Браузер генома малярии UCSC - UCSC Malaria Genome Browser

Браузер генома малярии UCSC это инструмент биоинформатических исследований для изучения малярия геном, разработанный Hughes Undergraduate Research Laboratory совместно с лабораторией профессора Мануэля Ареса-младшего в Калифорнийский университет в Санта-Крус.[1]

Веб-интерфейс и структура базы данных основаны на UCSC. Браузер генома.[2][3] Браузер UCSC Malaria Genome Browser объединяет на одном экране все Последовательности ДНК нескольких видов малярийный паразит (Plasmodium sp.), наряду с экспериментальными результатами и ранее обнаруженными генами, собранными из литературы. Программа позволяет пользователям выполнять поиск по 14 хромосомам генома малярийного паразита, вводить свои собственные данные последовательности и записи, а также сравнивать результаты по видам. Браузер генома малярии также поддерживает поиск на основе текста и последовательности, который обеспечивает быстрый и точный доступ к любой области генома малярии, представляющей особый интерес. Этот сайт содержит эталонный геном последовательность и рабочий проект сборки на Плазмодий falciparum из PlasmoDb,[4] в Плазмодий геномная база данных build 5.0.

Рекомендации

  1. ^ Chakrabarti K .; Пирсон, М; Решетка, л; Стерн-Вейлер, Т; Динс, Дж; Донохью, JP; Арес-младший, М. (2007). «Структурные РНК известной и неизвестной функции, идентифицированные у малярийных паразитов с помощью сравнительной геномики и анализа РНК». РНК. 13 (11): 923–39. Дои:10.1261 / rna.751807. ЧВК  2040097. PMID  17901154.
  2. ^ Mangan, M .; Уильямс Дж .; Токарный станок, S .; Карольчик, Д .; Токарный, W. (2008). «Браузер генома UCSC: глубокая поддержка молекулярно-биомедицинских исследований». Годовой обзор биотехнологии. 14: 63–108. Дои:10.1016 / S1387-2656 (08) 00003-3. ISBN  9780444532268. PMID  18606360.
  3. ^ Kuhn, R .; и другие. (2009). «База данных браузера UCSC Genome: обновление 2009 г.». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Проблема с базой данных): D755 – D761. Дои:10.1093 / nar / gkn875. ЧВК  2686463. PMID  18996895.
  4. ^ "Ресурс генома плазмодия". PlasmoDB.org. Получено 2015-05-07.

внешняя ссылка