Карты молекулярного взаимодействия - Molecular Interaction Maps

Карты молекулярного взаимодействия, также известный как MIM, это графическое обозначение для изображения сотовый и молекулярный взаимодействия. Он был создан Куртом В. Коном в 1999 году.[1] Соглашение MIM позволяет однозначно представлять сети, содержащие мультибелковые комплексы, белковые модификации и ферменты которые являются субстратами других ферментов. Это графическое представление позволяет просматривать все многочисленные взаимодействия, в которых молекула может быть вовлечен, и он может отображать конкурирующие взаимодействия, которые обычны в биорегуляторных сетях. Чтобы упростить связь с базами данных, каждый молекулярный вид представлен на диаграмме только один раз. Нотация MIM составляет основу, и дальнейшее развитие MIM-нотации согласовывается с Графическая нотация системной биологии (SBGN) консорциум, международная попытка стандартизировать диаграммы, изображающие биохимические и клеточные процессы, изучаемые в системах. биология. Обновление обозначений было опубликовано в 2006 году.[2]

Режимы интерпретации

  • Явно: состояния существуют только из взаимодействий, показанных явно.
  • Эвристика: объекты обрабатываются как пулы состояний, в которых состояния, не указанные явно, могут быть возможны.
  • Комбинаторный: похож на эвристический, но предполагается, что все состояния происходят. Комбинаторная интерпретация нотации MIM была описана в публикации 2006 года.[3]

Связанные метаданные

Диаграммы MIM обычно сопровождаются набором цитат и комментариев, относящихся к научным публикациям, описывающим взаимодействия внутри диаграммы. Кроме того, диаграммы сопровождаются списком, связывающим элементы на диаграмме с часто используемыми идентификаторами, такими как имя генов, как описано Комитет по номенклатуре генов HUGO.

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Кон К.В. Карта молекулярного взаимодействия систем контроля клеточного цикла и репарации ДНК млекопитающих. Клетка Mol Biol (1999)
  2. ^ Кон KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Карты молекулярного взаимодействия биорегуляторных сетей: общая рубрика системной биологии. Mol Biol Cell (2006) Дои:10.1091 / mbc.E05-09-0824
  3. ^ Кон KW, Aladjem MI, Kim S, Weinstein JN, Pommier Y. Изображение комбинаторной сложности с обозначением карты взаимодействия молекул. Mol Syst Biol. 2006; 2: 51. (2006) Дои:10.1038 / msb4100088