CrAssphage - CrAssphage

crAssphage
Классификация вирусов
Группа:
Группа I (дцДНК )
Заказ:
Caudovirales ?[1]
Семья:
Podoviridae ?[1]
Род:
crAss-подобные фаги[1]
Тип Виды

crAssphage (фаг перекрестной сборки) представляет собой бактериофаг (вирус, поражающий бактерии), который был обнаружен в 2014 году путем компьютерного анализа общедоступных научных данных о фекалиях человека. метагеномы.[2] Его кольцевой ДНК-геном составляет около 97 kbp по размеру и содержит 80 прогнозируемых открытые рамки для чтения, и последовательность обычно обнаруживается в образцах фекалий человека.[2] Во время открытия вируса было предсказано, что он заражает бактерии типа Bacteroidetes которые распространены в кишечнике многих животных, включая человека.[2] С тех пор бактериофаг был изолирован. in vitro и подтверждено заражение Бактероиды кишечника.[3] На основе анализа метагеномика По данным, последовательности crAssphage были идентифицированы примерно у половины всех людей, отобранных для анализа.[2] Вирус был назван в честь crAss (кросс-сборка)[4][5] программное обеспечение, которое использовалось для поиска вирусного генома. CrAssphage, возможно, является первым организмом, названным в честь компьютерная программа в рекламных целях.[6]

Хотя crAssphage не имел известных родственников, когда он был обнаружен в 2014 году, ряд связанных вирусов был обнаружен в 2017 году.[1] На основании скрининга родственных последовательностей в общедоступных базах данных нуклеотидов и филогенетического анализа был сделан вывод, что crAssphage может быть частью обширного бактериофага. семья (Podoviridae, порядок Caudovirales ), который встречается в различных средах, включая кишечник и фекалии человека, кишечник термитов,[1][7][8] наземные / грунтовые воды, содовое озеро (гиперсоленый рассол), морские отложения и среда корней растений.[1]

Нет никаких указаний на то, что crAssphage влияет на здоровье или болезнь человека.[9] Вирус может превзойти индикаторные бактерии как маркер фекального загрязнения человека.[10][11][12]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж Наталья Ютина; Кира Сергеевна Макарова; Аял Б. Гуссов; Март Крупович; Анка Сегалл; Роберт А. Эдвардс; Евгений Васильевич Кунин (2017). «Открытие обширного семейства бактериофагов, которое включает в себя самые распространенные вирусы из кишечника человека». Природная микробиология. 3 (1): 38–46. Дои:10.1038 / с41564-017-0053-у. ЧВК  5736458. PMID  29133882.; и Евгений Кунин: За бумагой: самый распространенный вирус, связанный с человеком, больше не является сиротой, 13 ноября 2017 г.
  2. ^ а б c d Бас Э. Дутильх; Норико Кассман; Кейтлин Макнейр; Саванна Э. Санчес; Женивалдо Г. З. Силва; Лэнс Болинг; Джереми Дж. Барр; Даан Р. Спет; Виктор Сегуритан; Рами К. Азиз; Бен Фелтс; Элизабет А. Динсдейл; Джон Л. Мокили; Роберт А. Эдвардс (2014). «Очень распространенный бактериофаг, обнаруженный в неизвестных последовательностях фекальных метагеномов человека». Nature Communications. 5: 4498. Bibcode:2014 НатКо ... 5.4498D. Дои:10.1038 / ncomms5498. ЧВК  4111155. PMID  25058116.
  3. ^ Шкопоров А.Н., Хохлова Е.В., Фитцджеральд CB, Стокдейл С.Р., Дрейпер Л.А., Росс П., Хилл С. (2018). «ΦCrAss001 представляет собой наиболее многочисленное семейство бактериофагов в кишечнике человека и инфицирует Bacteroides Кишечник». Nature Communications. 9 (1): 4781. Bibcode:2018НатКо ... 9.4781S. Дои:10.1038 / s41467-018-07225-7. ЧВК  6235969. PMID  30429469.
  4. ^ Кросс-сборка метагеномов
  5. ^ Бас Э. Дютиль; Роберт Шимедер; Джим Нултон; Бен Фелтс; Питер Саламон; Роберт А. Эдвардс; Джон Л. Мокили (2012). "Сравнительная метагеномика, не зависящая от эталона, с использованием кросс-сборки: crAss". Биоинформатика. 28 (24): 3225–3231. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts613. ЧВК  3519457. PMID  23074261.
  6. ^ Чамари, Дж. В. «Обычный вирус поедает ваши кишечные бактерии». Forbes. Получено 2019-04-19.
  7. ^ Тихе, Чинмай В .; Хуссенедер, Клаудия (2018). «Метавиромное секвенирование кишечника термитов показывает наличие неизученного сообщества бактериофагов». Границы микробиологии. 8: 2548. Дои:10.3389 / fmicb.2017.02548. ISSN  1664-302X. ЧВК  5759034. PMID  29354098.
  8. ^ Pramono, Ajeng K .; Кувахара, Хирокадзу; Ито, Такехико; Тойода, Ацуши; Ямада, Акинори; Хонго, Юичи (2017). «Открытие и полная последовательность генома бактериофага из облигатного внутриклеточного симбионта целлюлолитического протиста в кишечнике термитов». Микробы и окружающая среда. 32 (2): 112–117. Дои:10.1264 / jsme2.ME16175. ISSN  1342-6311. ЧВК  5478533. PMID  28321010.
  9. ^ Ю.Ю. LIANG; W. ZHANG; Ю.Г. TONG; С.П. ЧЕН (2016). «crAssphage не связан с диареей и имеет высокое генетическое разнообразие». Эпидемиология и инфекция. 144 (16): 3549–3553. Дои:10.1017 / S095026881600176X. PMID  30489235.
  10. ^ Ахмед В; Лобос А; Senkbeil J; Peraud J; Gallard J; Харвуд VJ (2017). «Оценка нового маркера crAssphage для отслеживания загрязнения сточных вод в стоках ливневой канализации в Тампе, Флорида». Водные исследования. 131: 142–150. Дои:10.1016 / j.watres.2017.12.011. PMID  29281808.
  11. ^ Гарсия-Альхаро C; Ballesté E; Muniesa M; Джофре Дж (2017). «Определение crAssphage в пробах воды и применимость для отслеживания фекального загрязнения человека». Микробная биотехнология. 10 (6): 1775–1780. Дои:10.1111/1751-7915.12841. ЧВК  5658656. PMID  28925595.
  12. ^ Stachler E; Келти С; Sivaganesan M; Li X; Bibby K; Шанкс О.К. (2017). «Количественные ПЦР-анализы CrAssphage для измерения загрязнения человека фекалиями». Экологические науки и технологии. 51 (16): 9146–9154. Bibcode:2017EnST ... 51.9146S. Дои:10.1021 / acs.est.7b02703. ЧВК  7350147. PMID  28700235.

внешняя ссылка