Набор инструментов для молекулярного моделирования - Molecular Modelling Toolkit

ММТК
Оригинальный автор (ы)Конрад Хинсен
изначальный выпуск4 января 2000 г.; 20 лет спустя (2000-01-04)
Стабильный выпуск
2.7.4 / 28 апреля 2011 г.; 9 лет назад (2011-04-28)
Написано вPython, С
Операционная системаКроссплатформенность
ТипБиоинформатика
Интернет сайтДирак.cnrs-orleans.fr/ ММТК/

В Набор инструментов для молекулярного моделирования (ММТК) является Открытый исходный код программный пакет, написанный на Python, который выполняет общие задачи в молекулярное моделирование.[1]

Набор инструментов для молекулярного моделирования - это библиотека, которая реализует общие методы молекулярного моделирования с акцентом на биомолекулярное моделирование. Он использует современные методы разработки программного обеспечения (объектно-ориентированное проектирование, язык высокого уровня), чтобы преодолеть ограничения, связанные с большими монолитными программами моделирования, которые обычно используются для биомолекул. Его основными преимуществами являются (1) простое расширение и комбинация с другими библиотеками благодаря модульному дизайну библиотеки, (2) единый высокоуровневый язык программирования общего назначения (Python) используется для реализации библиотеки, а также для сценариев приложений, (3 ) использование документированных и машинно-независимых форматов для всех файлов данных и (4) интерфейсы с другими программами моделирования и визуализации.

— Конрад Хинсен, Набор инструментов для молекулярного моделирования: новый подход к молекулярному моделированию, [1]

По состоянию на 28 апреля 2011 г.MMTK состоит из примерно 18 000 строк кода Python, 12 000 строк написанного вручную кода C и некоторого кода, созданного компьютером.

особенности

  • построение молекулярных систем со специальной поддержкой белков и нуклеиновых кислот
  • бесконечные системы или периодические граничные условия (орторомбические элементарные ячейки)
  • общие геометрические операции над координатами
  • подходит для твердого тела
  • визуализация с использованием внешних программ просмотра PDB и VRML; анимация динамических траекторий и нормальных режимов
  • силовое поле AMBER 94 с несколькими вариантами управления электростатическими взаимодействиями
  • силовое поле деформации для быстрых расчетов нормального режима на белках
  • минимизация энергии (крутой спуск и сопряженный градиент)
  • молекулярная динамика (с дополнительным термостатом, баростатом и ограничениями по расстоянию)
  • анализ нормального режима
  • траектория операций
  • точечный заряд подходит
  • расчеты молекулярной поверхности
  • интерфейсы к другим программам

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ а б Хинсен К. (2000). «Набор инструментов молекулярного моделирования: новый подход к молекулярному моделированию». J. Comput. Chem. 21 (2): 79–85. Дои:10.1002 / (SICI) 1096-987X (20000130) 21: 2 <79 :: AID-JCC1> 3.0.CO; 2-B.

внешние ссылки