ФИЛИП - PHYLIP
| Оригинальный автор (ы) | Йозеф Фельзенштейн |
|---|---|
| Разработчики) | Вашингтонский университет |
| изначальный выпуск | Октябрь 1980 г. |
| Стабильный выпуск | 3.697 / 2 ноября 2014 г. |
| Репозиторий |  |
| Написано в | C |
| Операционная система | Windows, Mac OS X, Linux |
| Платформа | x86, x86-64 |
| Доступно в | английский |
| Тип | Филогенетика |
| Лицензия | => v3.697: Открытый исходный код = |
| Интернет сайт | эволюция |
Пакет PHYLogeny Inference (ФИЛИП) является бесплатным вычислительная филогенетика пакет программ для вывода эволюционных деревьев (филогении ).[1] Состоит из 35 портативный программы, т.е. исходный код написан на языке программирования C. Начиная с версии 3.696, он лицензируется как программное обеспечение с открытым исходным кодом; версии 3.695 и старше были проприетарное программное обеспечение бесплатное ПО. Релизы происходят в виде исходного кода и предварительно скомпилированного исполняемые файлы для многих операционные системы в том числе Windows (95, 98, ME, NT, 2000, XP, Vista), Mac OS 8, Mac OS 9, OS X, Linux (Debian, Красная Шапка ); и FreeBSD с FreeBSD.org.[2]Полная документация написана для всех программ в пакете и включена в него. Автор пакета - профессор Йозеф Фельзенштейн, Департамента геномных наук и Департамента биологии, Вашингтонский университет, Сиэтл.[3]
Методы (реализованные каждой программой), доступные в пакете, включают скупость, матрица расстояний, и методы вероятности, включая деревья самонастройки и консенсуса. Типы данных, которые можно обрабатывать, включают молекулярные последовательности, частоты генов, сайты ограничения а также фрагменты, матрицы расстояний и дискретные символы.[2]
Каждая программа управляется через меню, которое спрашивает пользователей, какие параметры они хотят установить, и позволяет им начать вычисления. Данные считываются в программу из текстового файла, который пользователь может подготовить с помощью любого текстового редактора или текстового редактора (но этот текстовый файл не может быть в специальном формате этого текстового процессора, он должен быть в плоский ASCII или только текст формат). Некоторые программы анализа последовательности, такие как Clustal Программа выравнивания W может записывать файлы данных в формате PHYLIP. Большинство программ ищут данные в файле с именем infile. Если они не находят этот файл, они просят пользователя ввести имя файла данных.[2]
Вывод записывается в файлы с такими именами, как Outfile и за пределами. Деревья написаны на за пределами находятся в Формат Ньюика, неофициальный стандарт, согласованный в 1986 году авторами семи основных пакетов филогении.
Компонентные программы
| Название программы | Описание |
|---|---|
| протпарс | Оценивает филогении пептидные последовательности с использованием скупость метод |
| днапарс | Оценивает филогении последовательностей ДНК с помощью метода экономии |
| днапенный | Метод экономии ветвей и связей ДНК, находит все наиболее экономные филогении для последовательностей нуклеиновых кислот с помощью поиска по ветвям и связям |
| dnamove | Интерактивное построение филогений из последовательностей нуклеиновых кислот с их оценкой методом экономии ДНК, с совместимостью и отображением реконструированных оснований предков |
| dnacomp | Оценивает филогении по данным последовательностей нуклеиновых кислот с использованием критерия совместимости |
| днамл | Оценивает филогении по нуклеотидным последовательностям с помощью максимальная вероятность метод |
| dnamlk | Метод максимального правдоподобия ДНК с молекулярными часами; совместное использование dnaml и dnamlk позволяет критерий отношения правдоподобия для молекулярные часы гипотеза |
| промл | Оценивает филогении по аминокислотным последовательностям белков с использованием метода максимального правдоподобия. |
| промлк | Метод максимального правдоподобия белковой последовательности с молекулярными часами |
| restml | Оценка филогенеза по максимальной вероятности с использованием данных рестрикционных сайтов; не по рестрикционным фрагментам, а по наличию или отсутствию отдельных сайтов |
| днаинвар | Для данных о последовательности нуклеиновых кислот для четырех видов вычислил Лейк и Кавендера. филогенетические инварианты, которые тестируют альтернативные древовидные топологии |
| dnadist | Метод расстояния ДНК, который вычисляет четыре различных расстояния между видами по последовательностям нуклеиновых кислот; расстояния могут затем использоваться в программах матрицы расстояний |
| протдист | Метод расстояния между последовательностями белков, который вычисляет меру расстояния для последовательностей с использованием оценок максимального правдоподобия на основе Dayhoff Матрица PAM, Приближение Кимуры 1983 года к этому, или модель, основанная на генетическом коде плюс ограничение на переход на другую категорию аминокислот |
| рестдист | Расстояния, рассчитанные на основе данных сайтов ограничения или данных фрагментов ограничения |
| seqboot | Программа начальной загрузки; читает в набор данных, и генерирует из него несколько наборов данных путем повторной выборки начальной загрузки |
| фитч | Фитч-Марголиаш матрица расстояний метод; оценивает филогении на основе данных матрицы расстояний под аддитивная модель дерева согласно которому предполагается, что расстояния равны сумме длин ветвей между видами |
| китч | Метод матрицы расстояний Фитча-Марголиаша с молекулярными часами; оценивает филогении на основе данных матрицы расстояний под ультраметрический модель, аналогичная модели аддитивного дерева, за исключением того, что предполагается наличие эволюционных часов |
| сосед | Реализация методов присоединение соседа и UPGMA |
| contml | Максимально вероятные непрерывные символы и частоты генов; оценивает филогении на основе данных о частоте генов по максимальной вероятности в рамках модели, в которой все расхождения происходят из-за генетического дрейфа при отсутствии новых мутаций; также проводится анализ максимального правдоподобия непрерывных персонажей, которые развиваются по модели броуновского движения, предполагая, что персонажи развиваются с одинаковой скоростью и некоррелированным образом; не учитывает корреляции персонажей |
| контраст | Читает дерево из файла дерева и набор данных с данными непрерывных символов и генерирует независимые контрасты для этих символов для использования в любом пакете многомерной статистики |
| гендер | Программа генетической дистанции, которая вычисляет одну из трех различных формул генетической дистанции на основе данных частоты генов. |
| парсы | Неупорядоченный метод экономии дискретных символов с несколькими состояниями |
| смешивание | Оценивает филогении с помощью некоторых методов экономии для дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1); позволяет использовать методы: Вагнера, Камин-Сокаля или произвольные смеси |
| пенни | Смешанный метод ветвей и границ, который находит все самые экономные филогении для дискретно-символьных данных с двумя состояниями, для критериев Вагнера, Камина-Сокаля и смешанной экономии с использованием метода точного поиска по ветвям и границам |
| шаг | Интерактивное построение филогении из дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1); оценивает критерии экономичности и совместимости для этих филогений и отображает реконструированные состояния по всему дереву |
| ложка | Оценивает филогении по Долло или критерии экономии полиморфизма для дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1) |
| долпенный | Находит все или наиболее экономные филогении для дискретных данных с двумя состояниями, для критериев экономии Долло или полиморфизма с использованием метода точного поиска по ветвям и границам |
| долман | Интерактивное построение филогений из дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1) с использованием критериев экономии Долло или полиморфизма; оценивает критерии экономичности и совместимости для этих филогений; отображает реконструированные состояния по всему дереву |
| клика | Находит наибольшую группу взаимно совместимых символов и рекомендуемую ими филогению для дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1); самая большая клика (или все клики в пределах заданного диапазона размеров самой большой) обнаруживаются с помощью метода быстрого поиска по ветвям и границам |
| фактор | Программа перекодирования символов, которая принимает дискретные данные с несколькими состояниями с деревьями состояний символов и выдает соответствующий набор данных с двумя состояниями (0, 1) |
| Drawgram | Программа для рисования корневого дерева, которая отображает корневые филогении, кладограммы и фенограммы в большом количестве форматов, контролируемых пользователем. Программа является интерактивной и позволяет предварительно просмотреть дерево на графических экранах ПК или Macintosh, а также на графических терминалах Tektronix или Digital. |
| дерево | Программа для рисования деревьев без корней похожа на DRAWGRAM, но отображает филогении |
| согласие | Программа дерева консенсуса, которая вычисляет деревья методом дерева большинства правил, что также позволяет легко находить дерево строгого консенсуса; невозможно вычислить дерево консенсуса Адамса |
| лесник | Вычисляет Робинсон – Фулдс симметричное разностное расстояние между деревьями, которое допускает различия в топологии дерева |
| отступать | Программа интерактивной перестановки дерева, которая считывает дерево (с указанием длины ветвей, если необходимо) и позволяет изменять корень дерева, переворачивать ветви, изменять названия видов и длину ветвей, а затем записывать результат; может использоваться для преобразования между корневыми и некорневыми деревьями |
использованная литература
- ^ Фельзенштейн, Дж. (1981). «Эволюционные деревья из последовательностей ДНК: подход максимального правдоподобия». Журнал молекулярной эволюции. 17 (6): 368–376. Bibcode:1981JMolE..17..368F. Дои:10.1007 / BF01734359. PMID 7288891.
- ^ а б c "Страница общей информации PHYLIP". Получено 2010-02-14.
- ^ Йозеф Фельзенштейн (Август 2003 г.). Вывод филогении. Sinauer Associates. ISBN 0-87893-177-5. Архивировано из оригинал на 2011-10-22. Получено 2006-03-24.
- ^ "Сайт-зеркало документации пакета PHYLIP". Архивировано из оригинал на 2005-10-19. Получено 2006-03-24.
внешняя ссылка
- Официальный веб-сайт
- Список программ филогении: Большой список пакетов филогении с подробной информацией о каждом из них. Текущий счет[Обновить] на 366.