Список маркеров Y-STR - List of Y-STR markers

Следующее Список Y-STR маркеры обычно используются в судебно-медицинский[1] и генеалогическое тестирование ДНК.

DYS454 наименее разнообразный и многокопийный маркер DYS464 самый разнообразный Y-STR маркер.

Расположение пронумерованных маркеров Y-STR на Y-хромосоме можно приблизительно определить с помощью цитогенетическая локализация. Например, DYS449 расположен в Yp11.2, что означает Y-хромосому, маленькое плечо, полоса 1, поддиапазон 1, поддиапазон 2 - DYS449.[2]

Судебно-медицинская экспертиза Лаборатории обычно используют наборы PowerPlex Y (Promega Corporation) и Yfiler (Applied Biosystems), которые исследуют 12 или 17 Y-STR соответственно. Генеалогический ДНК-тест лаборатории исследуют до 442 Y-STR.

Скорость мутации

По оценкам Chandler (2006), частота мутаций рассчитана на поколение.[3] Приведенные оценочные ошибки обычно составляют +/- 15-20%. Альтернативные оценки (для судебно-медицинской экспертизы, поэтому не все маркеры охвачены) по наблюдаемым родословным также доступны на сайте Справочная база данных гаплотипов Y-хромосомы.

Похоже, что некоторые тринуклеотидные маркеры могут иметь гораздо более высокую частоту мутаций при одних длинах повторов, чем при других. Например, изменение тринуклеотида DYS388 обычно очень медленное в большинстве гаплогрупп, когда оно принимает значения 11-13. Но, по-видимому, существует гораздо большее разнообразие и более быстрая мутация в Гаплогруппа J, где обычно принимает значения 14-18. Точно так же тринуклеотид DYS392 считается «быстрым» в гаплогруппах. N и Q, где принимает значения 14–16, которые редко встречаются в других группах.[4]

Маркеры Y-STR

STRПримечанияПоследовательность ДНК повторяющийся мотиваллелискорость мутацииссылки
DYS19 = 14см. DYS394————
DYS385DYS385 - это маркер с множеством копий, включающий DYS385a и DYS385b. Порядок DYS385a и DYS385b может быть обратным, их последовательность называется порядком Киттлера.GAAA13-180.00226Информационный бюллетень NIST
DYS388ATT170.00022 [5]
DYS389DYS389 - это маркер с множеством копий, включающий DYS389i и DYS389ii. DYS389ii относится к общей длине DYS389. Следовательно, если есть одноэтапная мутация в DYS389i, она также появится в DYS389ii.(TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA)я: 13

ii: 30

0.00186, 0.00242Информационный бюллетень NIST
DYS390(TCTA) (TCTG)230.00311Информационный бюллетень NIST
DYS391TCTA110.00265Информационный бюллетень NIST
DYS392ТАТ110.00052 [5]Информационный бюллетень NIST
DYS393DYS393 также известен как DYS395.АГАТ120.00076Информационный бюллетень NIST
DYS394DYS394 также известен как DYS19.ТАГА140.00151Информационный бюллетень NIST
DYS413Обнаружен в палиндромной области ДНК Y21-22
DYS425DYS425, когда его можно измерить, очень стабилен. Однако на самом деле это одна копия метки из нескольких частей, DYF371 (ниже), и как таковая recLOH мутации часто могут сделать его неизмеримым, когда другие копии перезаписывают его. Например, он связан с определением SNP для I-M38 (I2a2a1a1; ранее I1b2a1), поскольку SNP M284 может отображать нулевое значение на этом маркере. Большинство членов E-M96 и подклассы также отображают нулевые значения. Тем не менее, это был один из немногих маркеров, изначально предлагаемых Оксфордские предки, и Семейное древо ДНК позже решил предложить его и специалистам по генеалогии.TGT12[5]
DYS426GTT110.00009 [5]Информационный бюллетень NIST
DYS434TAAT (CTAT)9Информационный бюллетень NIST
DYS435TGGA

11

DYS436GTT12[5]
DYS437TCTA140.00099Информационный бюллетень NIST
DYS438TTTTC100.00055Информационный бюллетень NIST
DYS439DYS439 также известен как Y-GATA-A4. DYS439 связан с определяющим SNP для гаплогруппы R1b1c9a, поскольку SNP может отображать нулевое значение на этом маркере.АГАТ120.00477Информационный бюллетень NIST
DYS441CCTT15Новая система мультиплексной ПЦР
DYS442ТАТС110.00324Новая система мультиплексной ПЦР
DYS443ТТКС

0

DYS444ТАГА11Новая система мультиплексной ПЦР
DYS445TTTA11Новая система мультиплексной ПЦР
DYS446TCTCT14Детали маркера Соренсона
DYS447TAAWА260.00264Информационный бюллетень NIST
DYS448АГАГАТ200.00135Информационный бюллетень NIST
DYS449TTTC250.00838Детали маркера Соренсона
DYS450TTTTA8
DYS452YATAC29
DYS453AAAT0
DYS454
DYS454 - наименее изменчивый маркер Y-STR, обычно используемый в генеалогическом ДНК-тестировании. Из записей для DYS454 на Ybase, 96% имеют 11 повторов, 3% имеют 10 повторов и 2% имеют 12 повторов (источник ).AAAT110.00016
DYS455AAAT110.00016Детали маркера Соренсона
DYS456АГАТ140.00735Детали маркера Соренсона
DYS458GAAA180.00814Детали маркера Соренсона
DYS459Это маркер с несколькими копиями, включающий DYS459a и DYS459b.TAAA8-90.00132
DYS460DYS460 изначально был известен как Y-GATA-A7.1.ATAG100.00402Информационный бюллетень NIST
DYS461DYS461 изначально был известен как Y-GATA-A7.2.(TAGA) CAGA11Информационный бюллетень NIST
DYS462ТАТГ11
DYS463AAрGG22
DYS464
DYS464 - палиндромный маркер с несколькими копиями. Мужчины обычно имеют четыре копии, известные в таких случаях как DYS464a, DYS464b, DYS464c и DYS464d. Может быть меньше четырех копий или больше, которые в таких случаях будут известны как DYS464e, DYS464f и т. Д. DYS464 - это самый разнообразный диапазон значений любого маркера Y-STR (источник ). Этот маркер также иногда может быть напечатан с отдельными g-типами и c-типами для увеличения разрешения. Вариация типов основана на SNP, который можно найти у большинства мужчин гаплогруппы R1b. Это часть палиндромной области ДНК Y.CCTT12-14-16-170.00566Криминалистическая ценность многокопийного маркера Y-STR DYS464

DYS464X тестирование
Несоответствия DYS464

DYS481CTT26[5]
DYS485TTA15[5]
DYS487ATT13[5]
DYS490TTA12[5]
DYS494ТАТ9[5]
DYS495AAT15[5]
DYS497ТАТ15[5]
DYS50414
DYS505TCCT13
DYS508ТАТС0
DYS518AAAG0NIST Comm. Наборы
DYS520ATAS21
DYS522GATA13
DYS525ТАГА10
DYS531AAAT11
DYS532CTTT10
DYS533ATCT11
DYS534CTTT15
DYS540TTAT11
DYS549АГАТ13
DYS556AATA12
DYS557TTTC18
DYS565TAAA11
DYS570TTTC12-230.00790
DYS572AAAT12
DYS573TTTA0
DYS575AAAT8-12
DYS576AAAG170.01022
DYS578AAAT8
DYS589TTATT11
DYS590TTTTG8
DYS594TAAAA10
DYS607AAGG140.00411
DYS612
DYS614
DYS626AAAG
DYS627AAAG0NIST Comm. Наборы
DYS632CATT8
DYS635Также известный как Y-GATA-C4ТSСоединение ТА210.0046Информационный бюллетень NIST
DYS63611
DYS638TTTA11
DYS641TAAA10
DYS643CTTTT9
DYS71036
DYS71425
DYS716CCATT27
DYS71720
DYS724Палиндромный; также известный как CDY33-350.03531
DYS725Палиндромный
DYS726Маркер YSTR в перицентромерной области.12
DYF371DYF371 - это многокопийный палиндромный региональный маркер. Включает маркер DYS425 и может быть информативным в случаях нулевых значений на этом маркере.12
DYF385S1Дублированный маркер YSTR в непосредственной близости от DYS4598-9
DYF387S1 а / бRAAG0NIST Comm. Наборы
DYF397DYF397 - палиндромный региональный маркер.
DYF399
Асимметричный трехаллельный STR-локус, который можно использовать для наблюдения делеций и рекомбинационных перестроек в палиндромной области Y-хромосомы.17-29 (много неполных аллелей)номенклатура
DYF401DYF401 - палиндромный региональный маркер.
DYF406S111
DYF408DYF408 - палиндромный региональный маркер.
DYF411DYF411 - палиндромный региональный маркер.
DXYS156
YCAIIYCAII - это маркер с несколькими копиями, который включает YCAIIa и YCAIIb22-220.00123
Y-GATA-H4ТАГА100.00208Информационный бюллетень NIST
Y-GATA-C4см. DYS635
Y-GATA-A10ТАГА14Информационный бюллетень NIST
Y-GGAAT-1B0711

Номенклатура аллеля Y-STR

В некоторых случаях компании или лаборатории по тестированию ДНК используют разные номенклатуры для обозначения одного и того же аллеля Y-STR. Таким образом, в этих случаях необходимо применять преобразование для точного сравнения результатов Y-STR, полученных от разных компаний. Наиболее распространенная номенклатура основана на руководстве, предоставленном NIST для маркеров Y-STR исторически сообщалось разными компаниями по-разному. Стандарт NIST - это предложение ISOGG (Международное общество генетической генеалогии) для компаний, занимающихся генетической генеалогией.[6][7]

Примечания и ссылки

  1. ^ «Интервью с Джоном Батлером и членами команды проекта NIST по идентификации человека». JoGG. Получено 11 августа 2012.
  2. ^ DYS449 в базе данных генома человека GDB
  3. ^ Чендлер (2006) (но см. также это обсуждение списка рассылки )
  4. ^ "Архивы GENEALOGY-DNA-L - Скорость мутации DYS 388?". Архивировано из оригинал на 2007-10-03. Получено 2007-02-27.
  5. ^ а б c d е ж грамм час я j k л Тринуклеотид - см. # Скорость мутации
  6. ^ «Стандарты маркеров». Фонд Молекулярной Генеалогии Соренсона. Архивировано из оригинал 21 июля 2012 г.. Получено 11 августа 2012.
  7. ^ Маттиесен, Дайана Гейл (19 июля 2011 г.). «Преобразование результатов теста Y-ДНК STR между SMGF, AncestryDNA и FamilyTreeDNA». Получено 11 августа 2012.

Смотрите также

внешняя ссылка