ChemSpider - ChemSpider

Для использования ChemSpider в Википедии см. Википедия: ChemSpider.
ChemSpider
ChemSpider Logo.png
Содержание
ОписаниеБаза данных о химической структуре, обеспечивающая быстрый доступ к более чем 77 миллионам структур, свойств и связанной с ними информации.
Связаться с нами
Исследовательский центрРоли, Северная Каролина, Соединенные Штаты
Лаборатория
Доступ
Интернет сайтwww.chemspider.com
инструменты
Автономныйhttps://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
Разное
ЛицензияCreative Commons Атрибуция Поделиться[2]

ChemSpider это база данных химикатов. ChemSpider принадлежит Королевское химическое общество.[3][4][5][6][7]

База данных

База данных содержит информацию о более чем 77 миллионах молекулы из более чем 270 источников данных, включая:[8]

Каждому химическому веществу дается уникальный идентификатор, который является частью соответствующего URL. Например, ацетон 175 и, следовательно, имеет URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

Краудсорсинг

База данных ChemSpider может быть обновлена ​​за счет участия пользователей, включая химическая структура осаждение, осаждение спектров и пользовательское управление. Это краудсорсинг подход к разработке онлайн-базы данных по химии. Обработка данных на основе краудсорсинга произвела толковый словарь химических названий, связанных с химическими структурами, которые использовались в интеллектуальный анализ текста приложения биомедицинской и химической литературы.[10]

Однако, права на базу данных не отменяются и вывод данных недоступно; Фактически, в FAQ даже говорится, что разрешены только ограниченные загрузки:[11] Следовательно право на вилку не гарантируется и проект не может быть рассмотрен свободный /открыто.

Поиск

Предоставляется ряд доступных поисковых модулей:

  • В стандартный поиск позволяет запрос для систематические названия, торговые наименования и синонимы и регистрационные номера
  • В Расширенный поиск позволяет интерактивный поиск по химической структуре, химической субструктуре, используя также молекулярные формулы и молекулярный вес ассортимент, CAS номера, поставщики и т. д. Поиск можно использовать для расширения или ограничения уже найденных результатов.
  • Структурный поиск на мобильных устройствах можно выполнять с помощью бесплатных приложений для iOS (iPhone / iPod / iPad)[12] и для Android (операционная система).[13]

Разметка документов по химии

База данных ChemSpider использовалась в сочетании с интеллектуальный анализ текста как основа разметка документов по химии. ChemMantis,[14] Интегрированная система преобразования химической разметки и номенклатуры использует алгоритмы для идентификации и извлечения химических названий из документов и веб-страниц и преобразует химические названия в химические структуры, используя алгоритмы преобразования названия в структуру и толковый словарь поиск в базе данных ChemSpider. Результатом является интегрированная система между химическими документами и поиском информации через ChemSpider в более чем 150 источниках данных.

История

ChemSpider был приобретен Королевское химическое общество (RSC) в мае 2009 г.[15] До приобретения RSC ChemSpider находился под контролем частной корпорации ChemZoo Inc. Система была впервые запущена в марте 2007 г. бета-версия форма и перешла к выпуску в марте 2008 года. ChemSpider расширил общую поддержку базы данных химии, включив поддержку Википедия сбор химической структуры через их реализацию WiChempedia.

Сервисы

Ряд услуг доступен в Интернете. К ним относятся преобразование химических названий в химические структуры, поколение Улыбки и ИнЧИ строки, а также предсказание многих физико-химических параметров и интеграция с веб-сервисом, позволяющим ЯМР предсказание.

SyntheticPages

SyntheticPages - это бесплатная интерактивная база данных синтетическая химия процедуры, проводимые Королевское химическое общество.[16] Пользователи отправляют синтетические процедуры, которые они провели сами, для публикации на сайте. Эти процедуры могут быть оригинальными работами, но они чаще основаны на литературных реакциях. Цитаты к исходной опубликованной процедуре, при необходимости. Перед публикацией они проверяются научным редактором. Страницы не проходят формальную экспертная оценка как научный журнал статья, но комментарии могут оставлять вошедшие в систему пользователи. Комментарии также модерируются научными редакторами. Цель состоит в том, чтобы собрать практический опыт того, как проводить полезные химический синтез в лаборатории. Хотя экспериментальные методы опубликованы в обычном академический журнал перечислены формально и кратко, процедуры в ChemSpider SyntheticPages представлены с более практическими деталями. Неформальность приветствуется. Комментарии отправителей также включены. Другие публикации с сопоставимым количеством деталей включают: Органический синтез и Неорганические синтезы. Сайт SyntheticPages изначально был создан профессорами Кевином Букером-Милбурном (Бристольский университет ), Стивен Кэддик (Университетский колледж Лондона ), Питер Скотт (Уорикский университет ) и доктором Максом Хэммондом. В феврале 2010 года было объявлено о слиянии.[17] с поисковой машиной химической структуры Королевского химического общества ChemSpider и созданием ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP).

Открыть ФАКТЫ

ChemSpider служит хранилищем химических соединений как часть Открыть ФАКТЫ проект, Инициатива по инновационным лекарствам. Open PHACTS развернет открытые стандарты, открытый доступ, семантическая сеть подход к устранению узких мест в открытии малых молекул лекарств - разрозненные источники информации, отсутствие стандартов и информационная перегрузка.[18]

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Ван Ноорден, Р. (2012). «Сеть данных химии расширяется». Природа. 483 (7391): 524. Bibcode:2012Натура 483..524В. Дои:10.1038 / 483524a. PMID  22460877.
  2. ^ «Блог ChemSpider» Архив блога »ChemSpider принимает лицензии Creative Commons». www.chemspider.com. Архивировано из оригинал на 2015-04-02. Получено 2014-03-21.
  3. ^ Энтони Джон Уильямс (Январь – февраль 2008 г.). «ChemSpider и его расширяющаяся сеть: построение структурно-ориентированного сообщества для химиков». Chemistry International. 30 (1).
  4. ^ Уильямс, А.Дж. (2008). «Публичные базы данных химического состава». Текущее мнение в области открытия и разработки лекарств. 11 (3): 393–404. PMID  18428094.
  5. ^ Брамфил, Г. (2008). «Химики плетут паутину данных». Природа. 453 (7192): 139. Bibcode:2008Натура.453..139Б. Дои:10.1038 / 453139a. PMID  18464701.
  6. ^ Уильямс, А. Дж. (2011). «Chemspider: платформа для краудсорсингового сотрудничества для сбора данных, полученных из общедоступных баз данных соединений». Совместные вычислительные технологии для биомедицинских исследований. С. 363–386. Дои:10.1002 / 9781118026038.ch22. ISBN  9781118026038.
  7. ^ Pence, H.E .; Уильямс, А. (2010). «ChemSpider: Интернет-ресурс химической информации». Журнал химического образования. 87 (11): 1123. Bibcode:2010JChEd..87.1123P. Дои:10.1021 / ed100697w.
  8. ^ "Источники данных". Chemspider. Получено 16 мая, 2019.
  9. ^ «Блог ChemSpider» Архив блога »Браузер DSSTox Агентства по охране окружающей среды США подключается к ChemSpider». ChemSpider. 23 августа 2008 г. Архивировано с оригинал 7 ноября 2017 г.. Получено 7 ноября 2017.
  10. ^ Hettne, K. M .; Уильямс, А. Дж .; Van Mulligen, E.M .; Kleinjans, J .; Ткаченко, В .; Корс, Дж. А. (2010). «Автоматическое и ручное редактирование химического словаря из нескольких источников: влияние на интеллектуальный анализ текста». Журнал химинформатики. 2 (1): 3. Дои:10.1186/1758-2946-2-3. ЧВК  2848622. PMID  20331846.
  11. ^ «Блог ChemSpider» Архив блога »Кто хотел бы иметь всю базу данных ChemSpider?». www.chemspider.com. Архивировано из оригинал на 2015-09-24. Получено 2014-04-18.
  12. ^ «ChemSpider в App Store». Магазин приложений.
  13. ^ «ChemSpider Mobile - приложения для Android в Google Play». play.google.com.
  14. ^ Добро пожаловать ChemMantis в ChemZoo и призыв к участию от сообщества, 2008-10-23, А. Уильямс,Сообщение блога В архиве 2015-09-24 на Wayback Machine
  15. ^ «РСК приобретает ChemSpider». Королевское химическое общество. 11 мая 2009 года. Получено 2009-05-11.
  16. ^ "ChemSpider SyntheticPages". ChemSpider SyntheticPages. Королевское химическое общество. Получено 26 июн 2012.
  17. ^ «ChemSpider и SyntheticPages поддерживают синтетическую химию». RSC Publishing. Королевское химическое общество. 2010-02-05. Архивировано из оригинал 26 июля 2012 г.. Получено 2012-06-26.
  18. ^ Уильямс, А.Дж.; Harland, L .; Groth, P .; Петтифер, С.; Чичестер, С .; Willighagen, E.L .; Evelo, C.T .; Blomberg, N .; Эккер, Г.; Гобл, К.; Монс, Б. (2012). «Открытые ФАКТЫ: семантическая совместимость для открытия лекарств». Открытие наркотиков сегодня. 17 (21–22): 1188–1198. Дои:10.1016 / j.drudis.2012.05.016. PMID  22683805.