Оценка моделирования шаблона - Template modeling score

В биоинформатика, то оценка моделирования шаблона или же TM-оценка это мера сходства между двумя белковые структуры с разными третичные структуры. TM-оценка предназначена для более точного измерения качества полноразмерных белковых структур, чем часто используемый RMSD мера. TM-оценка показывает разницу между двумя структурами по шкале между ${\displaystyle (0,1]}$, где 1 означает идеальное совпадение двух структур (чем выше, тем лучше).^[1] Обычно оценки ниже 0,20 соответствуют случайно выбранным неродственным белкам, тогда как структуры с оценкой выше 0,5 предполагают примерно такую ​​же кратность.^[2] Количественное исследование ^[3]показывает, что белки с TM-оценкой = 0,5 имеют апостериорная вероятность 37% в том же CATH семейство топологий и 13% в том же SCOP сложить семью. Вероятность быстро увеличивается, когда TM-score> 0,5. TM-оценка не зависит от длины белка. Алгоритм Global Distance Test (GDT) и его оценка GDT TS, представляющая «общую оценку», являются еще одним показателем сходства между двумя белковые структуры с известными аминокислотными соответствиями (например, идентичные аминокислотные последовательности ) но разные третичные структуры.^[4]

Уравнение

${\displaystyle {\text{TM-score}}=\max \left[{\frac {1}{L_{\text{target}}}}\sum _{i}^{L_{\text{aligned}}}{\frac {1}{1+\left({\frac {d_{i}}{d_{0}(L_{\text{target}})}}\right)^{2}}}\right]}$

куда ${\displaystyle L_{\text{target}}}$ и ${\displaystyle L_{\text{aligned}}}$ представляют собой длины аминокислотных последовательностей целевого белка и выровненной области соответственно. ${\displaystyle d_{i}}$ это расстояние между ${\displaystyle i}$-я пара остатков и

${\displaystyle d_{0}(L_{\text{target}})=1.24{\sqrt[{3}]{L_{\text{target}}-15}}-1.8}$

шкала расстояний, нормализующая расстояния.

Смотрите также

• RMSD - другая мера сравнения структур
• GDT - другая мера сравнения структур
• Самый длинный непрерывный сегмент (LCS) - Другая мера сравнения структур
• Расчет глобального расстояния (GDC_sc, GDC_all) - Меры сравнения структур, которые используют информацию полной модели (а не только α-углерод) для оценки сходства
• Локальное глобальное выравнивание (LGA) - Программа выравнивания структуры белков и мера сравнения структур

Рекомендации

1. Чжан И. и Сколник Дж. (2004). «Функция скоринга для автоматической оценки качества шаблона структуры белка». Белки. 57 (4): 702–710. Дои:10.1002 / prot.20264. PMID  15476259.
2. Чжан И. и Сколник Дж. (2005). «TM-align: алгоритм выравнивания структуры белка на основе TM-score». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (7): 2302–2309. Дои:10.1093 / нар / gki524. ЧВК  1084323. PMID  15849316.
3. Сюй Дж. И Чжан И (2010). «Насколько значимо сходство структуры белка с TM-оценкой 0,5?». Биоинформатика. 26 (7): 889–895. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq066. ЧВК  2913670. PMID  20164152.
4. Земля А (2003). «LGA: метод нахождения трехмерного сходства в белковых структурах». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (13): 3370–3374. Дои:10.1093 / нар / gkg571. ЧВК  168977. PMID  12824330.

внешняя ссылка

• Веб-сервер TM-score - исследовательской группой Ян Чжана. Рассчитывает TM-score и предоставляет исходный код.
• Описание GDT и LGA услуги и документация по сопоставлению структур и мерам сходства.