ProteoWizard - ProteoWizard

ProteoWizard
изначальный выпуск14 марта 2008 г.; 12 лет назад (2008-03-14)
Стабильный выпуск
3.0
Написано вC ++, C #
Операционная системаWindows, (частичная поддержка OS X и Linux )
ТипБиоинформатика / Программное обеспечение для масс-спектрометрии
ЛицензияЛицензия Apache 2.0
Интернет сайтProteowizard.sourceforge.сеть

ProteoWizard представляет собой набор кроссплатформенных инструментов и библиотек с открытым исходным кодом для анализа данных протеомики.[1][2] Он обеспечивает основу для унифицированного доступа к файлам данных масс-спектрометрии и выполняет стандартные химические вычисления и вычисления наборов данных ЖХМС. В частности, он может считывать многие проприетарные форматы, зависящие от производителя, и преобразовывать данные в открытый формат данных.

На уровне приложений программное обеспечение предоставляет исполняемые файлы для преобразования данных (msConvert, msConvertGUI и idConvert), визуализации данных (msPicture и seeMS), доступа к данным (msAccess, msCat, idCat и msPicture), анализа данных (peekaboo и msPrefix14) и базовой протеомики. коммунальные услуги (бензопила). Кроме того, в проекте также размещается программное обеспечение Skyline, которое помогает создавать, приобретать и анализировать целевые протеомические эксперименты, такие как SRM эксперименты.

Основными участниками проекта являются исследовательские лаборатории Табба, Маккосса и Маллика, а также Insilicos.[3]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Кесснер, Д .; Чемберс, М .; Burke, R .; Agus, D .; Маллик, П. (ноябрь 2008 г.). «ProteoWizard: программное обеспечение с открытым исходным кодом для быстрой разработки инструментов протеомики». Биоинформатика. 24 (21): 2534–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn323. ЧВК  2732273. PMID  18606607.
  2. ^ Chambers, MC .; Maclean, B .; Burke, R .; Amodei, D .; Ruderman, DL .; Neumann, S .; Gatto, L .; Фишер, Б .; и другие. (Октябрь 2012 г.). «Кроссплатформенный инструментарий для масс-спектрометрии и протеомики». Nat Biotechnol. 30 (10): 918–20. Дои:10.1038 / nbt.2377. ЧВК  3471674. PMID  23051804.
  3. ^ ProteoWizard: Команда

внешняя ссылка