ПАУП * - PAUP* - Wikipedia

пгилогенетический Аанализ Uпеть пподжог *и другие методы
Pauph.gif
Оригинальный автор (ы)Дэвид Л. Своффорд
Стабильный выпуск
4.0b10
Предварительный выпуск
4.0a164
Написано вC
Операционная системаMacintosh, Windows, Unix-подобный
ПлатформаКроссплатформенность
Типнаука
Лицензияквазикоммерческий
Интернет сайтПАУП *

ПАУП * (пгилогенетический Аанализ Uпеть пподжог *и другие методы) является вычислительная филогенетика программа для вывода эволюционных деревьев (филогении ), написанный Дэвидом Л. Своффордом. Изначально, как следует из названия, PAUP реализовывала только скупость, но начиная с версии 4.0 (когда программа стала называться PAUP *) она также поддерживает матрица расстояний и методы вероятности. Версия 3.0 работала на Macintosh компьютеров и поддерживает богатый, удобный графический интерфейс. Вместе с программой MacClade,[1] с которым он разделяет формат данных NEXUS,[2] PAUP * была филогенетическим программным обеспечением, которое выбрали многие филогенетисты.[3]

В версии 4.0 добавлена ​​поддержка платформ Windows (графическая оболочка и командная строка) и Unix (только командная строка). Однако графический пользовательский интерфейс для Macintosh не поддерживает версии Mac OS X выше чем 10.14 (хотя планируется создание графического интерфейса для более поздних версий Mac OS). PAUP * также доступен как плагин для Гениальный. PAUP *, который теперь имеет самореферентный название PAUP * (* Филогенетический анализ с использованием PAUP) быстро обновляется и теперь включает метод «дерева видов» SVDquartets,[4][5] в дополнение к методам экономии, вероятности и расстояния для филогенетики.

Рекомендации

  1. ^ Мэддисон Д.Р., Мэддисон WP (2001-02-08). МакКлейд 4: Анализ филогении и эволюции характера. ISBN  0-8789-3470-7. Архивировано из оригинал на 2011-09-27. Получено 2015-12-08.
  2. ^ Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файлов для систематической информации». Систематическая биология. 46 (4): 590–621. Дои:10.1093 / sysbio / 46.4.590. PMID  11975335.
  3. ^ Холл BG (2001). Филогенетические деревья стали проще. Sinauer Associates. ISBN  0-8789-3311-5.
  4. ^ Чифман Дж., Кубатко Л (декабрь 2014 г.). «Квартетный вывод из данных SNP в рамках объединенной модели». Биоинформатика. 30 (23): 3317–24. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu530. ЧВК  4296144. PMID  25104814.
  5. ^ Чифман Дж., Кубатко Л (июнь 2015). «Идентифицируемость топологии некорневого дерева видов в рамках модели слияния с обратимыми во времени процессами замещения, вариациями скорости в зависимости от места и неизменными участками». Журнал теоретической биологии. 374: 35–47. Дои:10.1016 / j.jtbi.2015.03.006. PMID  25791286.

внешняя ссылка