Systrip - Systrip
 | |
| Стабильный выпуск | 1.0 / 27 мая 2011 г. |
|---|---|
| Репозиторий |  |
| Операционная система | Windows, Linux |
| Лицензия | LGPL, GPL |
| Интернет сайт | тюльпан |
Systrip представляет собой визуальную среду для анализа данных временных рядов в контексте биологических сетей. Systrip собирает биоинформатические и теоретические алгоритмы графов, которые могут быть собраны различными способами, чтобы помочь биологам в их процессе визуального анализа. Его использовали для анализа различных реальных биологических данных.[1]
Презентация
Systrip разработан в C ++ и основан на Тюльпан, платформа визуализации информации, предназначенная для анализа и визуализации реляционных данных.
Архитектура Tulip модель-представление-контроллер позволяет Systrip поддерживать несколько синхронизированных представлений. Любое взаимодействие с представлением (например, выбор элемента) подразумевает автоматическое обновление всех представлений, отображающих эти данные. В дополнение к алгоритмам и представлениям, разработанным специально для Systrip, система плагинов Tulip позволяет пользователям Systrip получить доступ ко всем доступным плагинам -ins (плагины, интегрированные в выпуски Tulip, но также через сервер плагинов Tulip).
Функции
Вход
- Импорт и экспорт метаболической сети с использованием формата SBML
- Данные временного ряда из файла CSV
- Импортировать данные из файла CSV
- Загрузить и сохранить состояние сеанса
Манипуляции со структурой
- Создание и удаление путей
- Удаление элементов
- Создание подсети и управление ею (Помогите пользователю сосредоточиться на небольшой части сети)
Визуализация
- Множественные виды метаболических сетевых представлений (трехмерные, силовые, сохраняющие биологические условности, иерархические ...)
- Инструменты взаимодействия визуализации (рисование, изгибы ...)
- Анимация данных временных рядов
- Визуализация временных рядов в контексте метаболической сети
- Представления анализа данных (гистограмма, электронная таблица, диаграмма рассеяния, параллельные координаты)
- 3D молекулярная визуализация
Анализ
- Алгоритмы анализа тюльпанового графа
- Степень
- Центральность посредничества
- Эксцентриситет
- Strahler
- Алгоритмы сетевого анализа
- Точки заслонки
- Кратчайший путь (посвященный метаболическим сетям)
- Выбор объема
Рекомендации
- ^ Коупленд, ВБ; Бартли, BA; Чандран, Д; Galdzicki, M; Kim, KH; Sleight, SC; Маранас, компакт-диск; Сауро, HM (май 2012 г.). «Вычислительные средства для метаболической инженерии». Метаболическая инженерия. 14 (3): 270–80. Дои:10.1016 / j.ymben.2012.03.001. ЧВК 3361690. PMID 22629572.
внешняя ссылка
Обзор Systrip
В контексте визуализации данных временных рядов
Трехмерная молекулярная геометрия
Макет, сохраняющий биологическую условность
Визуализация и анализ данных временных рядов.
