XCMS Онлайн - XCMS Online

XCMS нелинейное выравнивание наборов данных масс-спектрометрии жидкостной хроматографии
XCMS Онлайн
Xcms-online-v3x.png
изначальный выпуск25 апреля 2012 г.; 8 лет назад (2012-04-25)
Стабильный выпуск
3.7.1
ПлатформаОткрытая веб-платформа
ТипБиоинформатика / Программное обеспечение для масс-спектрометрии
ЛицензияFreemium / коммерческое программное обеспечение
Интернет сайтxcmsonline.scripps.edu

XCMS Онлайн это облачная версия оригинальной XCMS[1] технология (программа биоинформатики, предназначенная для статистического анализа данных масс-спектрометрии), созданная лабораторией Сюздак Scripps Research. XCMS представила концепцию нелинейного согласования времени удерживания, которая позволила проводить статистическую оценку обнаруженных пиков в наборах данных LCMS и GCMS.[1] XCMS Онлайн[2] был разработан для облегчения анализа XCMS через облачный портал и как более простой[3] (не управляемый командами) способ анализа, визуализации и обмена нецелевыми метаболомными данными.[2] Кроме того, комбинация XCMS и METLIN[4][5][6] позволяет идентифицировать известные молекулы с использованием данных тандемной масс-спектрометрии METLIN и позволяет идентифицировать неизвестные (не охарактеризованные молекулы) с помощью поиска по сходству в данных тандемной масс-спектрометрии.[7][6] XCMS Online также стал инструментом системной биологии для интеграции различных наборов атомных данных.[8] XCMS Online и METLIN сейчас обслуживают более 40 000 зарегистрированных пользователей.XCMSOnline

XCMS Online работает путем сравнения групп необработанных или предварительно обработанных метаболомных данных для обнаружения метаболитов с использованием таких методов, как нелинейное выравнивание времени удерживания и обнаружение и сопоставление признаков. После завершения анализа данные можно просматривать несколькими способами, в том числе с помощью пузырьковых диаграмм, тепловых карт, хроматограмм и коробчатых диаграмм. Кроме того, XCMS Online интегрирован с МЕТЛИН, большая база данных метаболитов.[1][9] Следующие форматы файлов поддерживаются для прямой загрузки на сайт.[10]

Тип файлаПродавец
mzXMLОткрытый формат
mzDataОткрытый формат
.cdfNetCDF (AIA / ANDI)
Папки .dAgilent, Bruker
.wiffSCIEX
Папки .RAWВоды
Файлы .RAWТермо

История

В 2005 году лаборатория Siuzdak Lab создала инструмент с открытым исходным кодом под названием XCMS.[1] на языке программирования р. Заметив потребность в более доступном графическом инструменте обработки данных, в 2012 году они создали облачную XCMS Online.[2][11] Возможность для пользователей передавать данные напрямую с инструментов во время их приобретения была добавлена ​​в 2014 году.[12] Также в том же году была выпущена коммерческая версия под названием XCMS Plus (принадлежит Mass Consortium Corporation), а в 2015 г. SCIEX стал торговым посредником.[13] В 2017 году было показано, что XCMS Online можно использовать в системная биология рабочий процесс.[14] Годом позже, в отсутствие общедоступной альтернативы, была выпущена версия XCMS Online с возможностью выполнения мониторинг множественных реакций (MRM).[15]

Рекомендации

  1. ^ а б c d Смит, Колин А .; Хочу, Элизабет Дж .; О'Майл, Грейс; Абагян, Рубен; Сюздак, Гэри (февраль 2006 г.). «XCMS: Обработка данных масс-спектрометрии для профилирования метаболитов с использованием нелинейного выравнивания пиков, сопоставления и идентификации». Аналитическая химия. 78 (3): 779–787. Дои:10.1021 / ac051437y.
  2. ^ а б c Таутенхан, Ральф; Патти, Гэри Дж .; Райнхарт, Дуэйн; Сюздак, Гэри (5 июня 2012 г.). «XCMS Online: веб-платформа для обработки нецелевых метаболомических данных». Аналитическая химия. 84 (11): 5035–5039. Дои:10.1021 / ac300698c. ЧВК  3703953.
  3. ^ Говда, Харша; Иванишевич, Юлияна; Джонсон, Кэролайн Н .; Курчи, Майкл Э .; Бентон, Х. Пол; Райнхарт, Дуэйн; Нгуен, Томас; Рэй, Джаяшри; Кюль, Дженнифер; Аревало, Бернардо; Вестенсков, Питер Д. (2014-07-15). «Интерактивная система XCMS Online: упрощение расширенной обработки метаболомических данных и последующий статистический анализ». Аналитическая химия. 86 (14): 6931–6939. Дои:10.1021 / ac500734c. ISSN  0003-2700. ЧВК  4215863. PMID  24934772.
  4. ^ Смит, Колин А .; Майл, Грейс О '; Хочу, Элизабет Дж .; Цинь, Чуань; Trauger, Sunia A .; Брэндон, Теодор Р .; Custodio, Darlene E .; Абагян, Рубен; Сюздак, Гэри (декабрь 2005 г.). "МЕТЛИН: База данных масс-спектров метаболитов". Терапевтический мониторинг лекарственных средств. 27 (6): 747–751. Дои:10.1097 / 01.ftd.0000179845.53213.39. ISSN  0163-4356.
  5. ^ Таутенхан, Ральф; Чо, Кевин; Уритбунтай, Винни; Чжу, Чжэнцзян; Патти, Гэри Дж .; Сюздак, Гэри (сентябрь 2012 г.). «Ускоренный рабочий процесс для нецелевой метаболомики с использованием базы данных METLIN». Природа Биотехнологии. 30 (9): 826–828. Дои:10.1038 / nbt.2348. ISSN  1546-1696.
  6. ^ а б Гихас, Карлос; Монтенегро-Бурке, Дж. Рафаэль; Доминго-Альменара, Ксавьер; Палермо, Амелия; Варт, Бенедикт; Германн, Геррит; Коелленспергер, Гунда; Хуан, Дао; Уритбунтай, Винни; Aisporna, Aries E .; Волан, Деннис В. (2018-03-06). «МЕТЛИН: технологическая платформа для выявления известных и неизвестных». Аналитическая химия. 90 (5): 3156–3164. Дои:10.1021 / acs.analchem.7b04424. ISSN  0003-2700. ЧВК  5933435. PMID  29381867.
  7. ^ Benton, H.P .; Вонг, Д. М .; Траугер, С. А .; Сюздак, Г. (2008-08-01). «XCMS2: Обработка данных тандемной масс-спектрометрии для идентификации метаболитов и структурных характеристик». Аналитическая химия. 80 (16): 6382–6389. Дои:10.1021 / ac800795f. ISSN  0003-2700. ЧВК  2728033. PMID  18627180.
  8. ^ Хуан, Дао; Форсберг, Эрика М .; Райнхарт, Дуэйн; Джонсон, Кэролайн Н .; Иванишевич, Юлияна; Бентон, Х. Пол; Фанг, Минлян; Айспорна, Овен; Хилмерс, Брайан; Poole, Farris L .; Торгерсен, Майкл П. (май 2017 г.). «Системная биология под руководством метаболомики XCMS Online». Природные методы. 14 (5): 461–462. Дои:10.1038 / nmeth.4260. ISSN  1548-7105.
  9. ^ Говда, Харша; Иванишевич, Юлияна; Джонсон, Кэролайн Н .; Курчи, Майкл Э .; Бентон, Х. Пол; Райнхарт, Дуэйн; Нгуен, Томас; Рэй, Джаяшри; Кюль, Дженнифер; Аревало, Бернардо; Westenskow, Peter D .; Ван, Цзюньхуа; Аркин, Адам П .; Deutschbauer, Adam M .; Патти, Гэри Дж .; Сюздак, Гэри (25 июня 2014 г.). «Интерактивная система XCMS Online: упрощение расширенной обработки метаболомических данных и последующий статистический анализ». Аналитическая химия. 86 (14): 6931–6939. Дои:10.1021 / ac500734c. ЧВК  4215863.
  10. ^ «XCMS Online - Документация». xcmsonline.scripps.edu.
  11. ^ Перкель, Джеффри М. "Назови этот метаболит!". Журнал Scientist Magazine®. Ученый. Получено 25 июн 2019.
  12. ^ Райнхарт, Дуэйн; Джонсон, Кэролайн Н .; Нгуен, Томас; Иванишевич, Юлияна; Бентон, Х. Пол; Ллойд, Джессика; Аркин, Адам П .; Deutschbauer, Adam M .; Патти, Гэри Дж .; Сюздак, Гэри (июнь 2014 г.). «Потоковая передача метаболических данных для сбора биологических данных». Природа Биотехнологии. 32 (6): 524–527. Дои:10.1038 / nbt.2927. ISSN  1546-1696.
  13. ^ Эванс, Джон. «SCIEX становится эксклюзивным реселлером XCMS plus - Новости - spectroscopyNOW.com». www.spectroscopynow.com. Спектроскопия сейчас. Получено 25 июн 2019.
  14. ^ Хуан, Дао; Форсберг, Эрика М; Райнхарт, Дуэйн; Джонсон, Кэролайн Н; Иванишевич, Юлияна; Бентон, Х. Пол; Фанг, Минлян; Айспорна, Овен; Хилмерс, Брайан; Пул, Фаррис Л; Торгерсен, Майкл П.; Адамс, Майкл В. В.; Кранц, Грегори; Филдс, Мэтью В.; Роббинс, Пол Д; Нидернхофер, Лаура Дж; Идекер, Трей; Majumder, Erica L; Уолл, Джуди Д; Rattray, Николас JW; Goodacre, Ройстон; Лэрсон, Люк Л; Сюздак, Гэри (1 мая 2017 г.). «Системная биология под руководством метаболомики XCMS Online». Природные методы. 14 (5): 461–462. Дои:10.1038 / nmeth.4260. ЧВК  5933448.
  15. ^ Доминго-Альменара, Ксавьер; Монтенегро-Бурке, Дж. Рафаэль; Иванишевич, Юлияна; Томас, Орелиен; Сидибе, Джонатан; Тив, Тони; Гихас, Карлос; Aisporna, Aries E .; Райнхарт, Дуэйн; Хоанг, Линь; Нордстрём, Андерс; Гомес-Ромеро, Мария; В то время как Люк; Льюис, Мэтью Р .; Николсон, Джереми К .; Бентон, Х. Пол; Сюздак, Гэри (27 августа 2018 г.). «XCMS-MRM и METLIN-MRM: облачная библиотека и общедоступный ресурс для целевого анализа малых молекул». Природные методы. 15 (9): 681–684. Дои:10.1038 / s41592-018-0110-3. ЧВК  6629029.

внешняя ссылка