Реестр MIRIAM - MIRIAM Registry

В Реестр MIRIAM, побочный продукт МИРИАМ Рекомендации - это база данных пространств имен и связанной с ними информации, которая используется при создании унифицированные идентификаторы ресурсов. Он содержит набор одобренных сообществом пространств имен для баз данных и ресурсов, обслуживающих, в первую очередь, область биологических наук. Эти общие пространства имен в сочетании с идентификаторами «сбора данных» могут использоваться для создания глобальных уникальных идентификаторов для знаний, хранящихся в репозиториях данных. Дополнительные сведения об использовании URI для аннотирования моделей см. В спецификации SBML Уровень 2 Версия 2 (и выше).

«Сбор данных» определяется как набор данных, который создается поставщиком. «Ресурс» определяется как распространитель этих данных. Такое описание позволяет связать множество ресурсов с одной коллекцией, позволяя точно представить, как биологическая информация доступна во всемирной паутине; часто одна и та же информация из одного набора данных может быть отражена разными ресурсами, или основная информация может быть дополнена другими данными.

Пример записи, хранящейся в реестре MIRIAM
  • название коллекции данных: Gene Ontology
  • идентификатор сбора данных: MIR: 00000022
  • синонимы сбора данных: GO
  • шаблон идентификатора сбора данных: ^ GO: d {7} $
  • пространство имен сбора данных: урна: miriam: obo.go
  • сбор данных 'Root URL': http://identifiers.org/obo.go/
  • сбор данных 'Root URN': урна: miriam: obo.go:
  • ресурсы коллекции:
    • ресурс # 1
      • идентификатор ресурса: МИР: 00100012
      • сайт расположения ресурса: http://www.ebi.ac.uk/ego/
      • URL доступа к ресурсам (токенизированный): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
      • Описание ресурса: QuickGO (браузер генных онтологий)
      • ресурсное учреждение: Европейский институт биоинформатики, Соединенное Королевство
    • ресурс # 2
      • [...]

Реестр MIRIAM - это курируемый ресурс, который находится в свободном доступе и открыт для всех. Подача заявок на новые коллекции может осуществляться через веб-сайт.[1]

Идентификаторы, использующие систему МИРИАМ

Рекомендации MIRIAM требуют использования унифицированных идентификаторов ресурсов в аннотации компонентов модели. Они создаются с использованием общего списка пространств имен, определенных в реестре MIRIAM.

URI MIRIAM

Используя пространства имен, определенные в реестре MIRIAM, можно создавать идентификаторы как в форме URN, так и в форме URL. Для этого требуется уникальный идентификатор для конкретной коллекции, а также пространство имен для глобального ограничения информационного пространства. И пространство имен, и корень каждой формы URI даны для каждой коллекции данных в реестре. Обе формы являются производными от одного и того же пространства имен. Например:

В этом примере специфический для коллекции идентификатор - 16333295, а пространство имен опубликовано.

Форма идентификаторов URN требует использования веб-служб или программных средств для доступа к указанной записи. Это означает, что нельзя просто поместить форму URN в окно браузера и получить указанную информацию. Форма URL-адреса разрешается напрямую и зависит от уровня разрешения, предоставляемого Identifiers.org.

Вспомогательные функции и доступность

Для обеспечения эффективного использования реестра MIRIAM и быстрого внедрения схемы аннотаций предоставляется ряд вспомогательных функций.[2] К ним относятся Веб-сервисы, интерфейс веб-сайта[3] для доступа к самому реестру и библиотеке Java[4]

Реестр MIRIAM разработан командой Proteomics Services в Европейский институт биоинформатики. Исходный код всего проекта, включая вспомогательные функции, доступен по адресу SourceForge.net.[5]

В Реестр MIRIAM используется несколькими всемирными проектами, такими как База данных биомоделей,[6][7] САБИО-РК, г.[8] КОПАСИ,[9] Более подробный список можно найти на сайте.[10]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ "Страница подачи новой коллекции". Ebi.ac.uk. Получено 2012-10-09.
  2. ^ Лайбе, Камилла; Ле Новер, Николя (2007). «Ресурсы MIRIAM: инструменты для создания и разрешения надежных перекрестных ссылок в системной биологии». BMC Systems Biology. 1: 58. Дои:10.1186/1752-0509-1-58. ЧВК  2259379. PMID  18078503.
  3. ^ "Сайт ресурсов МИРИАМ". Ebi.ac.uk. Получено 2012-10-09.
  4. ^ Li, C .; Courtot, M .; Le Novere, N .; Лайбе, К. (2009). «Веб-службы BioModels.net, бесплатный интегрированный набор инструментов для программного обеспечения вычислительного моделирования». Брифинги по биоинформатике. 11 (3): 270–7. Дои:10.1093 / bib / bbp056. ЧВК  2913671. PMID  19939940.
  5. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2012-05-10. Получено 2012-10-23.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь) Проект MIRIAM на SourceForge.net[неосновной источник необходим ]
  6. ^ Ли, С; Донизелли, М; Rodriguez, N; Дхарури, H; Эндлер, Л; Chelliah, V; Ли, Л; Он, Е; Генри, А; Стефан, Мелани I; Сноуп, Джеки Л; Хука, Майкл; Ле Новер, Николя; Лайбе, Камилла (2010). "База данных BioModels: расширенный, тщательно отобранный и аннотированный ресурс для опубликованных количественных кинетических моделей". BMC Systems Biology. 4: 92. Дои:10.1186/1752-0509-4-92. ЧВК  2909940. PMID  20587024.
  7. ^ «Веб-сайт базы данных биомоделей». Ebi.ac.uk. Получено 2012-10-09.
  8. ^ SDBV. "Виртуальная ячейка базы данных кинетики SABIO-реакций". Sabio.villa-bosch.de. Получено 2012-10-09.
  9. ^ «Симулятор сложного пути и SBMLeditor». Copasi.org. Получено 2012-10-09.
  10. ^ «Использование MIRIAM». Ebi.ac.uk. Получено 2012-10-09.