Инициатива по системной биологии Нового Южного Уэльса - New South Wales Systems Biology Initiative - Wikipedia

В Инициатива по системной биологии Нового Южного Уэльса, режиссер Марк Уилкинс является некоммерческой организацией в Школа биотехнологии и биомолекулярных наук на Университет Нового Южного Уэльса. Их основное внимание уделяется фундаментальным и прикладным исследованиям в области разработки и применения биоинформатики для геномика и протеомика.

Исследования, проведенные в рамках Инициативы системной биологии

В настоящее время научные сотрудники учреждения работают над следующими проектами:[нужна цитата ]

Метилирование протеома Saccharomyces cerevisiae

Модификации вызывают условные эффекты на белки, посредством чего их ковалентная привязанность к аминокислоты вызовет возмущение конкретного белка, что повлияет на потенциальные взаимодействия его новой модифицированной формы.[1] Метилирование одна из самых известных посттрансляционных модификаций в гистоны для структуры хроматина и экспрессии генов.[2] Это также одна из многих модификаций, обнаруженных на коротких N-концевых участках гистонов, которые собираются с образованием гистонового кода, который регулирует сборку хроматина и регуляцию эпигенетических генов.[3] Идентификация метилирования через интерактом плохо документирована. Исследователи из Инициативы системной биологии разрабатывают методы определения новых метилированных остатков лизина и аргинина через масс-спектрометрии[4] дактилоскопия пептидных масс.[5] В настоящее время исследователи используют эти методы для идентификации новых метилированных остатков в Saccharomyces cerevisiae интерактом.

Разделение и идентификация белковых комплексов

Крупномасштабный анализ белковых комплексов представляет собой возникающую трудность как методы фракционирования белковых комплексов, несовместимые с последующими протеомными методами. Инициатива системной биологии использует технику синего нативного электрофореза непрерывной элюции (BN-CEE).[6] Этот метод генерирует жидкофазные фракции белковых комплексов. Полученные комплексы можно дополнительно проанализировать с помощью электрофореза в полиакриламидном геле и масс-спектрометрии. Это поможет идентифицировать составляющие белки многих комплексов. В настоящее время исследователи используют эту технику на Saccharomyces cerevisiae клеточный лизат.

Визуализация белков, комплексов и сетей взаимодействия

Интеграция биологических данных, включая структуры белков, взаимодействия и т. Д., Может быть произведена с помощью автоматизированных технологий. Важность таких данных часто может быть потеряна без надлежащей визуализации данных. Инициатива системной биологии в настоящее время работает над адаптацией системы визуализации Skyrails. Эта система, называемая интерактониумом, использует виртуальную ячейку для визуализации сети взаимодействия, белковых комплексов и белковых трехмерных структур. Saccharomyces cerevisiae.[7] Инструмент может отображать сложные сети до 40 000 белков или 6000 мультибелковых комплексов. Interactorium позволяет просматривать молекулярную биологию клетки на нескольких уровнях. Интеракториум доступен для скачивания.[8]

Рекомендации

  1. ^ Уилкинс М.Р., Куммерфельд СК (май 2008 г.). «Держаться вместе? Разваливаться? Изучение динамики интерактома». Тенденции в биохимических науках. 33 (5): 195–200. Дои:10.1016 / j.tibs.2008.03.001. PMID  18424047.
  2. ^ Фишле В., Ценг Б.С., Дорманн Х.Л. и др. (Декабрь 2005 г.). «Регулирование связывания HP1-хроматина с помощью метилирования и фосфорилирования гистона H3». Природа. 438 (7071): 1116–22. Дои:10.1038 / природа04219. PMID  16222246.
  3. ^ Strahl BD, Allis CD (январь 2000 г.). «Язык ковалентных модификаций гистонов». Природа. 403 (6765): 41–5. Дои:10.1038/47412. PMID  10638745.
  4. ^ Куттас Т.А., Рафтери М.Дж., Бернардини Дж., Уилкинс М.Р. (июль 2008 г.). «Сканирование ионов иммония для обнаружения посттрансляционных модификаций и его применения к гистонам». Журнал протеомных исследований. 7 (7): 2632–41. Дои:10.1021 / pr700644t. PMID  18517236.
  5. ^ Пан Ч. Н., Гастайгер Э, Уилкинс М. Р. (2010). «Идентификация метилирования аргинина и лизина в протеоме Saccharomyces cerevisiae и его функциональные последствия». BMC Genomics. 11: 92. Дои:10.1186/1471-2164-11-92. ЧВК  2830191. PMID  20137074.
  6. ^ Хуанг К.Ю., Филарски М., Падула М.П., ​​Рафтери М.Дж., Герберт Б.Р., Уилкинс М.Р. (май 2009 г.). «Микропрепаративное фракционирование комплексома с помощью синего нативного электрофореза с непрерывной элюцией». Протеомика. 9 (9): 2494–502. Дои:10.1002 / pmic.200800525. PMID  19343713.
  7. ^ Widjaja YY, Pang CN, Li SS, Wilkins MR, Lambert TD (декабрь 2009 г.). «Интеракториум: визуализация белков, комплексов и сетей взаимодействия в виртуальной трехмерной ячейке». Протеомика. 9 (23): 5309–15. Дои:10.1002 / pmic.200900260. PMID  19798670.
  8. ^ "Загрузки: Интеракториум". Инициатива по системной биологии Нового Южного Уэльса.

внешняя ссылка