Назначение на основе структуры - Structure-based assignment - Wikipedia

Присвоение на основе структуры (SBA) - это метод ускорения определения резонанса, который является ключевым узким местом ЯМР (Ядерный магнитный резонанс ) структурная биология.[1] Гомологичный (подобный) белок используется в качестве матрицы для целевого белка в SBA. Этот шаблонный белок предоставляет предварительную структурную информацию о целевом белке и приводит к более быстрому назначению резонанса. По аналогии в Рентгеновская кристаллография, метод молекулярного замещения позволяет решить проблему кристаллографической фазы, когда известна гомологичная структурная модель, тем самым облегчая быстрое определение структуры.[2] Некоторые из алгоритмов SBA являются CAP, которые РНК алгоритм назначения, который выполняет исчерпывающий поиск общих перестановок,[3] MARS - программа для надежного автоматического назначения магистральных сетей. [4] и Nuclear Vector Replacement (NVR), который представляет собой подход, подобный молекулярной замене, для SBA резонансов и разреженного ядерного эффекта Оверхаузера (NOE).[5][6][7]

Рекомендации

  1. ^ Бартельс, Кристиан; Биллетер, Мартин; Гюнтер, Питер; Вютрих, Курт (30 апреля 1996 г.). «Автоматическое определение последовательности ЯМР гомологичных белков с использованием программы GARANT». Журнал биомолекулярного ЯМР. 7 (3): 207–13. Дои:10.1007 / BF00202037. PMID  22911044.
  2. ^ Россман, М. Г .; Блоу, Д. М. (1962), «Обнаружение субъединиц в кристаллографической асимметричной единице», Acta Crystallogr. D, 15: 24–31, CiteSeerX  10.1.1.319.3019, Дои:10.1107 / s0365110x62000067.
  3. ^ Аль-Хашими, Х. М .; Горин, А .; Majumdar, A .; Gosser, Y .; Патель, Д. Дж. (2002), "К структурной геномике РНК: быстрое определение резонанса ЯМР и одновременное определение третичной структуры РНК с использованием остаточных диполярных связей", J. Mol. Биол., 318 (3): 637–649, Дои:10.1016 / с0022-2836 (02) 00160-2, PMID  12054812.
  4. ^ Jung, Y .; Zweckstetter, M. (2004), "Марс - надежное автоматическое распределение белков в основной цепи", Журнал биомолекулярного ЯМР, 30 (1): 11–23, Дои:10.1023 / b: jnmr.0000042954.99056.ad, PMID  15452431.
  5. ^ Langmead, C.J .; Ян, А .; Lilien, R .; Wang, L .; Дональд, Б. Р. (2004), "Полиномиальный алгоритм замены ядерного вектора для автоматического назначения резонансов ЯМР", J. Comp. Bio., 11 (2–3): 277–98, CiteSeerX  10.1.1.15.8054, Дои:10.1089/1066527041410436, PMID  15285893.
  6. ^ Langmead, C.J .; Дональд, Б. Р. (2004), "Ожидаемый / максимизирующий алгоритм замены ядерных векторов для автоматического назначения резонанса ЯМР", J. Comp. Bio., 29 (2): 111–138, CiteSeerX  10.1.1.630.1110, Дои:10.1023 / б: jnmr.0000019247.89110.e6, PMID  15014227.
  7. ^ Апайдин, М. С .; Catay, B .; Патрик, N .; Дональд Б. Р. (2010), "NVR-BIP: замена ядерного вектора с использованием двоичного целочисленного программирования для назначений на основе структуры ЯМР", Компьютерный журнал, 54 (Январь): 708–716, Дои:10.1093 / comjnl / bxp120, ЧВК  4287374, PMID  25580019.