МЕГАРЫ - MEGARes

МЕГАРЫ
Содержание
ОписаниеMEGARes - это база данных по устойчивости к противомикробным препаратам, созданная для высокопроизводительного секвенирования на базе Университета штата Колорадо.
Типы данных
захвачен		Гены и фенотипы устойчивости к противомикробным препаратам
ОрганизмыБактерии
Контакт
Исследовательский центрГосударственный университет Колорадо
Основное цитированиеPMID  27899569
Доступ
Интернет сайтhttp://megares.meglab.org
Скачать URLСкачать
Разное
Закладки
сущности		да

МЕГАРЫ это вручную отобранный база данных устойчивости к антибиотикам который включает ранее опубликованные последовательности устойчивости к противомикробным препаратам, а также расширяется за счет включения опубликованных последовательностей детерминант устойчивости к металлам и биоцидам. В MEGARes 2.0 узлы ациклической иерархической онтологии включают четыре типа антимикробных соединений, 57 классов, 220 механизмов устойчивости и 1345 групп генов, которые классифицируют 7868 образцов. [1][2] Это работает вместе с конвейером AmrPlusPlus (AMR ++ версии 2.0) для классификации последовательностей резистомов непосредственно из FASTA.

База данных ориентирована на анализ крупномасштабных наборов данных экологической последовательности с аннотационной структурой, которая позволяет разрабатывать высокопроизводительные ациклические классификаторы и иерархический статистический анализ больших данных. При рассмотрении генов AMR аннотация MEGARes состоит из трех иерархических уровней: класс препарата, механизм и группа. Контент MEGARes был составлен из различных других баз данных: Resfinder, ARG-ANNOT, всеобъемлющей базы данных устойчивости к антибиотикам (CARD) и архива бета-лактамаз Национального центра биотехнологической информации (NCBI) клиники Лахи.

MEGARes позволяет пользователям анализировать устойчивость к противомикробным препаратам на популяционном уровне, подобно анализу микробиома, на основе последовательности FASTA или ключевых слов в строке поиска. Кроме того, пользователи могут получить доступ к AmrPlusplus, конвейеру для анализа резистомов наборов метагеномных данных, который может быть интегрирован с базой данных MEGARes.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ [1], Лакин, С.М., Дин, К., Нойес, Н.Р., Деттенвангер, А., Спенсер Росс, А., Достер, Э., Ровира, П., Абдо, З., Джонс, К.Л., Руис, Дж., Белк , KE, Morley, PS, Boucher, C. (2016) MEGARes: антимикробная база данных для высокопроизводительного секвенирования. Nucleic Acids Res., 45. DOI: 10.1093 / nar / gkw1009
  2. ^ Энрике Достер, Стивен М. Лакин, Кристофер Дж. Дин, Кори Вулф, Джаред Дж. Янг, Кристина Баучер, Кейт И. Белк, Ноэль Р. Нойес, Пол С. Морли (2020) MEGARes 2.0: база данных для классификации антимикробных препаратов, биоцидов и устойчивости к металлам детерминанты в данных метагеномной последовательности. https://doi.org/10.1093/nar/gkz1010