CS-ROSETTA - CS-ROSETTA

CS-ROSETTA представляет собой основу для расчета структуры биологических макромолекул на основе конформационной информации из ЯМР, который построен на основе программного обеспечения для моделирования и проектирования биомолекул под названием ROSETTA. Название CS-ROSETTA для этой ветви ROSETTA происходит от ее происхождения от объединения ЯМР химический сдвиг (CS ) данные с протоколами прогнозирования структуры ROSETTA.[1] Позже программный пакет был расширен за счет включения дополнительных ЯМР конформационные параметры, такие как остаточные диполярные связи (RDC ),[2] NOE дистанционные ограничения,[3] псевдоконтактные химические сдвиги (ПК )[4] и ограничения, полученные из гомологичных белков.[5] Это программное обеспечение можно использовать вместе с другими протоколами молекулярного моделирования, такими как стыковка для моделирования белковых олигомеров.[6] Кроме того, CS-ROSETTA можно комбинировать с алгоритмами определения резонанса химического сдвига для создания полностью автоматизированного ЯМР конвейер определения структуры.[7][8] Программное обеспечение CS-ROSETTA свободно доступно для академического использования и может быть лицензировано для коммерческого использования (инструкция по установке ). Программное обеспечение руководство по эксплуатации и учебные пособия представлены на вспомогательном веб-сайте https://csrosetta.chemistry.ucsc.edu/.

Программное обеспечение ROSETTA написано на C ++. CS-ROSETTA распространяется вместе с ящик для инструментов написан на Python, что облегчает подготовку входных файлов, настройку крупномасштабных вычислений и постобработку результатов моделирования. Расчеты CS-ROSETTA требуют значительных вычислительных затрат и обычно выполняются с 200-2000 параллельными процессами на компьютерные кластеры с использованием Интерфейс передачи сообщений (MPI) для связи.

использованная литература

  1. ^ Шен, Й; Ланге, О; Delaglio, F; Росси, П; Aramini, JM; Лю, G; Елецкий, А; Wu, Y; и другие. (2008). «Последовательное создание слепой структуры белка по данным химического сдвига ЯМР». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (12): 4685–90. Bibcode:2008ПНАС..105.4685С. Дои:10.1073 / pnas.0800256105. ЧВК  2290745. PMID  18326625.
  2. ^ Raman, S .; Lange, O.F .; Росси, П .; Тыка, М .; Ван, X .; Aramini, J .; Лю, G .; Рамелот, Т. А .; и другие. (2010). «Определение структуры ЯМР для более крупных белков с использованием данных только по каркасу». Наука. 327 (5968): 1014–8. Bibcode:2010Sci ... 327.1014R. Дои:10.1126 / science.1183649. ЧВК  2909653. PMID  20133520.
  3. ^ Lange, O.F .; Росси, П .; Sgourakis, N.G ​​.; Песня, Y .; Lee, H.-W .; Aramini, J.M .; Эртекин, А .; Xiao, R .; и другие. (2012). «Определение структуры раствора белков до 40 кДа с использованием CS-Rosetta с разреженными данными ЯМР из дейтерированных образцов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (27): 10873–8. Bibcode:2012PNAS..10910873L. Дои:10.1073 / pnas.1203013109. ЧВК  3390869. PMID  22733734.
  4. ^ Шмитц, К; Вернон, Р. Оттинг, G; Бейкер, Д; Хубер, Т. (2012). «Определение структуры белка по псевдоконтактным сдвигам с помощью ROSETTA» (PDF). Журнал молекулярной биологии. 416 (5): 668–77. Дои:10.1016 / j.jmb.2011.12.056. ЧВК  3638895. PMID  22285518. Архивировано из оригинал (PDF) на 2012-07-12.
  5. ^ Thompson, JM .; Sgourakis, NG .; Лю, G; Росси, П; Тан, Y; Mills, J L .; Шиперски, Т; Montelione, G T .; Бейкер, Д. (19.06.2012). «Точное моделирование структуры белка с использованием разреженных данных ЯМР и информации о гомологической структуре». Труды Национальной академии наук. 109 (25): 9875–9880. Дои:10.1073 / pnas.1202485109. ISSN  0027-8424. ЧВК  3382498. PMID  22665781.
  6. ^ Sgourakis, NG .; Lange, O F .; DiMaio, F; Андре, я; Fitzkee, NC .; Росси, П; Montelione, G T .; Bax, A; Бейкер, Д. (27.04.2011). «Определение структур симметричных белковых олигомеров по химическим сдвигам ЯМР и остаточным диполярным связям». Журнал Американского химического общества. 133 (16): 6288–6298. Дои:10.1021 / ja111318m. ISSN  0002-7863. ЧВК  3080108. PMID  21466200.
  7. ^ Ланге, О. Ф. (01.07.2014). «Автоматическое присвоение NOESY в CS-RASREC-Rosetta». Журнал биомолекулярного ЯМР. 59 (3): 147–159. Дои:10.1007 / s10858-014-9833-3. ISSN  0925-2738. PMID  24831340.
  8. ^ Evangelidis, T; Нерли, S; Nováček, J; Brereton, A E .; Karplus, P. A; Dotas, R R .; Venditti, V; Sgourakis, NG .; Tripsianes, K (26.01.2018). «Автоматическое определение резонанса ЯМР и определение структуры с использованием минимального набора 4D спектров». Nature Communications. 9 (1): 384. Дои:10.1038 / s41467-017-02592-z. ISSN  2041-1723. ЧВК  5786013. PMID  29374165.

внешние ссылки