Обратная экология - Reverse ecology
Обратная экология относится к использованию геномика учиться экология без априори предположения о рассматриваемом организме (ах). Этот термин был предложен в 2007 году Мэтью Рокманом во время конференции по экологической геномике в Крайстчерч, Новая Зеландия.[1] Рокман проводил аналогию с термином обратная генетика в котором функция гена изучается путем сравнения фенотипических эффектов различных генетических последовательностей этого гена. Большинство исследователей, использующих обратную экологию, используют своего рода популяционная геномика методология. Для этого требуется, чтобы сканирование генома выполнялось на нескольких индивидуумах как минимум из двух популяций, чтобы идентифицировать участки или участки генома, которые проявляют признаки отбора. Эти сканирования генома обычно используют однонуклеотидный полиморфизм (SNP) маркеры, хотя использование микроспутники также может работать (с уменьшенным разрешением).
Методология
Исследователи использовали обратную экологию для понимания окружающей среды и других экологических характеристик организмов на Земле с использованием геномных подходов. Изучая гены бактерии, ученые могут реконструировать то, что организмы 'окружающая среда такая же, как сегодня или даже миллионы лет назад. Эти данные могут помочь нам понять ключевые события в история жизни на земле. В 2010 году исследователи представили методику проведения обратной экологии для вывода бактерии температурный диапазон проживания на основе Содержимое GC определенных участков генома.[2]
В 2011 году исследователи из Калифорнийский университет в Беркли смогли продемонстрировать, что можно определить адаптивные особенности организма, сначала посмотрев на его геном и проверив вариации в популяции.[3]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Ли, Ю.Ф .; и другие. (2008). ""Обратная экология «и сила популяционной геномики». Эволюция. 62 (12): 2984–2994. Дои:10.1111 / j.1558-5646.2008.00486.x. ЧВК 2626434. PMID 18752601.
- ^ Чжэн Х, Ву Х (декабрь 2010 г.). «Геноцентрический ассоциативный анализ корреляции между уровнями содержания гуанин-цитозина и условиями температурного диапазона прокариотических видов». BMC Bioinformatics. 11 (Приложение 11): S7. Дои:10.1186 / 1471-2105-11-S11-S7. ЧВК 3024870. PMID 21172057.
- ^ Эллисон С. и др. (2011). «Популяционная геномика и локальная адаптация диких изолятов модельного микробного эукариота». Труды Национальной академии наук. 108 (7): 2831–2836. Bibcode:2011PNAS..108.2831E. Дои:10.1073 / pnas.1014971108. ЧВК 3041088. PMID 21282627.