ЛИПИДНЫЕ КАРТЫ - LIPID MAPS

ЛИПИДНЫЕ КАРТЫ
Содержание
ОписаниеЛипидомика
Контакт
Основное цитированиеPMID  17584797
Дата выхода2003
Доступ
Интернет сайтwww.lipidmaps.org

ЛИПИДНЫЕ КАРТЫ (Lipid Metabolites and Pathways Strategy) - это веб-портал, предназначенный для Липидомика Ресурсы. Ресурс возглавил классификацию биологических липиды, разделив их на восемь общих категорий.[1] LIPID MAPS предоставляет стандартизированные методики масс-спектрометрического анализа липидов, например [2][3][4]

LIPID MAPS цитируется как свидетельство растущего интереса к изучению метаболизма липидов.[5] и быстрое развитие и стандартизация области липидомики [6][7]

Ключевые ресурсы LIPID MAPS включают:

  • LIPID MAPS Structure Database (LMSD) - база данных структур и аннотаций биологически значимых липидов,[8] содержащий более 44000 различных липидов. В документе с описанием этого ресурса, согласно PubMed, был процитирован более 200 раз.
  • LIPID MAPS In-Silico Structure Database (LMISSD) - база данных рассчитанных с помощью вычислений липидов, созданных путем расширения головных групп для часто встречающихся классов липидов.
  • База данных генов / протеомов LIPID MAPS (LMPD) - база данных генов и генных продуктов, участвующих в метаболизме липидов.[9]

Инструменты, доступные в LIPID MAPS, позволяют ученым определять вероятные липиды в их образцах из масс-спектрометрии data, распространенный метод анализа липидов в биологических образцах. В частности, LipidFinder [10] позволяет анализировать данные MS. На сайте также доступны учебные и образовательные материалы по липидам.[11]

В январе 2020 года LIPID MAPS стал ЭЛИКСИР служба.[12]

История

LIPID MAPS была основана в 2003 году с Национальные институты здравоохранения США финансирование. С 2016 года это совместный проект Кардиффский университет под руководством профессора Валери О'Доннелл, Институт Бабрахама под Майкл Вакелам, и UCSD ученые Шанкар Субраманиам и Эд Деннис, финансируемые Wellcome Trust. Некролог Вакелама описывает LIPID MAPS как единое целое в области липидомики. [13]

LIPID MAPS спонсируется Avanti Polar lipids и Cayman Chemicals.

Рекомендации

  1. ^ Фахи Е., Субраманиам С., Мерфи Р.С., Нисиджима М., Раец С.Р., Симидзу Т., Спенер Ф., ван Меер Г., Вакелам М.Дж., Деннис Е.А. (апрель 2009 г.). «Обновление комплексной системы классификации липидов LIPID MAPS». Журнал липидных исследований. 50 Приложение (S1): S9-14. Дои:10.1194 / мл. R800095-JLR200. ЧВК  2674711. PMID  19098281.
  2. ^ Валерия Перейра Серафим П., Фигейредо-младший, де Адиэль Дж., Витор Фелипе А., Гимарайнш Ло Турко Е., Сильва, Манукян Форонес Н. «ИССЛЕДОВАНИЕ ЛИПИДНЫХ БИОМАРКЕРОВ ПАЦИЕНТОВ С ПОЛИПСАМИ И КОЛОРЕКТАЛЬНЫМ КАНЦЕРОМ». Arquivos de Gastroenterologia. 56: 399–404. Дои:10.1590 / S0004-2803.201900000-80.
  3. ^ Чжэн Х, Ян Р, Ван З, Ван Дж, Чжан Дж, Сун Х (2020). «Характеристика фармацевтически структурированных триацилглицеринов с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии / тандемной масс-спектрометрии высокого разрешения и ее применение для инъекций структурированной жировой эмульсии». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии. 34. Дои:10.1002 / RCM.8557.
  4. ^ Сасаки Х., Белый Ш. (2008). «Агрегационное поведение сверхчистого липополисахарида, который стимулирует рецепторы TLR-4». Биофизический журнал. 95: 986–993. Дои:10.1529 / biophysj.108.129197. ЧВК  2440428.
  5. ^ Мураликришна Адибхатла Р., Хэтчер Дж. Ф. (2007). «Роль липидов в травмах и заболеваниях головного мозга». Будущая липидология. 2: 403–422. Дои:10.2217/17460875.2.4.403. ЧВК  2174836.
  6. ^ "Потенциал, липидомика набирает вес". Eureka Alert. 10 января 2019 г.. Получено 10 июн 2020.
  7. ^ «Липидомика - ниша, но быстрорастущая область». Технологические сети. 11 сентября 2019 г.. Получено 10 июн 2020.
  8. ^ Sud M, Fahy E, Cotter D и др. (Январь 2007 г.). «LMSD: база данных структуры LIPID MAPS». Нуклеиновые кислоты Res. 35: D527–32. Дои:10.1093 / нар / gkl838. ЧВК  1669719. PMID  17098933.
  9. ^ Коттер Д., Маер А., Гуда С., Сондерс Б., Субраманиам С. (январь 2006 г.). "LMPD: база данных протеома LIPID MAPS". Нуклеиновые кислоты Res. 34: D507–10. Дои:10.1093 / nar / gkj122. ЧВК  1347484. PMID  16381922.
  10. ^ Фахи Е., Альварес-Джаррета Дж., Брашер С.Дж., Нгуен А., Хоксворт Дж. И., Родригес П., Мекельманн С., Аллен С. М., О'Доннелл В. Б. (2019). «LipidFinder на LIPID MAPS: фильтрация пиков, поиск МС и статистический анализ для липидомики». Биоинформатика. 35: 685–687. Дои:10.1093 / биоинформатика / bty679. ЧВК  6378932. PMID  30101336.
  11. ^ Sud M, Fahy E, Cotter D, Dennis EA, Subramaniam S (декабрь 2011 г.). "LIPID MAPS-Nature Lipidomics Gateway: Интернет-ресурс для студентов и преподавателей, интересующихся липидами". Журнал химического образования. 89: 291–292. Дои:10.1021 / ed200088u. ЧВК  3995124. PMID  24764601.
  12. ^ "Перечень услуг". elixir-europe.org. Получено 10 июн 2020.
  13. ^ Ферри, Джорджина (24 апреля 2020 г.). "Некролог Майкла Вакелама". Хранитель. Манчестер. Получено 10 июн 2020.