

iii) желает быть указанным в качестве «автора» данных

* Могу ли я передавать данные анонимно?

Анонимные взносы не разрешены. При предоставлении данных сведения об авторах должны быть четко представлены.

* Могут ли биоинформатически предсказанные данные быть переданы через Human Proteinpedia?

Предсказания любого типа не допускаются. Предоставленные данные должны быть получены экспериментальным путем и должны сопровождаться экспериментальными данными.

* Подвергаются ли предоставленные данные экспертной оценке?

Данные не подлежат экспертной оценке, и должны быть предоставлены фактические экспериментальные данные (необработанные или обработанные).

* Что произойдет с противоречивыми результатами из разных лабораторий?

В случаях, когда данная запись задокументирована как ошибочная, мы проконсультируемся с участвующей группой (группами) по поводу удаления записи.

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Kandasamy et al. Human Proteinpedia: единый ресурс для исследований протеомики. Исследования нуклеиновых кислот. Расширенный доступ, опубликованный 23 октября 2008 г., DOI 10.1093 / nar / gkn701.
  2. ^ Mathivanan et al. Human Proteinpedia позволяет обмениваться данными о человеческих белках. Nat Biotechnology. Февраль 2008; 26: 164-7
  3. ^ Mishra et al. Справочная база данных белков человека - обновление 2006 г. Nucleic Acids Res. 2006 Янв; 34 (выпуск базы данных): D411-4
  4. ^ Peri et al. Разработка справочной базы данных белков человека в качестве начальной платформы для подхода к системной биологии человека. Genome Res. 2003 Октябрь; 13: 2363-71.
  5. ^ От редакции. Вы должны поделиться своими данными. Нат методы. Март 2008; 5: 209