База данных модификации РНК - RNA modification database
Этот Базы данных модификации РНК представляют собой компиляцию баз данных, веб-порталов и серверов, используемых для модификации РНК. Модификация РНК встречается во всех живых организмах и является одним из наиболее эволюционно консервативных свойств РНК.[1][2][3] Для всех живых организмов охарактеризовано более 100 различных типов модификаций РНК. Он может влиять на активность, локализацию, а также стабильность РНК и был связан с раком и заболеваниями человека.[1][2][3][4]
Базы данных модификации РНК
| Имя | Описание | тип | Связь | Рекомендации |
|---|---|---|---|---|
| RMBase | RMBase предназначена для декодирования ландшафт модификаций РНК идентифицированы по данным высокопроизводительного секвенирования (Псевдо-seq, Ψ-seq, CeU-seq, Aza-IP, MeRIP-seq, m6A-seq, miCLIP, m6A-CLIP, RiboMeth-seq). Он продемонстрировал тысячи модификаций РНК, расположенных внутри мРНК, регуляторные нкРНК (например, днРНК, миРНК), Сайты-мишени miRNA, РНК-связывающие белки (RBP) Сайты связывания и SNP, связанные с заболеванием. | база данных | интернет сайт | [5] |
| МОДОМИКА | MODOMICS - это база данных модификаций РНК, которая предоставляет исчерпывающую информацию о химические структуры модифицированных рибонуклеозидов, пути их биосинтеза, РНК-модифицирующие ферменты и расположение модифицированных остатков в последовательностях РНК. | база данных | интернет сайт | [6] |
| RNAMDB | RNAMDB служил координационным центром для информация, относящаяся к естественным модификациям РНК | база данных | интернет сайт | [7] |
| . | ||||
Рекомендации
- ^ а б Ли, S; Мейсон, CE (2013). «Основной регуляторный ландшафт модификаций РНК». Ежегодный обзор геномики и генетики человека. 15: 127–50. Дои:10.1146 / annurev-genom-090413-025405. PMID 24898039.
- ^ а б Песня, CX; Yi, C; He, C (октябрь 2012 г.). «Картирование недавно идентифицированных вариантов нуклеотидов в геноме и транскриптоме». Природа Биотехнологии. 30 (11): 1107–16. Дои:10.1038 / nbt.2398. ЧВК 3537840. PMID 23138310.
- ^ а б Meyer, KD; Джеффри, SR (апрель 2014 г.). «Динамический эпитранскриптом: N6-метиладенозин и контроль экспрессии генов». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 15 (5): 313–26. Дои:10.1038 / nrm3785. ЧВК 4393108. PMID 24713629.
- ^ Jonkhout, Ники; Тран, Джулия; Смит, Мартин Александр; Шонрок, Николь; Мэттик, Джон С; Новоа, Ева Мария (30 августа 2017 г.). «Пейзаж модификации РНК при заболеваниях человека». РНК: rna.063503.117. Дои:10.1261 / rna.063503.117. ЧВК 5688997.
- ^ Sun, WJ; Ли, JH; Лю, S; Ву, Дж; Чжоу, H; Qu, LH; Ян, Дж. Х. (11 октября 2015 г.). «RMBase: ресурс для расшифровки ландшафта модификаций РНК на основе данных высокопроизводительного секвенирования». Исследования нуклеиновых кислот. 44: gkv1036. Дои:10.1093 / нар / gkv1036. ЧВК 4702777. PMID 26464443.
- ^ Machnicka, MA; Милановская, К; Осман Оглоу, О; Purta, E; Курковская, М; Ольховик, А; Янушевский, З; Калиновский, С; Дунин-Хоркавич, С; Ротер, км; Хелм, М; Bujnicki, JM; Грожан, Х (декабрь 2012 г.). «MODOMICS: база данных путей модификации РНК - обновление 2013 г.». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D262-7. Дои:10.1093 / нар / гкс1007. ЧВК 3531130. PMID 23118484.
- ^ Cantara, WA; Crain, PF; Розенский, Дж; McCloskey, JA; Harris, KA; Чжан, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Агрис, П.Ф. (декабрь 2010 г.). «База данных модификаций РНК, RNAMDB: обновление 2011 г.». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D195-201. Дои:10.1093 / nar / gkq1028. ЧВК 3013656. PMID 21071406.