ProtCID - ProtCID

ProtCID
Database.png
Содержание
ОписаниеАналогичные взаимодействия гомологичных белков в нескольких кристаллических формах
Контакт
Исследовательский центрОнкологический центр Fox Chase
ЛабораторияИнститут исследования рака
АвторыЦифан Сюй, Роланд Данбрак
Основное цитированиеСюй и Данбрак (2011)[1]
Дата выхода2010
Доступ
Интернет сайтhttp://dunbrack2.fccc.edu/protcid
Пример кластера аналогичных интерфейсов гомологичных белков, идентифицированных ProtCID - аналогичные гомодимеры киназ ERBB (EGFR, ERBB2, ERBB4), связанные с активацией киназы.[2][3][4] Каждый мономер окрашен от синего до красного от N до C конца. ProtCID предоставляет скрипты PyMol для каждого кластера для создания похожих изображений.

В База данных общего интерфейса белков (ProtCID) - это база данных похожих белок-белковые интерфейсы в кристалл структуры гомологичные белки.[1][5]

Его основная цель - выявить и объединить гомодимерный и гетеродимерные интерфейсы, наблюдаемые во множественных кристаллических формах гомологичных белков. Такие интерфейсы, особенно неидентичных белков или белковых комплексов, были связаны с биологически релевантными взаимодействиями.[6]

Общий интерфейс в ProtCID указывает взаимодействия цепочка-цепь или домен-домен, которые происходят в различных кристаллических формах. Все белковые последовательности известной структуры в Банк данных белков (PDB)[7] присваивается "Pfam цепная архитектура », который обозначает упорядоченный Pfam[8] назначения для этой последовательности, например (Пкиназа) или (Cyclin_N) _ (Cyclin_C). Гомодимерные интерфейсы во всех кристаллах, которые содержат определенную доменную или цепную архитектуру, сравниваются независимо от того, присутствуют ли в кристаллах другие типы белков. Все интерфейсы между двумя разными доменами Pfam или архитектурами Pfam во всех записях PDB, которые их содержат, также сравниваются (например, (Pkinase) и (Cyclin_N) _ (Cyclin_C)). И для гомодимеров, и для гетеродимеров интерфейсы группируются в общие интерфейсы на основе оценки сходства.

ProtCID сообщает количество кристаллических форм, которые содержат общий интерфейс, количество записей PDB, количество PDB и PISA.[9] аннотации биологических сборок, которые содержат одинаковый интерфейс, среднюю площадь поверхности и минимальную идентичность последовательностей белков, содержащих интерфейс. ProtCID обеспечивает независимую проверку общедоступных аннотаций биологических взаимодействий для записей PDB.

ProtCID также содержит интерфейсные кластеры между доменами белка и пептидами, нуклеиновыми кислотами и лигандами.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Xu, Q .; Данбрак, Р. Л. (2010). «База данных общего интерфейса белков (ProtCID) - всеобъемлющая база данных взаимодействий гомологичных белков в нескольких кристаллических формах». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D761–70. Дои:10.1093 / nar / gkq1059. ЧВК  3013667. PMID  21036862.
  2. ^ Чжан, X .; Gureasko, J .; Шен, К .; Cole, P.A .; Курьян, Дж. (2006). «Аллостерический механизм активации киназного домена рецептора эпидермального фактора роста». Клетка. 125 (6): 1137–1149. Дои:10.1016 / j.cell.2006.05.013. PMID  16777603.
  3. ^ Aertgeerts, K .; Skene, R .; Яно, Дж .; Sang, B. -C .; Zou, H .; Snell, G .; Дженнингс, А .; Iwamoto, K .; Habuka, N .; Hirokawa, A .; Ishikawa, T .; Танака, Т .; Miki, H .; Ohta, Y .; Согабе, С. (2011). «Структурный анализ механизма ингибирования и аллостерической активации киназного домена белка HER2». Журнал биологической химии. 286 (21): 18756–18765. Дои:10.1074 / jbc.M110.206193. ЧВК  3099692. PMID  21454582.
  4. ^ Qiu, C .; Tarrant, M. K .; Choi, S. H .; Сатьямурти, А .; Bose, R .; Banjade, S .; Pal, A .; Bornmann, W. G .; Леммон, М.А.; Cole, P.A .; Лихи, Д. Дж. (2008). «Механизм активации и ингибирования киназы HER4 / ErbB4». Структура. 16 (3): 460–467. Дои:10.1016 / j.str.2007.12.016. ЧВК  2858219. PMID  18334220.
  5. ^ Сюй, Q; Данбрак, Р.Л. (5 февраля 2020 г.). «ProtCID: ресурс данных для структурной информации о взаимодействиях белков». Nature Communications. 11 (1): 711. Дои:10.1038 / s41467-020-14301-4. ЧВК  7002494. PMID  32024829.
  6. ^ Сюй, Цифан; Канутеску, Адриан А .; Ван, Гуоли; Шаповалов, Максим; Обрадович, Зоран; Данбрак, Роланд Л. (2008). «Статистический анализ сходства границ раздела в кристаллах гомологичных белков». Журнал молекулярной биологии. 381 (2): 487–507. Дои:10.1016 / j.jmb.2008.06.002. ЧВК  2573399. PMID  18599072.
  7. ^ Berman, H.M .; Баттистуз, Т .; Bhat, T. N .; Bluhm, W. F .; Bourne, P.E .; Burkhardt, K .; Feng, Z .; Gilliland, G.L .; Iype, L .; Jain, S .; Fagan, P .; Marvin, J .; Padilla, D .; Ravichandran, V .; Schneider, B .; Thanki, N .; Weissig, H .; Westbrook, J. D .; Зардецкий, К. (2002). «Банк данных о белках». Acta Crystallographica Раздел D. 58 (Pt 6 No. 1): 899–907. Дои:10.1107 / S0907444902003451. PMID  12037327.
  8. ^ Пунта, М .; Coggill, P.C .; Eberhardt, R. Y .; Mistry, J .; Tate, J .; Boursnell, C .; Pang, N .; Forslund, K .; Ceric, G .; Clements, J .; Heger, A .; Holm, L .; Sonnhammer, E. L. L .; Eddy, S. R .; Bateman, A .; Финн, Р. Д. (2011). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D290 – D301. Дои:10.1093 / нар / gkr1065. ЧВК  3245129. PMID  22127870.
  9. ^ Krissinel, E .; Хенрик, К. (2007). «Вывод макромолекулярных сборок из кристаллического состояния». Журнал молекулярной биологии. 372 (3): 774–797. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.05.022. PMID  17681537.

внешняя ссылка