Локальная выпуклая оболочка - Local convex hull

Локальная выпуклая оболочка (LoCoH) это метод оценки размера домашний диапазон животного или группы животных (например, стая волков, прайд львов или стадо буйволов), а также для строительства распределение использования.[1][2] Последний является распределение вероятностей который представляет вероятности нахождения животного в заданной области его домашнего ареала в любой момент времени; или, в более общем смысле, в моменты времени, для которых построено распределение использования. В частности, различные распределения использования могут быть построены на основе данных, относящихся к конкретным периодам суточного или сезонного цикла.

Распределения использования строятся на основе данных, обеспечивающих местонахождение отдельного человека или нескольких человек в пространстве в разные моменты времени путем связывания функции локального распределения с каждой точкой, а затем суммирования и нормализации этих функций локального распределения для получения функции распределения, которая относится к данным. в целом.[3][4][5][6] Если функция локального распределения является параметрическим распределением, например симметричным двумерное нормальное распределение то метод упоминается как ядерный метод, но правильнее его обозначить как параметрический метод ядра. С другой стороны, если локальный элемент ядра, связанный с каждой точкой, является локальным выпуклый многоугольник построенный из точки и ее k-1 ближайших соседей, то метод непараметрический и называется k-LoCoH или фиксированная точка LoCoH метод. Это в отличие от р-LoCoH (фиксированный радиус) и а-LoCoH (адаптивный радиус) методы.

В случае конструкций распределения использования LoCoH домашний диапазон может быть взят как внешняя граница распределения (то есть 100-й процентиль). В случае распределений использования, построенных из неограниченных элементов ядра, таких как двумерные нормальные распределения, само распределение использования не ограничено. В этом случае наиболее часто используемое соглашение - рассматривать 95-й процентиль распределения использования как границу домашнего диапазона.

Чтобы построить k-LoCoH распределение использования:

  1. Найдите k - 1 ближайший сосед для каждой точки в наборе данных.
  2. Постройте выпуклую оболочку для каждого набора ближайших соседей и исходной точки данных.
  3. Объедините эти корпуса от самого маленького до самого большого.
  4. Разделите объединенные корпуса на изоплеты, где 10% изоплета содержит 10% исходных точек данных, 100% изоплета содержит все точки и т. Д.

В этом смысле методы LoCoH являются обобщением метода оценки домашнего диапазона, основанного на построении минимальный выпуклый многоугольник (MCP), связанный с данными. Метод LoCoH имеет ряд преимуществ перед параметрическими методами ядра. Особенно:

  • По мере добавления дополнительных данных оценки домашнего диапазона становятся более точными, чем для двумерных нормальных конструкций ядра.
  • LoCoH гораздо лучше справляется с «острыми» объектами, такими как озера и заборы, чем параметрические конструкции ядра.
  • Как упоминалось выше, домашний диапазон представляет собой конечную область без необходимости прибегать к специальному выбору, например 95-м процентилю, для получения ограниченной области.

LoCoH имеет ряд реализаций, включая Веб-приложение LoCoH.

LoCoH ранее назывался k-NNCH, для k-ближе всего к выпуклой оболочке. Недавно было показано, что а-LoCoH - лучший из трех методов LoCoH, упомянутых выше (см. Getz et al. В ссылках ниже).

T-LoCoH

T-LoCoH (локальный выпуклый корпус по времени) - это улучшенная версия LoCoH, которая включает время в конструкцию домашнего диапазона.[7][8] Время включается в алгоритм через альтернативную меру «расстояния», называемую масштабом по времени (TSD), которая объединяет пространственное и временное расстояние между любыми двумя точками. Это предполагает, что с каждой точкой связана метка времени, как с данными GPS. T-LoCoH использует TSD, а не евклидово расстояние, чтобы идентифицировать ближайших соседей каждой точки, в результате чего корпуса локализованы как в пространстве, так и во времени. Затем корпуса сортируются и постепенно объединяются в изоплеты. Как и LoCoH, UD, созданные T-LoCoH, обычно хорошо моделируют острые края в среде обитания, такой как водоемы; Кроме того, изоплеты T-LoCoH могут очерчивать временные разделы использования пространства.[7] T-LoCoH также предлагает дополнительные параметры сортировки корпусов, позволяя генерировать изоплеты, которые различают внутреннее пространство как по интенсивности использования (обычный UD), так и по различным поведенческим показателям, включая показатели направленности и использования времени.

Расстояние по шкале времени

TSD для любых двух местоположений я и j разделены во времени дан кем-то

Концептуально TSD преобразует период времени между двумя наблюдениями в пространственные единицы, оценивая, как далеко человек мог бы пройти за этот период времени, если бы он двигался с максимальной наблюдаемой скоростью. Это теоретическое расстояние перемещения затем отображается на третью ось пространства, и расстояние вычисляется с использованием стандартных уравнений евклидова расстояния. Уравнение TSD также имеет параметр масштабирования s который контролирует степень масштабирования временной разницы до пространственных единиц. Когда s= 0, временное расстояние выпадает, и TSD эквивалентен евклидову расстоянию (таким образом, T-LoCoH обратно совместим с LoCoH[8]). В качестве s увеличивается, временное расстояние становится все более и более важным, в конечном итоге сокращая расстояние в пространстве. Метрика TSD не основана на механистической или диффузионной модели движения, а просто служит для создания корпусов, локальных в пространстве и / или времени.[7]

Рекомендации

  1. ^ Getz, W. M. и C. C. Wilmers, 2004. Построение локальных ближайших соседей с выпуклой оболочкой домашних диапазонов и распределений использования. Экография 27: 489-505.Посмотреть PDF
  2. ^ Getz, W.M, S. Fortmann-Roe, P.C. Cross, A.J. Lyons, S.J. Ryan, C.C. Уилмерс, PLoS ONE 2 (2): e207. Дои:10.1371 / journal.pone.0000207. LoCoH: непараметрические методы ядра для построения домашних диапазонов и распределений использования. Посмотреть PDF
  3. ^ Сильверман Б.В. (1986) Оценка плотности для статистики и анализа данных. Лондон: Чепмен и Холл. 176 с.
  4. ^ Worton BJ. (1987). Обзор моделей домашнего стада для передвижения животных. Экологическое моделирование, 38: 277–298.
  5. ^ Worton BJ. (1989) Ядерные методы для оценки распределения использования в домашних исследованиях. Экология 70: 164–168.
  6. ^ Моряк Д.Е., Пауэлл Р.А. (1996) Оценка точности оценок ядерной плотности для анализа домашнего диапазона. Экология 77: 2075–2085.
  7. ^ а б c Lyons, A., Turner, W.C., и WM Getz. 2013. Home range plus: пространственно-временная характеристика движения над реальными ландшафтами. Экология движения BMC 1: 2. Дои:10.1186/2051-3933-1-2.
  8. ^ а б http://tlocoh.r-forge.r-project.org