Массовый сегрегантный анализ - Bulked segregant analysis

Массовый сегрегантный анализ (BSA) - это метод, используемый для идентификации генетические маркеры связанный с мутантом фенотип. Это позволяет генетикам открывать гены, обеспечивающие устойчивость или восприимчивость к болезням.

Этот метод включает формирование двух групп, которые демонстрируют противоположные фенотипы интересующего признака. Например, люди в одной группе устойчивы к заболеванию, а представители второй группы - нет. Затем создаются два объединенных образца ДНК путем объединения ДНК всех людей в каждой группе.

Затем эти две объемные пробы можно проанализировать с использованием таких методов, как Полиморфизма длин рестрикционных фрагментов или же RAPD обнаруживать сходства и различия в различных места генома. Две группы будут иметь случайное распределение аллели во всех локусах генома, кроме локусов, связанных с мутацией.[1] Постоянная разница в локусе между двумя объемными выборками, вероятно, означает, что локус связанный с интересующей мутацией.

Формирование тестовых групп

У животных особи, составляющие две тестируемые группы, обычно происходят от помеси двух братьев и сестер. гетерозиготный для интересующей мутации. Использование братьев и сестер необходимо для гарантии того, что аллели, способствующие мутации, одинаковы у людей.

Должна быть минимальная степень гетерозиготности в различных локусах групп, чтобы можно было идентифицировать гены, связанные с интересующим признаком. Поскольку большинство лабораторных штаммов являются инбредными, ауткроссинг гомозиготного мутировавшего индивидуума с полиморфным штаммом необходимо для создания эффективных тестируемых групп. Потомство скрещивают друг с другом для создания тестовых групп.[2]

Методы анализа

Объемные образцы ДНК можно анализировать с помощью Саузерн-блоттинг. Использование рестрикционных ферментов или ПЦР-амплификация ДНК требуется для RFLP или же RAPD анализ соответственно. В этих методах анализируемые локусы представляют собой сайты рестрикционного переваривания и последовательности, к которым прикрепляются праймеры ПЦР. Эти сайты обычно расположены по всему геному. После обнаружения сцепленных локусов их можно нанесенный на карту и определены расстояния связи между ними.[3]

Рекомендации

  1. ^ Макклин, Филлип (1992). «Специализированные темы картографии». Государственный университет Северной Дакоты. Получено 9 ноября 2014.
  2. ^ Хенке, К; Боуэн, М; Харрис, М. (15 августа 2013 г.). «Перспективы идентификации мутаций у рыбок данио: использование технологий секвенирования следующего поколения для перспективных генетических подходов». Методы. 62 (3): 185–196. Дои:10.1016 / j.ymeth.2013.05.015.
  3. ^ Michelmore, R; Паран, я; Кессели, Р. (1 ноября 1991 г.). «Идентификация маркеров, связанных с генами устойчивости к болезням, с помощью массового сегрегантного анализа: быстрый метод обнаружения маркеров в определенных геномных областях с использованием сегрегации популяций». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 88 (21): 9828–9832. Дои:10.1073 / пнас.88.21.9828. ЧВК  52814. PMID  1682921.