Redondoviridae - Redondoviridae - Wikipedia

Redondoviridae
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Моноднавирия
Королевство:Shotokuvirae
Тип:Cressdnaviricota
Учебный класс:Arfiviricetes
Заказ:Recrevirales
Семья:Redondoviridae
Род и виды[1]

Редондовирусы (члены Redondoviridae) семья человеческих ДНК-вирусы. Их название происходит от предполагаемой круговой структуры вирусного геном (“Redondo”Означает округление испанский ). Редондовирусы были идентифицированы в исследованиях образцов, полученных от людей, в основном образцов из ротовой полости и верхних дыхательных путей, основанных на последовательностях ДНК.[2][3][4].

Карта генома Redondoviridae

Вирусология

Таксономия

Редондовирусы отнесены к новому семейству Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV), Redondoviridae.[4][1]

Классификация

Семья Redondoviridae делится на два вида, Бризавирус и Виентовирус.[4] Имена происходят от слов «бриз и ветер» на испанском языке («Brisa" и "Вьенто»), Что указывает на связь с дыхательными путями человека. На основании структуры вирусного генома было предложено несколько штаммов.

Редондовирусы являются членами группы вирусов кольцевой реп-содержащей одноцепочечной ДНК (CRESS).[5].

  • Учебный класс: Arfiviricetes[6] (Ar из аргинин; фи из пальца; описывает особенность белка Rep, консервативную среди вирусов этого класса)
  • Заказ: Recrevirales[6] (Re от редондовирусов; Cre из CRESS)

Геном

Геном редондовируса является кольцевым и по аналогии с другими вирусами CRESS, вероятно, одноцепочечным. Размер генома варьируется от 3,0 до 3,1 килобаз. Геном кодирует три предполагаемых белка:

  • А Крышка белка это, вероятно, самоорганизуется, давая икосаэдрические частицы.
  • Белок ORF3 неизвестной функции. ORF3 полностью закодирован в кодирующей области Cap в другой рамке считывания.

Эпидемиология

Распределение

Геномы редондовирусов были получены в основном из образцов человека, исследованных с использованием секвенирование метагеномной ДНК. Они были обнаружены в основном в образцах ротовой полости и дыхательных путей.[3][4].

Ассоциации болезней

Неизвестно, вызывают ли редоновирусы заболевания человека. Некоторые вирусы CRESS являются известными патогенами, например: цирковирус свиней тип 2[8]

Сообщалось, что редондовирусы связаны с пародонтит. В одном исследовании уровни упали после успешного лечения.[4]. Обилие геномов редондовируса также оказалось высоким у некоторых пациентов отделения интенсивной терапии. В настоящее время неясна основа ассоциаций этих заболеваний.[4]

Рекомендации

  1. ^ а б Аббас, AA; Тейлор, LJ; Collman, RG; Бушман, Фредерик Д. (14 октября 2019 г.). «Создайте одну новую семью (Redondoviridae) для кольцевых ДНК-вирусов, кодирующих Rep ». Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Получено 25 февраля 2020.
  2. ^ Ноэлл, Кристин; Коллс, Джей К. (май 2019 г.). «Дальнейшее определение вирома человека с использованием NGS: идентификация Redondoviridae». Клеточный хозяин и микроб. 25 (5): 634–635. Дои:10.1016 / j.chom.2019.04.010. ЧВК  6849504. PMID  31071291.
  3. ^ а б Цуй, Лунбиао; Ву, Биньяо; Чжу, Сяоцзюань; Го, Силин; Ге, Юэ; Чжао, Канчэн; Ци, Сиань; Ши, Чжиян; Чжу, Фэнцай; Солнце, Ликсин; Чжоу, Минхао (ноябрь 2017 г.). «Идентификация и генетическая характеристика нового кольцевого одноцепочечного ДНК-вируса в образце верхних дыхательных путей человека». Архив вирусологии. 162 (11): 3305–3312. Дои:10.1007 / s00705-017-3481-3. ISSN  0304-8608. PMID  28707271.
  4. ^ а б c d е ж Abbas, Arwa A .; Тейлор, Луи Дж .; Дотард, Марисоль I .; Leiby, Jacob S .; Fitzgerald, Ayannah S .; Khatib, Layla A .; Collman, Ronald G .; Бушман, Фредерик Д. (август 2019 г.). «Redondoviridae, семейство небольших кольцевых ДНК-вирусов оро-респираторного тракта человека, связанных с пародонтитом и критическими заболеваниями». Клеточный хозяин и микроб. 26 (2): 719–729.e4. Дои:10.1016 / j.chom.2019.07.015. ЧВК  6510254. PMID  31071295.
  5. ^ Чжао, Леле; Росарио, Карина; Брейтбарт, Майя; Даффи, Сиобейн (2019), «Эукариотические вирусы с одноцепочечной ДНК (CRESS ДНК), кодирующие кольцевую репликацию: универсальные вирусы с небольшими геномами и разнообразным диапазоном хозяев», Достижения в вирусных исследованиях, Эльзевьер, 103: 71–133, Дои:10.1016 / bs.aivir.2018.10.001, ISBN  978-0-12-817722-8, PMID  30635078
  6. ^ а б c Уокер, Питер Дж. "2019.012D.A.v1.Cressdnaviricota" (XLSX). Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Получено 25 февраля 2020. Cressdnaviricota Arfiviricetes Recrevirales Redondoviridae
  7. ^ Крупович М., Варсани А., Кун Дж., Казлаускас Д., Брейтбарт М., Делварт Е., Розарио К., Ютин Н., Вольф Ю. И., Харрах Б., Зербини Ф. М., Доля В. В., Кунин Е. В. (2019). «Создать 1 новый тип (Cressdnaviricota), включающий 2 класса и 6 порядков для классификации вирусов CRESS-ДНК». Предложение по таксономии ICTV 2019.012D.A.v1.Cressdnaviricota.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  8. ^ Мэн, Сян-Цзинь (Январь 2013). «Цирковирус свиней 2 типа (ЦВС2): патогенез и взаимодействие с иммунной системой». Ежегодный обзор биологических наук о животных. 1 (1): 43–64. Дои:10.1146 / annurev-animal-031412-103720. ISSN  2165-8102. PMID  25387012.