Моноазид пропидия - Propidium monoazide

Моноазид пропидия
Пропидий моноазид.svg
Пропидия моноазид-02.png
Имена
Название ИЮПАК
3-амино-8-азидо-5- {3- [диэтил (метил) аммонио] пропил} -6-фенилфенантридиний
Идентификаторы
3D модель (JSmol )
ChemSpider
Свойства
C27ЧАС32N62+
Молярная масса440,582 г / моль
Если не указано иное, данные для материалов приведены в их стандартное состояние (при 25 ° C [77 ° F], 100 кПа).
Ссылки на инфобоксы

Моноазид пропидия (PMA) это фотореактивный ДНК-связывающий краситель, который преимущественно связывается с дцДНК. Он используется для обнаружения жизнеспособных микроорганизмы от КПЦР.[1] Видимый свет (галогенные лампы большой мощности или специальные СВЕТОДИОД устройства[2]) вызывает фотореакцию химического вещества, которая приведет к ковалентной связи с PMA и дцДНК. Механизм модификации ДНК с помощью PMA можно увидеть в этом протоколе.[3]. Этот процесс делает ДНК нерастворимой и приводит к ее потере при последующей экстракции геномной ДНК.[4] Теоретически мертвые микроорганизмы теряют способность поддерживать свои мембраны неповрежденными, в результате чего «голая» ДНК в цитозоле остается готовой к реакции с ФМА. ДНК живых организмов не подвергаются воздействию ФМА, так как имеют неповрежденную клеточную мембрану. После обработки химическим веществом в КПЦР можно использовать только ДНК живых бактерий, что позволяет получить только амплифицированную ДНК живых организмов. Это помогает определить, какие патогены активны в конкретных образцах.[5] Основное использование PMA в ПЦР на жизнеспособность но тот же принцип может применяться в проточной цитометрии или флуоресцентная микроскопия.

Однако способность PMA дифференцировать жизнеспособные и нежизнеспособные клетки варьируется для разных бактерий. Примером может служить то, что проницаемость PMA для грамположительных и грамотрицательных клеточных мембран различна. Поэтому применение PMA в смешанных сообществах все еще ограничено.

PMA был разработан в Biotium, Inc.[6] как усовершенствование моноазида этидия (EMA). PMA обеспечивает лучшее различие между живыми и мертвыми бактериями, поскольку он исключается из живых клеток более эффективно, чем EMA.[7]

использованная литература

  1. ^ Qiagen, BLU-V Жизнеспособность. «Комплект ПМА». Веб-сайт Qiagen. Получено 24 октября 2013.[постоянная мертвая ссылка ]
  2. ^ GenIUL, Система активации фото для туб. «ФАСТ Блю». GenIUL Веб-сайт. Получено 26 января 2014.
  3. ^ «Протокол PMA» (PDF).
  4. ^ Нокер, Андреас; Чунг, Чинг-Инь; Кампер, Энн К. (ноябрь 2006 г.). «Сравнение моноазида пропидия с моноазидом этидия для дифференциации живых и мертвых бактерий путем селективного удаления ДНК из мертвых клеток». Журнал микробиологических методов. 67 (2): 310–320. Дои:10.1016 / j.mimet.2006.04.015. PMID  16753236.
  5. ^ Нокер, Андреас; Чинг-Ин Чунг и Энн К. Кампер (2006). «Сравнение моноазида пропидия с моноазидом этидия для дифференциации живых и мертвых бактерий путем селективного удаления ДНК из мертвых клеток». Журнал микробиологических методов. 67 (2): 310–320. Дои:10.1016 / j.mimet.2006.04.015. PMID  16753236.
  6. ^ "Краситель PMA | Моноазид пропидия | Biotium, Inc". Получено 8 марта 2016.
  7. ^ Нокер, Андреас; Чунг, Чинг-Инь; Кампер, Энн К. (01.11.2006). «Сравнение моноазида пропидия с моноазидом этидия для дифференциации живых и мертвых бактерий путем селективного удаления ДНК из мертвых клеток». Журнал микробиологических методов. 67 (2): 310–320. Дои:10.1016 / j.mimet.2006.04.015. PMID  16753236.