Хордовые геномики - Chordate genomics
Хордовые геномики это исследование эволюции хордовый клады на основе сравнения геномы из нескольких виды внутри клады. Поле зависит от данных всего генома (всего Последовательность ДНК ) организмов. Он использует сравнения синтения блоки транслокация хромосомы, и другие геномные перестройки для определения эволюционной истории клады и реконструкции генома вида-основателя.
Результаты
Филогения
Глубокое ветвление хордовых филогения был уточнен хордовой геномикой.[1] Хордовые геномики демонстрируют, что Ланцетник самые базальные живые клады в пределах хордовых, в то время как Оболочки являются сестры клада Краниата.
Synteny
Сравнение геномов ланцетника Branchiostoma floridae, а рыбы, то курица Gallus gallus, и люди Homo sapiens выявили обширные макро-синтения с небольшой микросинтенией или без нее. То есть по всей кладе хордовых одни и те же гены находятся в кластерах рядом друг с другом, хотя порядок генов в кластерах был перетасован.[2] В геноме человека имеется 135 идентифицируемых сегментов, которые сохраняют синтению с предковыми хордовыми. кариотип.
Анализ синтении показывает, что у последнего общего предка хордовых было 17 хромосом.[3]
Дублирование генома
Многочисленные экспериментальные данные убедительно свидетельствуют о том, что дважды в линии, ведущей к костистость рыбы был продублирован геном предковых хордовых.[4][5][6][7] Сравнение геномов ланцетника Branchiostoma floridae, оболочники Циона кишечника и Oikopleura dioica, то минога Петромизон маринус, то рыбы Fugu rubripes и Gasterosteus aculeatus, то курица Gallus gallus, и человек Homo sapiens подтвердил, что два полногеномные дупликации произошло в ранней истории Позвоночные клады.[8]
использованная литература
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм, и другие. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм, и другие. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм, и другие. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Анализ генов миноги и миксины показывает сложную историю дупликаций генов во время ранней эволюции позвоночных». Х. Эккрива, и другие., Мол. Биол. Evol. 19, 1440-1450 (2002)
- ^ "Дупликация генома у телесоста рыб Тетраодон нигровиридис выявляет ранний протокариотип позвоночных ". O. Jaillon, и другие., Природа 431, 946-957 (2004)
- ^ «Новые доказательства полногеномных дупликаций в происхождении позвоночных с использованием набора генов амфиоксуса и завершенных геномов животных». Г. Панопулу, и другие. Genome Res. 13, 1056-1066 (2003)
- ^ "Фугу анализ генома дает доказательства дупликации всего генома на ранних этапах эволюции рыб с лучевыми плавниками ». А. Кристоффелс, и другие. Мол. Биол. Evol. 21, 1146-1151 (2004)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм, и другие. Природа 453 1064-1071, (2008)
 | Эта хордовый -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |
 | Эта генетика статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |